Validação de RT-PCR multiplex para detecção de rotavírus A, D, F e G em aves
Autor(a) principal: | |
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Data de Publicação: | 2020 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Digital do Instituto Evandro Chagas (Patuá) |
Texto Completo: | https://patua.iec.gov.br/handle/iec/4480 |
Resumo: | Os Rotavírus (RV) são considerados o principal patógeno que causa gastroenterite tanto em seres humanos, quanto em animais jovens de várias espécies, como as aves e os mamíferos. A transmissão dos RV ocorre principalmente por via fecal-oral, podendo ocorrer também por meio de água e alimentos contaminados. Os grupos de RV que infectam exclusivamente as aves são os RVA, RVD, RVF e RVG. No Brasil, os RV já foram detectados em aves de corte, aves domésticas e aves selvagens. No estado do Pará, já foram registrados os RVA, RVD, RVF e RVG em aves de corte e os RVD em aves silvestres, porém foram detectados em ensaios de RT-PCR separadamente, e por esse motivo é que se sugere um ensaio diagnóstico de PCR Multiplex para que esses agentes sejam detectados simultaneamente. Este estudo objetivou padronizar a técnica de RT-PCR Multiplex para detecção de Rotavírus A, D, F e G em aves. Foram utilizadas 21 amostras do banco de amostras do Instituto Evandro Chagas. Suspensões fecais a 10% em tampão Tris-Ca++ 0,01M foram realizadas, seguida da extração do genoma viral. A Reação em Cadeia mediada pela Polimerase precedida por Transcrição Reversa (RT-PCR Multiplex) foi realizada utilizando diferentes iniciadores específicos para RVA, RVD, RVF e RVG. Para confirmar a positividade das amostras, bem como a validação da RT-PCR Multiplex, os produtos da RT- PCR Multiplex foram submetidos à eletroforese em gel de agarose a 2%, em seguida purificados e sequenciados pelo método de Sanger. Os primers foram avaliados quanto a sua especificidade e sensibilidade e a técnica de RT-PCR Multiplex foi avaliada quanto a sua reprodutibilidade, repetibilidade e o coeficiente de Kappa. Dessa forma, todos os primers foram específicos e com um limiar de detecção de 5x10- 5ng/µL. A técnica apresentou uma reprodutibilidade de 91,6%, repetibilidade 93,54% e o coeficiente de Kappa igual a 0,82. Dessa forma, o teste desenvolvido foi considerado uma ferramenta específica e sensível para a detecção simultânea dos diferentes grupos de RV que infectam aves. |
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Souto, Lizandra Caroline dos SantosSilva, Luciana Damascena daCasseb, Samir Mansour MoraesSoares, Luana da SilvaSiqueira, Jones Anderson MonteiroMascarenhas, Joana D’Arc Pereira2022-04-28T17:23:59Z2022-04-28T17:23:59Z2020SOUTO, Lizandra Caroline dos Santos. Validação de RT-PCR multiplex para detecção de rotavírus A, D, F e G em aves. 60 f. Dissertação (Mestrado em Virologia) - Instituto Evandro Chagas, Programa de Pós-Graduação em Virologia, Ananindeua, 2020.https://patua.iec.gov.br/handle/iec/4480Os Rotavírus (RV) são considerados o principal patógeno que causa gastroenterite tanto em seres humanos, quanto em animais jovens de várias espécies, como as aves e os mamíferos. A transmissão dos RV ocorre principalmente por via fecal-oral, podendo ocorrer também por meio de água e alimentos contaminados. Os grupos de RV que infectam exclusivamente as aves são os RVA, RVD, RVF e RVG. No Brasil, os RV já foram detectados em aves de corte, aves domésticas e aves selvagens. No estado do Pará, já foram registrados os RVA, RVD, RVF e RVG em aves de corte e os RVD em aves silvestres, porém foram detectados em ensaios de RT-PCR separadamente, e