Utilização de métodos de comparação de sequências para a detecção de genes taxonomicamente restritos
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2011 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UERJ |
Texto Completo: | http://www.bdtd.uerj.br/handle/1/8711 |
Resumo: | Since the 1990s, international efforts to obtain complete genomes led to the determination of the genome of many organisms. This, coupled with great advances in computing, has allowed the use of innovative approaches in the study of structure, organization and evolution of genomes and the prediction and functional classification of genes. Among the methods most commonly employed in such analysis is the search for similarities between biological sequences. Comparative analysis of whole genome sequences indicate that each taxonomic group studied so far contain 10 to 20% of genes with no recognizable homologues in other species. It is believed that these taxonomically restricted genes (TRGs) have an important role in adaptation to particular ecological niches and may be involved in important evolutionary processes. However, the recognition of such genes is not simple, being necessary to distinguish them from spurious ORFs nonfunctional and / or artifacts from the processes of gene annotation. Furthermore, species- or genus-specific genes may be an opportunity for the development of methods for identification and / or typing, a relatively complicated task in the case of prokaryotes, where the gold standard at present involves the analysis of a group of several genes (Multilocus Sequence Typing - MLST). This study used data generated through comparative analysis of genome sequences to identify and characterize species- and genusspecific genes, which may help in the development of new methods for identification and / or typing, and can possibly shed light on important evolutionary processes (such as loss and / or origin of genes in particular lineages, as well as expansion of gene families in specific strains) involving the studied organisms. |
id |
UERJ_9f8c8466d9796e160f391976518b0d29 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:www.bdtd.uerj.br:1/8711 |
network_acronym_str |
UERJ |
network_name_str |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UERJ |
repository_id_str |
2903 |
spelling |
Miranda, Antonio Basilio dehttp://lattes.cnpq.br/8954835457951326Góes, Andréa Carla de Souzahttp://lattes.cnpq.br/7345580145504087Mota, Fabio Faria dahttp://lattes.cnpq.br/3057308218483387Carels, Nicolashttp://lattes.cnpq.br/3513903581074586http://lattes.cnpq.br/4935776179448787Fonseca, Flávio Luiz Engelke2021-01-05T19:41:05Z2013-02-282011-06-13FONSECA, Flávio Luiz Engelke. Utilização de métodos de comparação de sequências para a detecção de genes taxonomicamente restritos. 2011. 77 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Médicas) - Universidade do Estado do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, 2011.http://www.bdtd.uerj.br/handle/1/8711Since the 1990s, international efforts to obtain complete genomes led to the determination of the genome of many organisms. This, coupled with great advances in computing, has allowed the use of innovative approaches in the study of structure, organization and evolution of genomes and the prediction and functional classification of genes. Among the methods most commonly employed in such analysis is the search for similarities between biological sequences. Comparative analysis of whole genome sequences indicate that each taxonomic group studied so far contain 10 to 20% of genes with no recognizable homologues in other species. It is believed that these taxonomically restricted genes (TRGs) have an important role in adaptation to particular ecological niches and may be involved in important evolutionary processes. However, the recognition of such genes is not simple, being necessary to distinguish them from spurious ORFs nonfunctional and / or artifacts from the processes of gene annotation. Furthermore, species- or genus-specific genes may be an opportunity for the development of methods for identification and / or typing, a relatively complicated task in the case of prokaryotes, where the gold standard at present involves the analysis of a group of several genes (Multilocus Sequence Typing - MLST). This study used data generated through comparative analysis of genome sequences to identify and characterize species- and genusspecific genes, which may help in the development of new methods for identification and / or typing, and can possibly shed light on important evolutionary processes (such as loss and / or origin of genes in particular lineages, as well as expansion of gene families in specific strains) involving the studied organisms.Desde a década de 1990, os esforços internacionais para a obtenção de genomas completos levaram à determinação do genoma de inúmeros organismos. Isto, aliado ao grande avanço da computação, tem permitido o uso de abordagens inovadoras no estudo da estrutura, organização e evolução dos genomas e na predição e classificação funcional de genes. Entre os métodos mais comumente empregados nestas análises está a busca por similaridades entre sequências biológicas. Análises comparativas entre genomas completamente sequenciados