PKD2-dependent sensing mechanism in Kupffer’s vesicle: how it affects the left-right axis establishment in zebrafish

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Autor(a) principal: Jacinto, Ana Raquel Marques
Data de Publicação: 2018
Idioma: eng
Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10362/39622
Resumo: RESUMO: Estabelecimento do eixo Esquerda-Direita (ED) é um processo complexo que ocorre cedo durante o desenvolvimento. Exige a integração de várias vias de sinalização, tais como TGF- β, Notch, Wnt e Cálcio. Também envolve a coordenação de dinâmica de fluídos, difusão de morfogénios e movimento ciliar. Tudo junto e coordenado no tempo leva à correta localização dos órgãos internos. Problemas no estabelecimento deste eixo estão normalmente associados a doenças crónicas. As primeiras decisões assimétricas acontecem numa pequena e transiente estrutura chamada o Organizador Esquerda Direita, uma estrutura ciliar que existe em vários vertebrados. Cílios móveis geram um fluxo de fluido assimétrico que se traduz numa expressão génica assimétrica entre o lado esquerdo e o lado direito. Estes sinais são depois transferidos à Mesoderme Lateral, o tecido que mais tarde dá origem ao coração e influencia a endoderme que dá origem a órgãos como o fígado e o pâncreas. No Capítulo 2, focámo-nos em tentar compreender como é que as vias de sinalização se coordenavam para decidir entre um cílio móvel e imóvel no Organizador. Embora a expressão de Foxj1a em todas as células do Organizador produza cílios com ultra-estrutura compatível com motilidade, a decisão entre mover ou não é exclusiva da via de sinalização Notch. A seguir, focámo-nos em caracterizar Pkd2, um canal de cálcio importante no estabelecimento do eixo ED. Este canal está associado ao Pkd1l1, uma molécula com domínios capazes de sentir fluido e responder com entrada de cálcio na célula. No Capítulo 3, questionámos se não ter fluxo no Organizador tinha o mesmo impacto que não ter um mecanismo para sentir esse fluxo através da ausência do Pkd2. A única manipulação que não afetou a arquitetura do Organizador foi remover o Pkd2 apenas nas células do Organizador, o que não é muito eficiente e tem impacto na velocidade do fluxo dentro do Organizador. Ainda assim, todas as manipulações efetuadas deram o mesmo fenótipo: randomização da posição dos órgãos. No Capítulo 4, fizemos um estudo de transcritómica usando apenas as células do Organizador em embriões normais ou injetados com morpholino contra o Pkd2. Embora não tenhamos encontrado genes com expressão assimétrica à volta do Organizador, encontramos quatro novos genes que influenciam o estabelecimento do eixo: cacybp, frzb, pvalb6 e ncl1. No Capítulo 5, focámo-nos na ncl1, um gene nunca antes associado ao estabelecimento do eixo e que atua como antagonista da via de sinalização TGF-β ao influenciar a secreção de Lefty e influenciando a padronização da mesoderme-endoderme. Nós descobrimos que este gene impactua no estabelecimento do eixo, provavelmente ao influenciar a secreção de algum elemento da via de sinalização TGF-β. No Capítulo 6, focámo-nos em estabelecer o peixezebra como um bom modelo para estudar toxicidade no rim em resposta a fármacos. Em suma, os resultados apresentados nesta tese providenciam novas pistas para o estabelecimento do eixo ED, desde o movimento do cílio a novos genes a jusante do Pkd2 e do cálcio. Também reforçámos a ideia de que o peixe-zebra pode ser um bom modelo para estudar doenças humanas.
