Epidemiologia molecular da colonização por Streptococcus agalactiae em mulheres grávidas

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Pedrosa, Rui David Ferro, 1996-
Data de Publicação: 2020
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10451/46175
Resumo: Tese de mestrado, Microbiologia Clínica e Doenças Infecciosas Emergentes, Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina, 2020
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spelling Epidemiologia molecular da colonização por Streptococcus agalactiae em mulheres grávidasStreptococcus agalactiaeEpidemiologia molecularGrávidasColonizaçãoGenómicaTeses de mestrado - 2020Domínio/Área Científica::Ciências MédicasTese de mestrado, Microbiologia Clínica e Doenças Infecciosas Emergentes, Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina, 2020Streptococcus agalactiae é uma espécie bacteriana maioritariamente colonizadora, podendo também causar, em adultos, doença não invasiva como a maioria dos casos de infeções na pele e tecidos moles ou doença invasiva como sépsis, endocardite ou pneumonia. É a principal responsável pela doença invasiva em recém-nascidos, provocando geralmente sépsis, pneumonia, bacteriémia ou meningite. S. agalactiae coloniza assintomaticamente os tratos genitourinário e gastrointestinal e estima-se que uma em cada cinco grávidas encontra-se colonizada por S. agalactiae. Uma vez que a colonização da grávida é reconhecida como o principal reservatório de doença neonatal, o presente estudo procura caracterizar, por análise genómica, estirpes de S. agalactiae que colonizam mulheres grávidas. Em 2013, a Direção-Geral da Saúde oficializou uma norma que inclui o rastreio da colonização por S. agalactiae entre as 35 e 37 semanas de gestação e a administração de profilaxia intraparto às portadoras, sendo a penicilina a primeira opção terapêutica. Neste contexto, entre 2017 e 2018, foram estudadas 252 estirpes de S. agalactiae isoladas de exsudados vaginais/rectais de grávidas (com idades compreendidas entre os 14 e 48 anos), na zona da Grande Lisboa, das quais, posteriormente, os genomas foram extraídos e sequenciados. Observou-se uma elevada diversidade dos serotipos (SID = 0.817; 95%; IC: 0.803 – 0.829), em que o serotipo Ia foi o mais frequente (23.8%), seguidos pelos serotipos III (21.0%), V (19.0%), II (16.7%) e Ib (14.3%). O serotipo Ib aumentou em frequência em comparação com a sua prevalência em estudos anteriores neste mesmo contexto. Foram observados 46 sequence types (ST) com uma diversidade elevada (SID = 0.917; 95%; IC: 0.900 – 0.934), distribuídos por 10 complexos clonais (CC) e 4 singletons. O CC23/24 dominou (28.2%), seguido pelos CC1 (23.0%), CC17 (17.5%), CC19 (13.9%) e CC10 (9.1%). A linhagem CC1/alp3/PI-1+PI-2a foi a mais frequentemente identificada neste estudo e incluiu 23 estirpes do serotipo Ib, representando cerca de metade das estirpes resistentes a macrólidos, lincosamidas e estreptograminas B, e sendo a segunda linhagem mais representada na resistência à tetraciclina. Esta linhagem é a que mais contribuiu para a taxa de resistência a macrólidos e lincosamidas, e tem mostrado uma tendência de aumento em Portugal. Esta mesma linhagem do serotipo Ib foi, entre 2009 e 2015, a principal responsável pela doença invasiva em adultos excluindo as grávidas. Embora S. agalactiae seja intrinsecamente suscetível à penicilina foram já descritas estirpes que apresentam uma suscetibilidade diminuída à penicilina. Neste contexto, através de métodos fenotípicos e genotípicos foi realizada uma pesquisa por estirpes com suscetibilidade diminuída à penicilina. Nesta pesquisa foram identificadas três estirpes que exibiram fenotipicamente suscetibilidade diminuída à penicilina, que continham o mesmo padrão de mutações nas proteínas de ligação à penicilina (PBP), sendo uma destas mutações única na coleção, previamente descrita na literatura em estirpes com o mesmo fenótipo, o que sugere que desempenha um papel importante na suscetibilidade diminuída. É fundamental a realização de mais estudos epidemiológicos a fim de monitorizar as linhagens genéticas e genes de resistência, em