Runs of homozygosity for autozygosity estimation and genomic analysis in production animals

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Rebelato, Arnaldo Basso
Data de Publicação: 2018
Outros Autores: Caetano, Alexandre Rodrigues
Tipo de documento: Artigo
Idioma: eng
Título da fonte: Repositório Institucional da UnB
Texto Completo: http://repositorio.unb.br/handle/10482/33336
https://dx.doi.org/10.1590/s0100-204x2018000900001
Resumo: As corridas em homozigose (ROHs) são longos trechos genômicos em homozigose, identificáveis por meio de marcadores moleculares, que podem fornecer informações genômicas para estimativas precisas, utilizadas para caracterizar populações, determinar história evolutiva e informações demográficas, estimar níveis de consanguinidade e identificar assinaturas de seleção em animais de interesse zootécnico. Este artigo de revisão tem por objetivo fazer um levantamento dos trabalhos sobre a eficiência de ROHs para essas finalidades. Fatores como deriva genética, seleção natural ou artificial, efeito fundador e número efetivo da população influenciam diretamente o tamanho e a distribuição das ROHs pelo genoma. Individualmente, a estimativa genômica de consanguinidade baseada em ROHs pode ser realizada por meio do índice FROH, que, em geral, é considerado mais preciso do que índices baseados em outros tipos de informações genômicas ou genealógicas. Altas frequências de ROHs específicas em uma população podem ser utilizadas para identificar assinaturas de seleção. Os resultados de trabalhos recentes com ROHs em animais domésticos têm mostrado a eficiência de seu uso para caracterização de rebanhos, de forma confiável e acessível, a partir de informações genômicas.
id UNB_49e023931763336a36e37e89a4e39973
oai_identifier_str oai:repositorio2.unb.br:10482/33336
network_acronym_str UNB
network_name_str Repositório Institucional da UnB
repository_id_str
spelling Rebelato, Arnaldo BassoCaetano, Alexandre Rodrigues2019-01-02T13:50:35Z2019-01-02T13:50:35Z2018REBELATO, Arnaldo Basso; CAETANO, Alexandre Rodrigues. Runs of homozygosity for autozygosity estimation and genomic analysis in production animals. Pesquisa agropecuária brasileira, Brasília, v. 53, n. 9, p. 975-984, set. 2018. DOI: http://dx.doi.org/10.1590/s0100-204x2018000900001. Disponível em: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2018000900975&lng=en&nrm=iso. Acesso em: 23 maio 2019.REBELATO, Arnaldo Basso; CAETANO, Alexandre Rodrigues. Corridas em homozigose para estimativa de autozigosidade e análise genômica em animais de produção. Pesquisa agropecuária brasileira, Brasília, v. 53, n. 9, p. 975-984, set. 2018. DOI: http://dx.doi.org/10.1590/s0100-204x2018000900001. Disponível em: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2018000900975&lng=en&nrm=iso. Acesso em: 23 maio 2019.http://repositorio.unb.br/handle/10482/33336https://dx.doi.org/10.1590/s0100-204x2018000900001As corridas em homozigose (ROHs) são longos trechos genômicos em homozigose, identificáveis por meio de marcadores moleculares, que podem fornecer informações genômicas para estimativas precisas, utilizadas para caracterizar populações, determinar história evolutiva e informações demográficas, estimar níveis de consanguinidade e identificar assinaturas de seleção em animais de interesse zootécnico. Este artigo de revisão tem por objetivo fazer um levantamento dos trabalhos sobre a eficiência de ROHs para essas finalidades. Fatores como deriva genética, seleção natural ou artificial, efeito fundador e número efetivo da população influenciam diretamente o tamanho e a distribuição das ROHs pelo genoma. Individualmente, a estimativa genômica de consanguinidade baseada em ROHs pode ser realizada por meio do índice FROH, que, em geral, é considerado mais preciso do que índices baseados em outros tipos de informações genômicas ou genealógicas. Altas frequências de ROHs específicas em uma população podem ser utilizadas para identificar assinaturas de seleção. Os resultados de trabalhos recentes com ROHs em animais domésticos têm mostrado a eficiência de seu uso para caracterização de rebanhos, de forma confiável e acessível, a partir de informações genômicas.Runs of homozygosity (ROHs) are long stretches of homozygous genomic segments, identifiable by molecular markers, which can provide genomic information for accurate estimates to characterize populations, determine evolutionary history and demographic information, estimate levels of consanguinity, and identify selection signatures in production animals. This review paper aims to perform a survey of the works on the efficiency of ROHs for these purposes. Factors such as genetic drift, natural or artificial selection, founder effect, and effective population size directly influence the size and distribution of ROHs along the genome. Individually, genome estimates of consanguinity based on ROHs can be obtained using the FROH index, which is generally considered more accurate than indexes based on other types of genomic or genealogical information. High frequencies of specific ROHs in a population can be used to identify selection signatures. The results of recent studies with ROHs in domestic animals have shown the efficiency of their use to characterize herds in a reliable and accessible way, using genomic information.Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária (FAV)Embrapa Secretaria de Pesquisa e Desenvolvimento Pesquisa Agropecuária Brasileira(CC BY) - This is an open-access article distributed under the Creative Commons Attribution 4.0 International License.info:eu-repo/semantics/openAccessRuns of homozygosity for autozygosity estimation and genomic analysis in production animalsCorridas em homozigose para estimativa de autozigosidade e análise genômica em animais de produçãoinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/articleAutozigoseGenotipagemassinaturas de seleçãoPolimorfismo (Genética)engreponame:Repositório Institucional da UnBinstname:Universidade de Brasília (UnB)instacron:UNBORIGINALARTIGO_RunsHomozygosityAutozygosity.pdfapplication/pdf376248http://repositorio2.unb.br/jspui/bitstream/10482/33336/1/ARTIGO_RunsHomozygosityAutozygosity.pdf0ee23d111164a6d8c96e05f24dc36583MD51open access10482/333362023-09-01 16:03:05.706open accessoai:repositorio2.unb.br:10482/33336Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttps://repositorio.unb.br/oai/requestopendoar:2023-09-01T19:03:05Repositório Institucional da UnB - Universidade de Brasília (UnB)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Runs of homozygosity for autozygosity estimation and genomic analysis in production animals
dc.title.alternative.none.fl_str_mv Corridas em homozigose para estimativa de autozigosidade e análise genômica em animais de produção
title Runs of homozygosity for autozygosity estimation and genomic analysis in production animals
spellingShingle Runs of homozygosity for autozygosity estimation and genomic analysis in production animals
Rebelato, Arnaldo Basso
Autozigose
Genotipagem
assinaturas de seleção
Polimorfismo (Genética)
title_short Runs of homozygosity for autozygosity estimation and genomic analysis in production animals
title_full Runs of homozygosity for autozygosity estimation and genomic analysis in production animals
title_fullStr Runs of homozygosity for autozygosity estimation and genomic analysis in production animals
title_full_unstemmed Runs of homozygosity for autozygosity estimation and genomic analysis in production animals
title_sort Runs of homozygosity for autozygosity estimation and genomic analysis in production animals
author Rebelato, Arnaldo Basso
author_facet Rebelato, Arnaldo Basso
Caetano, Alexandre Rodrigues
author_role author
author2 Caetano, Alexandre Rodrigues
author2_role author
dc.contributor.author.fl_str_mv Rebelato, Arnaldo Basso
Caetano, Alexandre Rodrigues
dc.subject.keyword.pt_BR.fl_str_mv Autozigose
Genotipagem
assinaturas de seleção
Polimorfismo (Genética)
topic Autozigose
Genotipagem
assinaturas de seleção
Polimorfismo (Genética)
description As corridas em homozigose (ROHs) são longos trechos genômicos em homozigose, identificáveis por meio de marcadores moleculares, que podem fornecer informações genômicas para estimativas precisas, utilizadas para caracterizar populações, determinar história evolutiva e informações demográficas, estimar níveis de consanguinidade e identificar assinaturas de seleção em animais de interesse zootécnico. Este artigo de revisão tem por objetivo fazer um levantamento dos trabalhos sobre a eficiência de ROHs para essas finalidades. Fatores como deriva genética, seleção natural ou artificial, efeito fundador e número efetivo da população influenciam diretamente o tamanho e a distribuição das ROHs pelo genoma. Individualmente, a estimativa genômica de consanguinidade baseada em ROHs pode ser realizada por meio do índice FROH, que, em geral, é considerado mais preciso do que índices baseados em outros tipos de informações genômicas ou genealógicas. Altas frequências de ROHs específicas em uma população podem ser utilizadas para identificar assinaturas de seleção. Os resultados de trabalhos recentes com ROHs em animais domésticos têm mostrado a eficiência de seu uso para caracterização de rebanhos, de forma confiável e acessível, a partir de informações genômicas.