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spelling PKD2-dependent sensing mechanism in Kupffer’s vesicle: how it affects the left-right axis establishment in zebrafishEstabelecimento do eixo Esquerda-DireitaPkd2Motilidade ciliarVia de sinalização TGF-β e NotchLeft-Right axis establishmentPkd2Cilia motilityTGF- β signalling, Notch signallingCiências MédicasRESUMO: Estabelecimento do eixo Esquerda-Direita (ED) é um processo complexo que ocorre cedo durante o desenvolvimento. Exige a integração de várias vias de sinalização, tais como TGF- β, Notch, Wnt e Cálcio. Também envolve a coordenação de dinâmica de fluídos, difusão de morfogénios e movimento ciliar. Tudo junto e coordenado no tempo leva à correta localização dos órgãos internos. Problemas no estabelecimento deste eixo estão normalmente associados a doenças crónicas. As primeiras decisões assimétricas acontecem numa pequena e transiente estrutura chamada o Organizador Esquerda Direita, uma estrutura ciliar que existe em vários vertebrados. Cílios móveis geram um fluxo de fluido assimétrico que se traduz numa expressão génica assimétrica entre o lado esquerdo e o lado direito. Estes sinais são depois transferidos à Mesoderme Lateral, o tecido que mais tarde dá origem ao coração e influencia a endoderme que dá origem a órgãos como o fígado e o pâncreas. No Capítulo 2, focámo-nos em tentar compreender como é que as vias de sinalização se coordenavam para decidir entre um cílio móvel e imóvel no Organizador. Embora a expressão de Foxj1a em todas as células do Organizador produza cílios com ultra-estrutura compatível com motilidade, a decisão entre mover ou não é exclusiva da via de sinalização Notch. A seguir, focámo-nos em caracterizar Pkd2, um canal de cálcio importante no estabelecimento do eixo ED. Este canal está associado ao Pkd1l1, uma molécula com domínios capazes de sentir fluido e responder com entrada de cálcio na célula. No Capítulo 3, questionámos se não ter fluxo no Organizador tinha o mesmo impacto que não ter um mecanismo para sentir esse fluxo através da ausência do Pkd2. A única manipulação que não afetou a arquitetura do Organizador foi remover o Pkd2 apenas nas células do Organizador, o que não é muito eficiente e tem impacto na velocidade do fluxo dentro do Organizador. Ainda assim, todas as manipulações efetuadas deram o mesmo fenótipo: randomização da posição dos órgãos. No Capítulo 4, fizemos um estudo de transcritómica usando apenas as células do Organizador em embriões normais ou injetados com morpholino contra o Pkd2. Embora não tenhamos encontrado genes com expressão assimétrica à volta do Organizador, encontramos quatro novos genes que influenciam o estabelecimento do eixo: cacybp, frzb, pvalb6 e ncl1. No Capítulo 5, focámo-nos na ncl1, um gene nunca antes associado ao estabelecimento do eixo e que atua como antagonista da via de sinalização TGF-β ao influenciar a secreção de Lefty e influenciando a padronização da mesoderme-endoderme. Nós descobrimos que este gene impactua no estabelecimento do eixo, provavelmente ao influenciar a secreção de algum elemento da via de sinalização TGF-β. No Capítulo 6, focámo-nos em estabelecer o peixezebra como um bom modelo para estudar toxicidade no rim em resposta a fármacos. Em suma, os resultados apresentados nesta tese providenciam novas pistas para o estabelecimento do eixo ED, desde o movimento do cílio a novos genes a jusante do Pkd2 e do cálcio. Também reforçámos a ideia de que o peixe-zebra pode ser um bom modelo para estudar doenças humanas.ABSTRACT: Left-Right (LR) axis establishment is a complex process that happens early in development. It requires the interplay of several genetic pathways like TGF-β, Notch, Wnt and Calcium signalling. It also involves the integration of fluid dynamics, morphogen diffusion and cilium biosynthesis to correctly position the internal organs in their final destinations. Problems in LR axis establishment are often associated with chronic diseases. The first asymmetric decision commonly happens in a small transient structure, the Left-Right Organizer (LRO), a ciliated structure present in many vertebrates. Motile cilia generate an asymmetric fluid flow that is perceived differently between the left and the right side, which generates a calcium response and asymmetric gene expression. These signals are then transferred to the Lateral Plate Mesoderm, the tissue that will later give rise to the heart and influence the endoderm derived organs such as the liver and pancreas. In Chapter 2, we focused in understand the pathways behind deciding between being a motile vs immotile cilium in the LRO. Although all cilia are made motile in terms of ultrastructure due to Foxj1a expression, the decision to move or not is dependent on Notch signalling alone. Then, we focused on further characterization of an important calcium channel, Pkd2, in the LR. This channel is thought to partner with Pkd1l1 and sense flow, an important feature in LR. In Chapter 3, we asked if having no flow had