COVID-19 na região sul de Portugal: Estudo da aplicação da metodologia NGS na caracterização de variantes genéticas de SARS-CoV-2 isoladas em cadáveres

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Rodrigues, Joana Rita Martins
Data de Publicação: 2022
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10451/59216
Resumo: Tese de mestrado, Biologia Molecular e Genética, 2022, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências
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spelling COVID-19 na região sul de Portugal: Estudo da aplicação da metodologia NGS na caracterização de variantes genéticas de SARS-CoV-2 isoladas em cadáveresCoronavírusCovid-19Oxford Nanopore NGSSARS-CoV-2VariantesTeses de mestrado - 2022Departamento de Biologia VegetalTese de mestrado, Biologia Molecular e Genética, 2022, Universidade de Lisboa, Faculdade de CiênciasA infeção pelo vírus SARS-CoV-2 espalhou-se rapidamente pelo mundo inteiro, desde a sua origem na cidade de Wuhan, na China, em dezembro de 2019, persistindo até então. A maioria dos pacientes apresenta sintomas semelhantes aos da gripe. No entanto, em determinados casos pode levar à pneumonia e insuficiência respiratória graves. O diagnóstico pode ser realizado através de análises imunoserológicas e análises moleculares, estas últimas, pela sua sensibilidade, são mais eficazes na deteção precoce da infeção, detetando o RNA viral recorrendo a técnicas de polymerase chain reaction (PCR). Para a sua realização é, por norma, utilizada uma amostra de exsudado nasofaríngeo colhido em zaragatoa. As tecnologias de sequenciação genética de nova geração (NGS) tornaram-se, rapidamente, o método de escolha para várias aplicações em virologia. No caso do vírus SARS-CoV-2, estas tecnologias estão a ser desenvolvidas e aplicadas com sucesso na identificação e controlo de variantes, que resultam de constantes mutações que podem conferir ao vírus uma vantagem seletiva, tornando muito importante a sua caracterização. Estabelecemos como objetivo principal, o estudo da aplicação do método de NGS Oxford Nanopore na determinação de variantes em estirpes de SARS-CoV-2 isoladas de cadáveres. As variantes foram caracterizadas de acordo com as suas mutações para determinar as respetivas linhagens, tendo sindo possível identificar vários SNVs (single nucleotide variants) característicos das mesmas e respetivas substituições de aminoácidos, bem como algumas deleções. Analisando a distribuição das variantes das amostras em estudo, nos semestres de 2021, em ambos os grupos, constatou-se que no primeiro semestre houve uma predominância das variantes 20A (EU1) e 20I (Alfa) que, no segundo semestre, foram substituídas, essencialmente, pela variante 21J (Delta), estando os nossos dados de acordo com a bibliografia científica disponível.SARS-CoV-2 virus infection has spread rapidly around the world since its origin in Wuhan, China, in December 2019, persisting until then. Most patients have flu-like symptoms. However, in certain cases it can lead to pneumonia and severe respiratory failure. The diagnosis can be made through immunoserological analyses and molecular analyses, the latter, due to their sensitivity, are more effective in early detection of the infection, detecting the viral RNA using polymerase chain reaction (PCR) techniques. A nasopharyngeal swab sample is usually used for its performance. Next-generation genetic sequencing (NGS) technologies have quickly become the method of choice for various applications in virology. In the case of the SARS-CoV-2 virus, these technologies are being successfully developed and applied in the identification and control of variants, which result from constant mutations that can give the virus a selective advantage, making its characterization very important. We established as main objective the study of the application of the NGS Oxford Nanopore method in the determination of variants in SARS-CoV-2 strains isolated from cadavers. The variants were characterized according to their mutations to determine their strains, and it was possible to identify several SNVs (single nucleotide variants) characteristic of them and their amino acid substitutions, as well as some additions. Analyzing the distribution of the variants of the samples under study, in the semesters of 2021, in both groups, it was found that in the first semester there was a predominance of variants 20A (EU1) and 20I (Alpha) which, in the second semester, were essentially replaced by variant 21J (Delta). Our data were according to the available scientific bibliography.Santos, António Joaquim AmorimRepositório da Universidade de LisboaRodrigues, Joana Rita Martins2023-09-12T09:39:46Z202220222022-01-01T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10451/59216porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2023-11-08T17:08:14Zoai:repositorio.ul.pt:10451/59216Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-19T22:09:11.018278Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse
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