Runs of homozygosity for autozygosity estimation and genomic analysis in production animals

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Rebelato, Arnaldo Basso
Data de Publicação: 2018
Outros Autores: Caetano, Alexandre Rodrigues
Tipo de documento: Artigo
Idioma: por
eng
Título da fonte: Pesquisa Agropecuária Brasileira (Online)
Texto Completo: https://seer.sct.embrapa.br/index.php/pab/article/view/26137
Resumo: Runs of homozygosity (ROHs) are long stretches of homozygous genomic segments, identifiable by molecular markers, which can provide genomic information for accurate estimates to characterize populations, determine evolutionary history and demographic information, estimate levels of consanguinity, and identify selection signatures in production animals. This review paper aims to perform a survey of the works on the efficiency of ROHs for these purposes. Factors such as genetic drift, natural or artificial selection, founder effect, and effective population size directly influence the size and distribution of ROHs along the genome. Individually, genome estimates of consanguinity based on ROHs can be obtained using the FROH index, which is generally considered more accurate than indexes based on other types of genomic or genealogical information. High frequencies of specific ROHs in a population can be used to identify selection signatures. The results of recent studies with ROHs in domestic animals have shown the efficiency of their use to characterize herds in a reliable and accessible way, using genomic information.
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spelling Runs of homozygosity for autozygosity estimation and genomic analysis in production animalsCorridas em homozigose para estimativa de autozigosidade e análise genômica em animais de produçãoautozygosity; FROH; genotyping; selection signatures; single nucleotide polymorphism; SNPsautozigose; FROH; genotipagem; assinaturas de seleção; polimorfismo de nucleotídeo único; SNPsRuns of homozygosity (ROHs) are long stretches of homozygous genomic segments, identifiable by molecular markers, which can provide genomic information for accurate estimates to characterize populations, determine evolutionary history and demographic information, estimate levels of consanguinity, and identify selection signatures in production animals. This review paper aims to perform a survey of the works on the efficiency of ROHs for these purposes. Factors such as genetic drift, natural or artificial selection, founder effect, and effective population size directly influence the size and distribution of ROHs along the genome. Individually, genome estimates of consanguinity based on ROHs can be obtained using the FROH index, which is generally considered more accurate than indexes based on other types of genomic or genealogical information. High frequencies of specific ROHs in a population can be used to identify selection signatures. The results of recent studies with ROHs in domestic animals have shown the efficiency of their use to characterize herds in a reliable and accessible way, using genomic information.As corridas em homozigose (ROHs) são longos trechos genômicos em homozigose, identificáveis por meio de marcadores moleculares, que podem fornecer informações genômicas para estimativas precisas, utilizadas para caracterizar populações, determinar história evolutiva e informações demográficas, estimar níveis de consanguinidade e identificar assinaturas de seleção em animais de interesse zootécnico. Este artigo de revisão tem por objetivo fazer um levantamento dos trabalhos sobre a eficiência de ROHs para essas finalidades. Fatores como deriva genética, seleção natural ou artificial, efeito fundador e número efetivo da população influenciam diretamente o tamanho e a distribuição das ROHs pelo genoma. Individualmente, a estimativa genômica de consanguinidade baseada em ROHs pode ser realizada por meio do índice FROH, que, em geral, é considerado mais preciso do que índices baseados em outros tipos de informações genômicas ou genealógicas. Altas frequências de ROHs específicas em uma população podem ser utilizadas para identificar assinaturas de seleção. Os resultados de trabalhos recentes com ROHs em animais domésticos têm mostrado a eficiência de seu uso para caracterização de rebanhos, de forma confiável e acessível, a partir de informações genômicas.Pesquisa Agropecuaria BrasileiraPesquisa Agropecuária BrasileiraRebelato, Arnaldo BassoCaetano, Alexandre Rodrigues2018-11-07info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionapplication/pdfapplication/pdfhttps://seer.sct.embrapa.br/index.php/pab/article/view/26137Pesquisa Agropecuaria Brasileira; v.53, n.9, set. 2018; 975-984Pesquisa Agropecuária Brasileira; v.53, n.9, set. 2018; 975-9841678-39210100-104xreponame:Pesquisa Agropecuária Brasileira (Online)instname:Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa)instacron:EMBRAPAporenghttps://seer.sct.embrapa.br/index.php/pab/article/view/26137/14289https://seer.sct.embrapa.br/index.php/pab/article/view/26137/14291Direitos autorais 2018 Pesquisa Agropecuária Brasileirainfo:eu-repo/semantics/openAccess2018-11-07T14:18:37Zoai:ojs.seer.sct.embrapa.br:article/26137Revistahttp://seer.sct.embrapa.br/index.php/pabPRIhttps://old.scielo.br/oai/scielo-oai.phppab@sct.embrapa.br || sct.pab@embrapa.br1678-39210100-204Xopendoar:2018-11-07T14:18:37Pesquisa Agropecuária Brasileira (Online) - Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa)false
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