the same impact as having no Pkd2-mediated sensing. The only manipulation that did not affect the LRO architecture was to target Pkd2 on the LRO cells only, which still left visible Pkd2 protein and a slower flow. Still, all our manipulations had the same phenotype: randomization of organ situs. In Chapter 4, we performed a LRO-specific microarray between WT and pkd2 morphant embryos in order to find other asymmetric genes present in the LRO. Although we did not find any gene expressed asymmetrically between left and right side, we indeed find four new genes with minor roles in LR: cacybp, frzb, pvalb6 and ncl1. In Chapter 5, we further focused in manipulating ncl1, a new gene in LR that is known to act as a TGF-β antagonist by facilitating Lefty secretion and impacting on mesendoderm patterning. Indeed, we found that it has an impact on LR, probably by influencing the secretion of some TGF- β signalling player. In Chapter 6, we set to establish zebrafish as a good model to study kidney toxicity when metabolizing drugs. Together, the results presented in this thesis provide new clues for LR axis establishment, from cilia motility to new downstream genes of Pkd2 and calcium. It also highlights the zebrafish as a good model to study human disease.Lopes, Susana SantosRUNJacinto, Ana Raquel Marques2020-01-12T01:31:09Z2018-06-112018-06-182018-06-11T00:00:00Zdoctoral thesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10362/39622TID:101477180enginfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2024-05-22T17:33:31Zoai:run.unl.pt:10362/39622Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openairemluisa.alvim@gmail.comopendoar:71602024-05-22T17:33:31Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse
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description RESUMO: Estabelecimento do eixo Esquerda-Direita (ED) é um processo complexo que ocorre cedo durante o desenvolvimento. Exige a integração de várias vias de sinalização, tais como TGF- β, Notch, Wnt e Cálcio. Também envolve a coordenação de dinâmica de fluídos, difusão de morfogénios e movimento ciliar. Tudo junto e coordenado no tempo leva à correta localização dos órgãos internos. Problemas no estabelecimento deste eixo estão normalmente associados a doenças crónicas. As primeiras decisões assimétricas acontecem numa pequena e transiente estrutura chamada o Organizador Esquerda Direita, uma estrutura ciliar que existe em vários vertebrados. Cílios móveis geram um fluxo de fluido assimétrico que se traduz numa expressão génica assimétrica entre o lado esquerdo e o lado direito. Estes sinais são depois transferidos à Mesoderme Lateral, o tecido que mais tarde dá origem ao coração e influencia a endoderme que dá origem a órgãos como o fígado e o pâncreas. No Capítulo 2, focámo-nos em tentar compreender como é que as vias de sinalização se coordenavam para decidir entre um cílio móvel e imóvel no Organizador. Embora a expressão de Foxj1a em todas as células do Organizador produza cílios com ultra-estrutura compatível com motilidade, a decisão entre mover ou não é exclusiva da via de sinalização Notch. A seguir, focámo-nos em caracterizar Pkd2, um canal de cálcio importante no estabelecimento do eixo ED. Este canal está associado ao Pkd1l1, uma molécula com domínios capazes de sentir fluido e responder com entrada de cálcio na célula. No Capítulo 3, questionámos se não ter fluxo no Organizador tinha o mesmo impacto que não ter um mecanismo para sentir esse fluxo através da ausência do Pkd2. A única manipulação que não afetou a arquitetura do Organizador foi remover o Pkd2 apenas nas células do Organizador, o que não é muito eficiente e tem impacto na velocidade do fluxo dentro do Organizador. Ainda assim, todas as manipulações efetuadas deram o mesmo fenótipo: randomização da posição dos órgãos. No Capítulo 4, fizemos um estudo de transcritómica usando apenas as células do Organizador em embriões normais ou injetados com morpholino contra o Pkd2. Embora não tenhamos encontrado genes com expressão assimétrica à volta do Organizador, encontramos quatro novos genes que influenciam o estabelecimento do eixo: cacybp, frzb, pvalb6 e ncl1. No Capítulo 5, focámo-nos na ncl1, um gene nunca antes associado ao estabelecimento do eixo e que atua como antagonista da via de sinalização TGF-β ao influenciar a secreção de Lefty e influenciando a padronização da mesoderme-endoderme. Nós descobrimos que este gene impactua no estabelecimento do eixo, provavelmente ao influenciar a secreção de algum elemento da via de sinalização TGF-β. No Capítulo 6, focámo-nos em estabelecer o peixezebra como um bom modelo para estudar toxicidade no rim em resposta a fármacos. Em suma, os resultados apresentados nesta tese providenciam novas pistas para o estabelecimento do eixo ED, desde o movimento do cílio a novos genes a jusante do Pkd2 e do cálcio. Também reforçámos a ideia de que o peixe-zebra pode ser um bom modelo para estudar doenças humanas.
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