indicam que cada grupo taxonômico estudado até o momento contém de 10 a 20% de genes sem homólogos reconhecíveis em outras espécies. Acredita-se que estes genes taxonomicamente restritos (TRGs) tenham um papel importante na adaptação a nichos ecológicos particulares, podendo estar envolvidos em importantes processos evolutivos. Entretanto, seu reconhecimento não é simples, sendo necessário distingui-los de ORFs não-funcionais espúrias e/ou artefatos derivados dos processos de anotação gênica. Além disso, genes espécie- ou gêneroespecíficos podem representar uma oportunidade para o desenvolvimento de métodos de identificação e/ou tipagem, tarefa relativamente complicada no caso dos procariotos, onde o método padrão-ouro na atualidade envolve a análise de um grupo de vários genes (MultiLocus Sequence Typing MLST). Neste trabalho utilizamos dados produzidos através de análises comparativas de genomas e de sequências para identificar e caracterizar genes espécie- e gênero-específicos, os quais possam auxiliar no desenvolvimento de novos métodos para identificação e/ou tipagem, além de poderem lançar luz em importantes processos evolutivos (tais como a perda e ou origem de genes em linhagens particulares, bem como a expansão de famílias de genes em linhagens específicas) nos organismos estudados.Submitted by Boris Flegr (boris@uerj.br) on 2021-01-05T19:41:05Z No. of bitstreams: 1 Flavio Luiz Engelke Fonseca Dissertacao completa.pdf: 2935102 bytes, checksum: aea81e0980b4b8ed1b5da2640ffcac2d (MD5)Made available in DSpace on 2021-01-05T19:41:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Flavio Luiz Engelke Fonseca Dissertacao completa.pdf: 2935102 bytes, checksum: aea81e0980b4b8ed1b5da2640ffcac2d (MD5) Previous issue date: 2011-06-13Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superiorapplication/pdfporUniversidade do Estado do Rio de JaneiroPrograma de Pós-Graduação em Ciências MédicasUERJBRCentro Biomédico::Faculdade de Ciências MédicasTaxonomically restricted genesSequence analysisDatabaseGenesHuman genomeGenomic - MethodsGenes - ClassificationDNA barcode taxonomicGenes taxonomicamente restritosAnálise comparativaBanco de dadosGenesGenoma humanoGenômica - MétodosGenes - ClassificaçãoCódigo de barras de DNA taxonômicosCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICASUtilização de métodos de comparação de sequências para a detecção de genes taxonomicamente restritosUsing sequence comparison methods for the detection of taxonomically restricted genesinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UERJinstname:Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ)instacron:UERJORIGINALFlavio Luiz Engelke Fonseca Dissertacao completa.pdfapplication/pdf2935102http://www.bdtd.uerj.br/bitstream/1/8711/1/Flavio+Luiz+Engelke+Fonseca+Dissertacao+completa.pdfaea81e0980b4b8ed1b5da2640ffcac2dMD511/87112024-02-26 16:00:07.263oai:www.bdtd.uerj.br:1/8711Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.bdtd.uerj.br/PUBhttps://www.bdtd.uerj.br:8443/oai/requestbdtd.suporte@uerj.bropendoar:29032024-02-26T19:00:07Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UERJ - Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ)false |
dc.title.por.fl_str_mv |
Utilização de métodos de comparação de sequências para a detecção de genes taxonomicamente restritos |
dc.title.alternative.eng.fl_str_mv |
Using sequence comparison methods for the detection of taxonomically restricted genes |
title |
Utilização de métodos de comparação de sequências para a detecção de genes taxonomicamente restritos |
spellingShingle |
Utilização de métodos de comparação de sequências para a detecção de genes taxonomicamente restritos Fonseca, Flávio Luiz Engelke Taxonomically restricted genes Sequence analysis Database Genes Human genome Genomic - Methods Genes - Classification DNA barcode taxonomic Genes taxonomicamente restritos Análise comparativa Banco de dados Genes Genoma humano Genômica - Métodos Genes - Classificação Código de barras de DNA taxonômicos CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS |
title_short |
Utilização de métodos de comparação de sequências para a detecção de genes taxonomicamente restritos |
title_full |
Utilização de métodos de comparação de sequências para a detecção de genes taxonomicamente restritos |
title_fullStr |
Utilização de métodos de comparação de sequências para a detecção de genes taxonomicamente restritos |
title_full_unstemmed |
Utilização de métodos de comparação de sequências para a detecção de genes taxonomicamente restritos |
title_sort |
Utilização de métodos de comparação de sequências para a detecção de genes taxonomicamente restritos |
author |
Fonseca, Flávio Luiz Engelke |
author_facet |
Fonseca, Flávio Luiz Engelke |
author_role |
author |
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv |
Miranda, Antonio Basilio de |
dc.contributor.advisor1Lattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/8954835457951326 |
dc.contributor.referee1.fl_str_mv |
Góes, Andréa Carla de Souza |
dc.contributor.referee1Lattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/7345580145504087 |
dc.contributor.referee2.fl_str_mv |
Mota, Fabio Faria da |
dc.contributor.referee2Lattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/3057308218483387 |
