Identification of TCTEX1D4 interactome in human testis
Autor(a) principal: | |
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Data de Publicação: | 2012 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | eng |
Título da fonte: | Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) |
Texto Completo: | http://hdl.handle.net/10773/9746 |
Resumo: | T-complex testis expressed protein 1 domain containing 4 (TCTEX1D4) é uma cadeia leve de dineina identificada como sendo uma proteina que interage, no testículo humano, com a fosfoproteina fosfatase 1. As funções específicas da TCTEX1D4 ainda são desconhecidas e identificar as suas proteinas interactoras pode ilucidar sobre as funções desta. Foi aplicado o método de dois híbrido de levedura com o intuito de identificar o interactoma da TCTEX1D4. Foram obtidos 494 clones positivos, dos quais 86 foram identificados correspondendo a 44 diferentes proteinas. Uma análise in silico das características funcionas de todas as proteinas identificadas revelou que as proteinas que interagem com a TCTEX1D4 apresentam funções tão diversas como ligação a iões, ligação ao DNA e actividade peptídica. Também foram obtidas os padrões de expressão em diversos tecidos da base de dados UniGene. Duas proteinas que interagem com TCTEX1D4 são específicas de testículo enquanto 5 são enriquecidas nestes tecido. A rede de interação da TCTEX1D4 foi construída no Cytoscape e combinando os padrões de expressão foi possível identificar possíveis complexos proteicos da TCTEX1D4 específicos ou enriquecidos no testículo. Os complexos TCTEX1D4/TCTEX1D2 e TCTEX1D4/CRISP2 foram caracterizados mais profundamente, revelando que a TCTEX1D4 pode estar envolvida na reação acrossómica, mobilidade do espermatozoide e na interação célula-célula. Em conclusão as funções da TCTEXD4 ainda são desconhecidas mas a identificação e caracterização do seu interactoma ajuda a revelar as suas possiveis funções. |
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Identification of TCTEX1D4 interactome in human testisBiomedicinaHomens - Órgãos reprodutoresProteínasFosfatasesT-complex testis expressed protein 1 domain containing 4 (TCTEX1D4) é uma cadeia leve de dineina identificada como sendo uma proteina que interage, no testículo humano, com a fosfoproteina fosfatase 1. As funções específicas da TCTEX1D4 ainda são desconhecidas e identificar as suas proteinas interactoras pode ilucidar sobre as funções desta. Foi aplicado o método de dois híbrido de levedura com o intuito de identificar o interactoma da TCTEX1D4. Foram obtidos 494 clones positivos, dos quais 86 foram identificados correspondendo a 44 diferentes proteinas. Uma análise in silico das características funcionas de todas as proteinas identificadas revelou que as proteinas que interagem com a TCTEX1D4 apresentam funções tão diversas como ligação a iões, ligação ao DNA e actividade peptídica. Também foram obtidas os padrões de expressão em diversos tecidos da base de dados UniGene. Duas proteinas que interagem com TCTEX1D4 são específicas de testículo enquanto 5 são enriquecidas nestes tecido. A rede de interação da TCTEX1D4 foi construída no Cytoscape e combinando os padrões de expressão foi possível identificar possíveis complexos proteicos da TCTEX1D4 específicos ou enriquecidos no testículo. Os complexos TCTEX1D4/TCTEX1D2 e TCTEX1D4/CRISP2 foram caracterizados mais profundamente, revelando que a TCTEX1D4 pode estar envolvida na reação acrossómica, mobilidade do espermatozoide e na interação célula-célula. Em conclusão as funções da TCTEXD4 ainda são desconhecidas mas a identificação e caracterização do seu interactoma ajuda a revelar as suas possiveis funções.T-complex testis expressed protein 1 domain containing 4 (TCTEX1D4) is a dynein light chain that was identified as a phosphoprotein phosphatase 1 interacting partner in human testis. The specific functions of TCTEX1D4 in testis are still unknown and identification of TCTEX1D4 interacting proteins can ilucidate possible functions of this protein. A yeast two hybrid approach was undertook to identify the TCTEX1D4 interactome. We obtained 494 positive clones from which 86 clones were identified corresponding to 44 different proteins. An in silico analyzis was performed for all proteins identified. In silico functional characterization of TCTEX1D4 interactome reveald its diverse in cellular functions ranging from proteins with ion binding function to DNA binding and peptidase activity. Also a tissue expression distribution was obtained from UniGene database and 2 specififc testis and 5 testis enriched TCTEX1D4 interacting proteins were identified. A TCTEX1D4 network was constructed n Cytoscape and combining tissues expression profiles we were able to identified possble TCTEX1D4 protein complexes specific or enriched in testis. Two TCTEX1D4 protein complexes TCTEX1D4/TCTEX1D2 and TCTEX1D4/CRISP2 were further studied revealing that TCTEX1D4 may be involved in acrosome reaction, sperm motility and cell-cell interaction. In conclusion TCTEX1D4 is still known but identification and characterization of its interactome can help unveil its putative functions.Universidade de Aveiro2018-07-20T14:00:38Z2012-06-17T00:00:00Z2012-06-172014-06-17T15:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10773/9746engFreitas, Maria João Martinho deinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2024-05-06T03:44:38Zoai:ria.ua.pt:10773/9746Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openairemluisa.alvim@gmail.comopendoar:71602024-05-06T03:44:38Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse |
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