Utilização de AFLP para estudos genéticos em Prochilodus argenteus (Pisces, Prochilodontidae)
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2008 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFSCAR |
Texto Completo: | https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/5448 |
Resumo: | Genetic studies have been performed for an endemic species from São Francisco River basin, Prochilodus argenteus, which has a great importance in the artisanal and subsistence fishing in the region. The linkage mapping and the genetic variability studies were made with AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) dominants markers and with 189 specimens from a F1 cross, that was also used for restocking the upstream area from Três Marias hydroelectric dam. All the analyses were carried out with 15 primer pairs combinations and the linkage map was made using the pseudo-testcross mapping strategy. Forty six heterozygous marks were found for the genitors, with mendelian segregation of 1:1. The female genitor map had 3 linkage groups and the lenght of the analysed genome was 128,45 cM, the male genitor map had the same number of linkage groups and the total length of 192,67 cM. Common markers for both genitors, with mendelian segregation ratio of 3:1, served as bridge between the maps, for the construction of an integrated map. This map had 9 linkage groups, and the total map length was 442,08 cM. Additionally, the genetic variability was assessed and an expected heterozygosity mean was of 0,32082, with a Jaccard s similarity coefficient of 0,72564 + 0,00451. These preliminary values show that the cultured sample has a higher similarity coefficient than that obtained for the wild populations. Hence, the present results suggest that genetic studies and management restocking practices should be simultaneously performed for the maintenance of the genetic patrimony of this species at the São Francisco River basin. The results also showed that AFLP marks were suitable and effective to identify linkage marks in Prochilodus argenteus and for genetic variability studies in cultivar samples. |
id |
SCAR_5020cc1217e0c7f9b8828184f362cf29 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:repositorio.ufscar.br:ufscar/5448 |
network_acronym_str |
SCAR |
network_name_str |
Repositório Institucional da UFSCAR |
repository_id_str |
4322 |
spelling |
Rojas, Thaís Cabrera GalvãoHatanaka, Terumihttp://lattes.cnpq.br/16668780618679965372cb95-ae50-425d-be5b-552f6ba3e3e12016-06-02T20:21:20Z2008-06-092016-06-02T20:21:20Z2008-04-23ROJAS, Thaís Cabrera Galvão. Utilização de AFLP para estudos genéticos em Prochilodus argenteus (Pisces, Prochilodontidae). 2008. 69 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, 2008.https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/5448Genetic studies have been performed for an endemic species from São Francisco River basin, Prochilodus argenteus, which has a great importance in the artisanal and subsistence fishing in the region. The linkage mapping and the genetic variability studies were made with AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) dominants markers and with 189 specimens from a F1 cross, that was also used for restocking the upstream area from Três Marias hydroelectric dam. All the analyses were carried out with 15 primer pairs combinations and the linkage map was made using the pseudo-testcross mapping strategy. Forty six heterozygous marks were found for the genitors, with mendelian segregation of 1:1. The female genitor map had 3 linkage groups and the lenght of the analysed genome was 128,45 cM, the male genitor map had the same number of linkage groups and the total length of 192,67 cM. Common markers for both genitors, with mendelian segregation ratio of 3:1, served as bridge between the maps, for the construction of an integrated map. This map had 9 linkage groups, and the total map length was 442,08 cM. Additionally, the genetic variability was assessed and an expected heterozygosity mean was of 0,32082, with a Jaccard s similarity coefficient of 0,72564 + 0,00451. These preliminary values show that the cultured sample has a higher similarity coefficient than that obtained for the wild populations. Hence, the present results suggest that genetic studies and management restocking practices should be simultaneously performed for the maintenance of the genetic patrimony of this species at the São Francisco River basin. The results also showed that AFLP marks were suitable and effective to identify linkage marks in Prochilodus argenteus and for genetic variability studies in cultivar samples.Estudos genéticos foram realizados em uma