ambos os contextos de colonização e doença invasiva, contribuindo para adequadas estratégias de prevenção e tratamento da doença invasiva por S. agalactiae.Streptococcus agalactiae is a well-known colonizing bacteria, also being able to cause, in adults, noninvasive disease such as the majority of skin and soft tissue infections, or invasive disease such as sepsis, endocarditis or pneumonia. S. agalactiae is the leading cause of invasive disease in newborns, usually causing sepsis, pneumonia, bacteremia or meningitis. S. agalactiae can colonize asymptotically the gastrointestinal and genitourinary tract, and it is estimated that one in every five pregnant women are colonized by S. agalactiae. Since colonization of pregnant woman is recognized as the main reservoir of neonatal disease, the present study aims at characterizing, by genomic analysis S. agalactiae strains isolated from colonized pregnant women. In 2013, Direção-Geral da Saúde implemented the universal screening of S. agalactiae colonization in pregnant women, between the 35th and 37th weeks gestation and administration of intrapartum antibiotic prophylaxis to carriers, with penicillin being the first therapeutic option. In this context, between 2017 and 2018, a total of 252 S. agalactiae strains were collected from vaginal/rectal swabs from pregnant women (aged between 14 and 48 years old) in three hospitals from the Lisbon metropolitan area. The strain´s genomes were then extracted and sequenced. A high diversity of serotypes was observed (SID = 0.817; 95%; CI: 0.803 – 0.829), with serotype Ia being the most frequent (23.8%), followed by serotypes III (21.0%), V (19.0%), II (16.7%) and Ib (14.3%). Serotype Ib appears to emerge increased in frequency when compared with its prevalence in past studies within the same context. It was also identified 46 sequence types (ST) with a high diversity (SID = 0.917; 95%; CI:0.900 – 0.934), distributed for 10 clonal complexes (CC) and 4 singletons. CC23/24 showed the highest prevalence (28.2%), followed by CC1 (23.0%), CC17 (17.5%), CC19 (13.9%) and CC10 (9.1%). The lineage CC1/alp3/PI-1+PI-2a was the most frequently identified in this study, including 23 serotype Ib isolates which represent almost half of the strains resistant to macrolides, lincosamides and streptomycin B, and also being the second most represented lineage regarding to tetracycline resistance. This lineage is the has significantly contributed to macrolide and lincosamide resistance rates and is showing an increasing tendency in Portugal. This same lineage was identified as the main responsible for invasive disease in nonpregnant adults between 2009 and 2015. Although S. agalactiae is intrinsically susceptible to penicillin, strains showing reduced susceptibility to penicillin have been reported. In this context, through phenotypic and genotypic methods, a screening of isolates showing reduced penicillin susceptibility was performed. Three isolates exhibited phenotypic reduced susceptibility, all containing the same penicillin binding proteins (PBP) mutations profile, with one of these mutations being unique in the collection, and previously described in the literature in strains with the same phenotype, suggesting that this mutation plays an important role in reduced penicillin susceptibility. More epidemiological studies are crucial to monitor the S. agalactiae genetic lineages and antibiotic resistance mechanisms, in both contexts of colonization and invasive disease, contributing to an appropriate prevention and management of preventive strategies and treatment of S. agalactiae invasive disease.Martins, Elisabete Raquel Ferreira, 1978-Repositório da Universidade de LisboaPedrosa, Rui David Ferro, 1996-2022-07-21T00:30:45Z2020-07-212020-07-21T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10451/46175TID:202505669porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2023-11-08T16:48:22Zoai:repositorio.ul.pt:10451/46175Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-19T21:58:26.233505Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse
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