Caracterização de novos flebovírus de ixodídeos: diversidade genética e distruição geográfica em Portugal e na Estremadura espanhola
Autor(a) principal: | |
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Data de Publicação: | 2018 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) |
Texto Completo: | http://hdl.handle.net/10362/52951 |
Resumo: | A descoberta dos vírus Heartland e Severe fever with thrombocytopenia syndrome, ambos patogénicos para o Homem, estimulou na última década a identificação e caracterização de novos flebovírus (Bunyavirales, Phenuiviridae, Phlebovirus), transmitidos por, ou associados a ixodídeos. Este trabalho foi realizado com o objetivo de investigar a distribuição natural destes agentes, e caracterizar a sua diversidade em ixodídeos colhidos em Portugal e Espanha. Utilizámos para o rastreio das amostras analisadas uma estratégia de deteção baseada na utilização de RT-PCR, gerando, concomitantemente, sequências parciais de Phlebovirus correspondentes a parte da sequência que codifica a polimerase de RNA viral. As colheitas dos exemplares de ixodídeos analisados foram efetuadas no centro e norte de Portugal, na Ilha de São Miguel (arquipélago dos Açores), na Ilha da Madeira (arquipélago da Madeira) e na região ocidental de Espanha (províncias da Estremadura e Castela/Leão). Da amostra estudada, com um total de 746 ixodídeos, 221 (29,6%) foram recolhidos da vegetação e 525 (70,6%) de hospedeiros vertebrados. Foi ainda possível estudar 3 posturas de ovos ocorridas no período decorrido entre a recolha e o trabalho experimental. Os ixodídeos foram organizados em pools, tendo sido obtidos resultados positivos de amplificação de sequências virais em 45/92 (48,9%) das pools estudadas. Este resultado revelou-se independentemente dos diferentes métodos de recolha dos exemplares, dos seus estádios de desenvolvimento, bem como do género dos exemplares neles incluídos. A análise filogenética de um fragmento de cerca de 500 pb (segmento L), permitiu aferir a existência de relações de filogenia entre as sequências obtidas, onde as linhagens genéticas encontradas foram consistentes nas várias árvores filogenéticas efetuadas. Foi ainda evidente a associação de linhagens com as sequências da proteína putativa da proteína L, caracterizada pelos grupos (padrões) de resíduos de aminoácidos identificados em alinhamentos múltiplos de sequências proteicas. Na maior parte dos casos, quando analisadas múltiplas sequências obtidas a partir de um mesmo produto de amplificação, foi revelada uma baixa diversidade genética. Como perspetiva consideramos ser de extrema importância que estes estudos continuem a ser feitos e alargados, pelo menos, a toda a Europa de forma a rastrear a diversidade genética, a evolução, a taxonomia, a epidemiologia e avaliar a eventual patogenicidade (ou não) destes vírus. |
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Caracterização de novos flebovírus de ixodídeos: diversidade genética e distruição geográfica em Portugal e na Estremadura espanholaCiências biomédicasBiologia molecularPhebovírusIxodídeosSequências do segmento - LCaracterização filogenéticaPortugalEstremadura espanholaDomínio/Área Científica::Ciências MédicasA descoberta dos vírus Heartland e Severe fever with thrombocytopenia syndrome, ambos patogénicos para o Homem, estimulou na última década a identificação e caracterização de novos flebovírus (Bunyavirales, Phenuiviridae, Phlebovirus), transmitidos por, ou associados a ixodídeos. Este trabalho foi realizado com o objetivo de investigar a distribuição natural destes agentes, e caracterizar a sua diversidade em ixodídeos colhidos em Portugal e Espanha. Utilizámos para o rastreio das amostras analisadas uma estratégia de deteção baseada na utilização de RT-PCR, gerando, concomitantemente, sequências parciais de Phlebovirus correspondentes a parte da sequência que codifica a polimerase de RNA viral. As colheitas dos exemplares de ixodídeos analisados foram efetuadas no centro e norte de Portugal, na Ilha de São Miguel (arquipélago dos Açores), na Ilha da Madeira (arquipélago da Madeira) e na região ocidental de Espanha (províncias da Estremadura e Castela/Leão). Da amostra estudada, com um total de 746 ixodídeos, 221 (29,6%) foram recolhidos da vegetação e 525 (70,6%) de hospedeiros vertebrados. Foi