espécie endêmica da bacia do rio São Francisco, Prochilodus argenteus, a qual possui grande importância na pesca artesanal e de subsistência da região. Os estudos do mapa de ligação e de variabilidade genética foram realizados com o uso do marcador dominante AFLP (Polimorfismo de Comprimento de Fragmentos Amplificados) e com 189 indivíduos de um cruzamento F1, utilizado também para o repovoamento do rio São Francisco, à montante da barragem de Três Marias (MG). Todas as análises foram realizadas com 15 combinações de primers. Para a construção dos mapas de ligação foi utilizada a abordagem pseudocruzamento teste. Os primers utilizados geraram 46 marcas heterozigóticas para os genitores, com segregação mendeliana de 1:1. O mapa referente ao genitor feminino apresentou 3 grupos de ligação e o comprimento do genoma analisado foi de 128,45 cM, e o mapa do genitor masculino também consistiu em 3 grupos de ligação com comprimento total de 192,67 cM. Marcadores comuns aos dois genitores, com segregação mendeliana de 3:1, foram utilizados como pontes na integração dos mapas. O mapa integrado foi formado por 9 grupos de ligação, o que correspondeu a 442,08 cM de genoma analisado. Adicionalmente, a variabilidade genética foi estudada por meio da média da heterozigosidade esperada (He), a qual foi de 0,32082 e pela análise do coeficiente de similaridade de Jaccard, que foi igual a 0,72564 + 0,00451. Estes valores, ainda que preliminares, mostraram que essa amostragem cultivada possui o coeficiente de similaridade maior quando comparado com os de populações selvagens. Desta forma, sugere-se no presente trabalho que estudos genéticos devam ser realizados juntamente com a prática de repovoamento de rios, visando conservar o patrimônio genético desta espécie na bacia do São Francisco. Os resultados mostraram também que os marcadores AFLP foram adequados e eficientes para a identificação de marcas ligadas em Prochilodus argenteus e no estudo da variabilidade genética de amostras cultivadas.Universidade Federal de Sao Carlosapplication/pdfporUniversidade Federal de São CarlosPrograma de Pós-Graduação em Genética Evolutiva e Biologia Molecular - PPGGEvUFSCarBRProchilodus argenteusAFLP (Amplified Fragment Lenght Polymorphism)Variabilidade genéticaMapa de ligaçãoCIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICAUtilização de AFLP para estudos genéticos em Prochilodus argenteus (Pisces, Prochilodontidae)info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis-1-1beac922e-4a9d-4e48-8388-d139fe0f6c4finfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFSCARinstname:Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR)instacron:UFSCARORIGINAL1814.pdfapplication/pdf769331https://repositorio.ufscar.br/bitstream/ufscar/5448/1/1814.pdfeea2f2d52c718aafb2beca6a1ffc226bMD51THUMBNAIL1814.pdf.jpg1814.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg5679https://repositorio.ufscar.br/bitstream/ufscar/5448/2/1814.pdf.jpg213ef857a6bc05255bce07159d117589MD52ufscar/54482023-09-18 18:31:07.009oai:repositorio.ufscar.br:ufscar/5448Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufscar.br/oai/requestopendoar:43222023-09-18T18:31:07Repositório Institucional da UFSCAR - Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR)false |
dc.title.por.fl_str_mv |
Utilização de AFLP para estudos genéticos em Prochilodus argenteus (Pisces, Prochilodontidae) |
title |
Utilização de AFLP para estudos genéticos em Prochilodus argenteus (Pisces, Prochilodontidae) |
spellingShingle |
Utilização de AFLP para estudos genéticos em Prochilodus argenteus (Pisces, Prochilodontidae) Rojas, Thaís Cabrera Galvão Prochilodus argenteus AFLP (Amplified Fragment Lenght Polymorphism) Variabilidade genética Mapa de ligação CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA |
title_short |
Utilização de AFLP para estudos genéticos em Prochilodus argenteus (Pisces, Prochilodontidae) |
title_full |
Utilização de AFLP para estudos genéticos em Prochilodus argenteus (Pisces, Prochilodontidae) |
title_fullStr |
Utilização de AFLP para estudos genéticos em Prochilodus argenteus (Pisces, Prochilodontidae) |
title_full_unstemmed |
Utilização de AFLP para estudos genéticos em Prochilodus argenteus (Pisces, Prochilodontidae) |
title_sort |
Utilização de AFLP para estudos genéticos em Prochilodus argenteus (Pisces, Prochilodontidae) |
author |
Rojas, Thaís Cabrera Galvão |
author_facet |
Rojas, Thaís Cabrera Galvão |
author_role |
author |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Rojas, Thaís Cabrera Galvão |
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv |
Hatanaka, Terumi |
dc.contributor.advisor1Lattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/1666878061867996 |