dc.contributor.referee3.fl_str_mv |
Carels, Nicolas |
dc.contributor.referee3Lattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/3513903581074586 |
dc.contributor.authorLattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/4935776179448787 |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Fonseca, Flávio Luiz Engelke |
contributor_str_mv |
Miranda, Antonio Basilio de Góes, Andréa Carla de Souza Mota, Fabio Faria da Carels, Nicolas |
dc.subject.eng.fl_str_mv |
Taxonomically restricted genes Sequence analysis Database Genes Human genome Genomic - Methods Genes - Classification DNA barcode taxonomic |
topic |
Taxonomically restricted genes Sequence analysis Database Genes Human genome Genomic - Methods Genes - Classification DNA barcode taxonomic Genes taxonomicamente restritos Análise comparativa Banco de dados Genes Genoma humano Genômica - Métodos Genes - Classificação Código de barras de DNA taxonômicos CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Genes taxonomicamente restritos Análise comparativa Banco de dados Genes Genoma humano Genômica - Métodos Genes - Classificação Código de barras de DNA taxonômicos |
dc.subject.cnpq.fl_str_mv |
CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS |
description |
Since the 1990s, international efforts to obtain complete genomes led to the determination of the genome of many organisms. This, coupled with great advances in computing, has allowed the use of innovative approaches in the study of structure, organization and evolution of genomes and the prediction and functional classification of genes. Among the methods most commonly employed in such analysis is the search for similarities between biological sequences. Comparative analysis of whole genome sequences indicate that each taxonomic group studied so far contain 10 to 20% of genes with no recognizable homologues in other species. It is believed that these taxonomically restricted genes (TRGs) have an important role in adaptation to particular ecological niches and may be involved in important evolutionary processes. However, the recognition of such genes is not simple, being necessary to distinguish them from spurious ORFs nonfunctional and / or artifacts from the processes of gene annotation. Furthermore, species- or genus-specific genes may be an opportunity for the development of methods for identification and / or typing, a relatively complicated task in the case of prokaryotes, where the gold standard at present involves the analysis of a group of several genes (Multilocus Sequence Typing - MLST). This study used data generated through comparative analysis of genome sequences to identify and characterize species- and genusspecific genes, which may help in the development of new methods for identification and / or typing, and can possibly shed light on important evolutionary processes (such as loss and / or origin of genes in particular lineages, as well as expansion of gene families in specific strains) involving the studied organisms. |
publishDate |
2011 |
dc.date.issued.fl_str_mv |
2011-06-13 |
dc.date.available.fl_str_mv |
2013-02-28 |
dc.date.accessioned.fl_str_mv |
2021-01-05T19:41:05Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
format |
masterThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.citation.fl_str_mv |
FONSECA, Flávio Luiz Engelke. Utilização de métodos de comparação de sequências para a detecção de genes taxonomicamente restritos. 2011. 77 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Médicas) - Universidade do Estado do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, 2011. |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
http://www.bdtd.uerj.br/handle/1/8711 |
identifier_str_mv |
FONSECA, Flávio Luiz Engelke. Utilização de métodos de comparação de sequências para a detecção de genes taxonomicamente restritos. 2011. 77 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Médicas) - Universidade do Estado do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, 2011. |
url |
http://www.bdtd.uerj.br/handle/1/8711 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Universidade do Estado do Rio de Janeiro |
dc.publisher.program.fl_str_mv |
Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas |
dc.publisher.initials.fl_str_mv |
UERJ |
dc.publisher.country.fl_str_mv |
BR |
dc.publisher.department.fl_str_mv |
Centro Biomédico::Faculdade de Ciências Médicas |
publisher.none.fl_str_mv |
Universidade do Estado do Rio de Janeiro |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UERJ instname:Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ) instacron:UERJ |
instname_str |
Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ) |
instacron_str |
UERJ |
institution |
UERJ |
reponame_str |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UERJ |
collection |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UERJ |
bitstream.url.fl_str_mv |
http://www.bdtd.uerj.br/bitstream/1/8711/1/Flavio+Luiz+Engelke+Fonseca+Dissertacao+completa.pdf |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
aea81e0980b4b8ed1b5da2640ffcac2d |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UERJ - Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ) |
repository.mail.fl_str_mv |
bdtd.suporte@uerj.br |
_version_ |
1792352287138512896 |