ainda possível estudar 3 posturas de ovos ocorridas no período decorrido entre a recolha e o trabalho experimental. Os ixodídeos foram organizados em pools, tendo sido obtidos resultados positivos de amplificação de sequências virais em 45/92 (48,9%) das pools estudadas. Este resultado revelou-se independentemente dos diferentes métodos de recolha dos exemplares, dos seus estádios de desenvolvimento, bem como do género dos exemplares neles incluídos. A análise filogenética de um fragmento de cerca de 500 pb (segmento L), permitiu aferir a existência de relações de filogenia entre as sequências obtidas, onde as linhagens genéticas encontradas foram consistentes nas várias árvores filogenéticas efetuadas. Foi ainda evidente a associação de linhagens com as sequências da proteína putativa da proteína L, caracterizada pelos grupos (padrões) de resíduos de aminoácidos identificados em alinhamentos múltiplos de sequências proteicas. Na maior parte dos casos, quando analisadas múltiplas sequências obtidas a partir de um mesmo produto de amplificação, foi revelada uma baixa diversidade genética. Como perspetiva consideramos ser de extrema importância que estes estudos continuem a ser feitos e alargados, pelo menos, a toda a Europa de forma a rastrear a diversidade genética, a evolução, a taxonomia, a epidemiologia e avaliar a eventual patogenicidade (ou não) destes vírus.The discovery of the Heartland and Severe fever with thrombocytopenia syndrome viruses, both pathogenic to Humans, has stimulated over the last decade the discovery and characterization of new phleboviruses (Bunyavirales, Phenuiviridae, Phlebovirus) transmitted by, or associated with, ticks. This study was carried out with the purpose of investigating the natural distribution of these agents and document their diversity in ticks collected in Portugal and Spain. The collected samples were screen for viral sequences using a strategy of detection based on the use of RT-PCR, generating, at the same time, partial Phlebovirus sequences, corresponding to part of the coding sequence of the viral RNA polymerase. The samples were collected in the center and north of Portugal, in São Miguel Island (archipelago of the Azores), in Madeira island (archipelago of Madeira), and in the western region of Spain (in the provinces of Estremadura and Castilla/Leon). From the total 746 ticks analyzed, 221 (29.6%) were collected from the vegetation and 525 (70.5%) from vertebrate hosts. It was also possible to screen 3 eggs laid in the time frame in between the harvest and the experimental work. The ticks that were organized in pools, and positive test results (revealing the presence of viral sequences) were associated with 45/92 (48.9%) of the studied pools, with the results being independent of the specimens harvest methods, their development stage and the specimens genera analyzed. The phylogenetic analysis of a fragment with about 500 pb (L segment), has allowed us to deduce the existence of phylogenetic relations between the obtained sequences. The genetic lineages identified were consistent in the various phylogenetic trees made, with an evident association of lineages with the sequences of the putative protein L, which were characterized by the groups (patterns) of residues of amino acids identified in multiple protein sequences alignments. In most cases, when analyzing multiple sequences obtained from the same amplification product, a low genetic diversity was revealed. As a perspective, we believe it is extremely important that studies such as these keep being conducted in the future, possibly extending them to, at least, other parts of Europe, in order to track the genetic diversity, the evolution, the taxonomy, the epidemiology, and investigate the pathogenicity (or not) of these viruses.Instituto de Higiene e Medicina TropicalPARREIRA, RicardoNUNES, MónicaRUNAFONSO, Rita2019-11-09T01:30:41Z201820182018-01-01T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10362/52951TID:202025438porinfo:eu-repo/semantics/embargoedAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2024-03-11T04:26:18Zoai:run.unl.pt:10362/52951Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-20T03:32:36.754968Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse |
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