por esse motivo é que se sugere um ensaio diagnóstico de PCR Multiplex para que esses agentes sejam detectados simultaneamente. Este estudo objetivou padronizar a técnica de RT-PCR Multiplex para detecção de Rotavírus A, D, F e G em aves. Foram utilizadas 21 amostras do banco de amostras do Instituto Evandro Chagas. Suspensões fecais a 10% em tampão Tris-Ca++ 0,01M foram realizadas, seguida da extração do genoma viral. A Reação em Cadeia mediada pela Polimerase precedida por Transcrição Reversa (RT-PCR Multiplex) foi realizada utilizando diferentes iniciadores específicos para RVA, RVD, RVF e RVG. Para confirmar a positividade das amostras, bem como a validação da RT-PCR Multiplex, os produtos da RT- PCR Multiplex foram submetidos à eletroforese em gel de agarose a 2%, em seguida purificados e sequenciados pelo método de Sanger. Os primers foram avaliados quanto a sua especificidade e sensibilidade e a técnica de RT-PCR Multiplex foi avaliada quanto a sua reprodutibilidade, repetibilidade e o coeficiente de Kappa. Dessa forma, todos os primers foram específicos e com um limiar de detecção de 5x10- 5ng/µL. A técnica apresentou uma reprodutibilidade de 91,6%, repetibilidade 93,54% e o coeficiente de Kappa igual a 0,82. Dessa forma, o teste desenvolvido foi considerado uma ferramenta específica e sensível para a detecção simultânea dos diferentes grupos de RV que infectam aves.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Programa de Pós-Graduação em Virologia. Ananindeua, PA, Brasil.porMS/SVS/Instituto Evandro ChagasValidação de RT-PCR multiplex para detecção de rotavírus A, D, F e G em avesinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis2020-06-26Núcleo de Ensino e Pós-GraduaçãoInstituto Evandro ChagasMestrado AcadêmicoAnanindeua / PAPrograma de Pós-Graduação em VirologiaRotavirus / patogenicidadeAves Domésticas / virologiaInfecções por RotavirusBiologia Molecular / métodosReação em Cadeia da Polimerase Multiplex / métodosinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Digital do Instituto Evandro Chagas (Patuá)instname:Instituto Evandro Chagas (IEC)instacron:IECORIGINALValidação de RT-PCR multiplex para detecção de rotavírus A, D, F e G em aves.pdfValidação de RT-PCR multiplex para detecção de rotavírus A, D, F e G em aves.pdfapplication/pdf1550043https://patua.iec.gov.br/bitstreams/7f06fe12-1d79-4c63-bc70-89cc3b572428/downloadce802f096d3291dbe9ba1630f6919c93MD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82182https://patua.iec.gov.br/bitstreams/b0fa1940-1eba-4ae4-909f-3c69a48b236c/download11832eea31b16df8613079d742d61793MD52TEXTValidação de RT-PCR multiplex para detecção de rotavírus A, D, F e G em aves.pdf.txtValidação de RT-PCR multiplex para detecção de rotavírus A, D, F e G em aves.pdf.txtExtracted texttext/plain98266https://patua.iec.gov.br/bitstreams/97fd041c-9f87-4b73-83f6-af0a1f74fe4c/download8608d5600ad6e483c874d6bc369b8686MD55THUMBNAILValidação de RT-PCR multiplex para detecção de rotavírus A, D, F e G em aves.pdf.jpgValidação de RT-PCR multiplex para detecção de rotavírus A, D, F e G em aves.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg2723https://patua.iec.gov.br/bitstreams/47cb4a9a-f017-4988-981f-49a1cef338f9/downloade5fd7c701f88222900a215999e4ee1d6MD56iec/44802022-10-20 21:07:14.158oai:patua.iec.gov.br:iec/4480https://patua.iec.gov.brRepositório InstitucionalPUBhttps://patua.iec.gov.br/oai/requestclariceneta@iec.gov.br || Biblioteca@iec.gov.bropendoar:2022-10-20T21:07:14Repositório Digital do Instituto Evandro Chagas (Patuá) - 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