publishDate 2018
dc.date.issued.fl_str_mv 2018
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2019-01-02T13:50:35Z
dc.date.available.fl_str_mv 2019-01-02T13:50:35Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.citation.fl_str_mv REBELATO, Arnaldo Basso; CAETANO, Alexandre Rodrigues. Runs of homozygosity for autozygosity estimation and genomic analysis in production animals. Pesquisa agropecuária brasileira, Brasília, v. 53, n. 9, p. 975-984, set. 2018. DOI: http://dx.doi.org/10.1590/s0100-204x2018000900001. Disponível em: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2018000900975&lng=en&nrm=iso. Acesso em: 23 maio 2019.
REBELATO, Arnaldo Basso; CAETANO, Alexandre Rodrigues. Corridas em homozigose para estimativa de autozigosidade e análise genômica em animais de produção. Pesquisa agropecuária brasileira, Brasília, v. 53, n. 9, p. 975-984, set. 2018. DOI: http://dx.doi.org/10.1590/s0100-204x2018000900001. Disponível em: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2018000900975&lng=en&nrm=iso. Acesso em: 23 maio 2019.
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://repositorio.unb.br/handle/10482/33336
dc.identifier.doi.pt_BR.fl_str_mv https://dx.doi.org/10.1590/s0100-204x2018000900001
identifier_str_mv REBELATO, Arnaldo Basso; CAETANO, Alexandre Rodrigues. Runs of homozygosity for autozygosity estimation and genomic analysis in production animals. Pesquisa agropecuária brasileira, Brasília, v. 53, n. 9, p. 975-984, set. 2018. DOI: http://dx.doi.org/10.1590/s0100-204x2018000900001. Disponível em: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2018000900975&lng=en&nrm=iso. Acesso em: 23 maio 2019.
REBELATO, Arnaldo Basso; CAETANO, Alexandre Rodrigues. Corridas em homozigose para estimativa de autozigosidade e análise genômica em animais de produção. Pesquisa agropecuária brasileira, Brasília, v. 53, n. 9, p. 975-984, set. 2018. DOI: http://dx.doi.org/10.1590/s0100-204x2018000900001. Disponível em: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2018000900975&lng=en&nrm=iso. Acesso em: 23 maio 2019.
url http://repositorio.unb.br/handle/10482/33336
https://dx.doi.org/10.1590/s0100-204x2018000900001
dc.language.iso.fl_str_mv eng
language eng
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.publisher.none.fl_str_mv Embrapa Secretaria de Pesquisa e Desenvolvimento Pesquisa Agropecuária Brasileira
publisher.none.fl_str_mv Embrapa Secretaria de Pesquisa e Desenvolvimento Pesquisa Agropecuária Brasileira
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UnB
instname:Universidade de Brasília (UnB)
instacron:UNB
instname_str Universidade de Brasília (UnB)
instacron_str UNB
institution UNB
reponame_str Repositório Institucional da UnB
collection Repositório Institucional da UnB
bitstream.url.fl_str_mv http://repositorio2.unb.br/jspui/bitstream/10482/33336/1/ARTIGO_RunsHomozygosityAutozygosity.pdf
bitstream.checksum.fl_str_mv 0ee23d111164a6d8c96e05f24dc36583
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UnB - Universidade de Brasília (UnB)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1797405203293536256