dc.contributor.authorID.fl_str_mv |
5372cb95-ae50-425d-be5b-552f6ba3e3e1 |
contributor_str_mv |
Hatanaka, Terumi |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Prochilodus argenteus AFLP (Amplified Fragment Lenght Polymorphism) Variabilidade genética Mapa de ligação |
topic |
Prochilodus argenteus AFLP (Amplified Fragment Lenght Polymorphism) Variabilidade genética Mapa de ligação CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA |
dc.subject.cnpq.fl_str_mv |
CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA |
description |
Genetic studies have been performed for an endemic species from São Francisco River basin, Prochilodus argenteus, which has a great importance in the artisanal and subsistence fishing in the region. The linkage mapping and the genetic variability studies were made with AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) dominants markers and with 189 specimens from a F1 cross, that was also used for restocking the upstream area from Três Marias hydroelectric dam. All the analyses were carried out with 15 primer pairs combinations and the linkage map was made using the pseudo-testcross mapping strategy. Forty six heterozygous marks were found for the genitors, with mendelian segregation of 1:1. The female genitor map had 3 linkage groups and the lenght of the analysed genome was 128,45 cM, the male genitor map had the same number of linkage groups and the total length of 192,67 cM. Common markers for both genitors, with mendelian segregation ratio of 3:1, served as bridge between the maps, for the construction of an integrated map. This map had 9 linkage groups, and the total map length was 442,08 cM. Additionally, the genetic variability was assessed and an expected heterozygosity mean was of 0,32082, with a Jaccard s similarity coefficient of 0,72564 + 0,00451. These preliminary values show that the cultured sample has a higher similarity coefficient than that obtained for the wild populations. Hence, the present results suggest that genetic studies and management restocking practices should be simultaneously performed for the maintenance of the genetic patrimony of this species at the São Francisco River basin. The results also showed that AFLP marks were suitable and effective to identify linkage marks in Prochilodus argenteus and for genetic variability studies in cultivar samples. |
publishDate |
2008 |
dc.date.available.fl_str_mv |
2008-06-09 2016-06-02T20:21:20Z |
dc.date.issued.fl_str_mv |
2008-04-23 |
dc.date.accessioned.fl_str_mv |
2016-06-02T20:21:20Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
format |
masterThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.citation.fl_str_mv |
ROJAS, Thaís Cabrera Galvão. Utilização de AFLP para estudos genéticos em Prochilodus argenteus (Pisces, Prochilodontidae). 2008. 69 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, 2008. |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/5448 |
identifier_str_mv |
ROJAS, Thaís Cabrera Galvão. Utilização de AFLP para estudos genéticos em Prochilodus argenteus (Pisces, Prochilodontidae). 2008. 69 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, 2008. |
url |
https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/5448 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.relation.confidence.fl_str_mv |
-1 -1 |
dc.relation.authority.fl_str_mv |
beac922e-4a9d-4e48-8388-d139fe0f6c4f |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Federal de São Carlos |
dc.publisher.program.fl_str_mv |
Programa de Pós-Graduação em Genética Evolutiva e Biologia Molecular - PPGGEv |
dc.publisher.initials.fl_str_mv |
UFSCar |
dc.publisher.country.fl_str_mv |
BR |
publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Federal de São Carlos |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Repositório Institucional da UFSCAR instname:Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR) instacron:UFSCAR |
instname_str |
Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR) |
instacron_str |
UFSCAR |
institution |
UFSCAR |
reponame_str |
Repositório Institucional da UFSCAR |
collection |
Repositório Institucional da UFSCAR |
bitstream.url.fl_str_mv |
https://repositorio.ufscar.br/bitstream/ufscar/5448/1/1814.pdf https://repositorio.ufscar.br/bitstream/ufscar/5448/2/1814.pdf.jpg |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
eea2f2d52c718aafb2beca6a1ffc226b 213ef857a6bc05255bce07159d117589 |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
Repositório Institucional da UFSCAR - Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR) |
repository.mail.fl_str_mv |
|
_version_ |
1802136285629906944 |