Associação genômica ampla aplicada a variáveis de carcaça em ovinos Santa Inês.

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Souza, Tatiana Cortez de
Data de Publicação: 2019
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFBA
Texto Completo: https://repositorio.ufba.br/handle/ri/38378
Resumo: Cortes primários da carcaça, como lombo, pernil, paleta e costela afetam diretamente o valor comercial da carcaça dos ovinos. Assim, este trabalho teve como objetivo realizar um estudo de associação genômica ampla (GWAS) para o rendimento de cortes comerciais da carcaça de ovinos Santa Inês. Um total de 491 cordeiros foram genotipados com o Illumina Ovine SNP50 BeadChip e mensurados para os rendimentos de paleta, costela, lombo e pernil. Após o controle de qualidade, 490 animais e 44.996 marcadores foram utilizados na análise GWAS, pelo método WssGBLUB. As estimativas de herdabilidade foram 0,28 ± 0,004 (lombo), 0,32 ± 0,003 (paleta), 0,41 ± 0,001 (costela) e 0,46 ± 0,006 (pernil). Um total de 38 janelas genômicas explicaram > 1% da variância genética aditiva (VA) dos cortes comerciais, as quais foram localizadas nos cromossomos OAR1, 2, 3, 4, 6, 7, 8, 9, 18, 20, 22, 24 e 26. Os VA explicados foram 13,1% (Pernil), 18,8% (Paleta), 19,2% (Lombo) e 20,1% (Costela). Os quatro principais picos foram encontrados nas janelas OAR1_36252750:37221480 (6,4% de VA para costela), OAR8_ 14238752:15227417 (5,1% de VA paleta), OAR18 _60775598:61772991 (5,8% de VA para lombo) e OAR20_ 18853816:19834355 (2,6% de VA para pernil). Foram encontrados 307 genes codificadores de proteínas, sendo 69, 61, 89 e 88 genes nas janelas relacionadas com lombo, costela, paleta e pernil, respectivamente. A análise de anotação funcional foi realizada para esses genes, o que resultou na identificação da via de interação ligante-receptor neuroativa como a única via significativa (P = 2,0E-7). Os cinco principais genes candidatos foram os seguintes: VEGFA, FGFR1, SLC2A1, TRND e MIR29A, os quais tem um papel fundamental no crescimento muscular. Futuros estudos envolvendo o sequenciamento desses genes necessitam ser realizados para identificar as variantes causais que afetam os rendimentos de corte comerciais em ovinos Santa Inês.
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Os VA explicados foram 13,1% (Pernil), 18,8% (Paleta), 19,2% (Lombo) e 20,1% (Costela). Os quatro principais picos foram encontrados nas janelas OAR1_36252750:37221480 (6,4% de VA para costela), OAR8_ 14238752:15227417 (5,1% de VA paleta), OAR18 _60775598:61772991 (5,8% de VA para lombo) e OAR20_ 18853816:19834355 (2,6% de VA para pernil). Foram encontrados 307 genes codificadores de proteínas, sendo 69, 61, 89 e 88 genes nas janelas relacionadas com lombo, costela, paleta e pernil, respectivamente. A análise de anotação funcional foi realizada para esses genes, o que resultou na identificação da via de interação ligante-receptor neuroativa como a única via significativa (P = 2,0E-7). Os cinco principais genes candidatos foram os seguintes: VEGFA, FGFR1, SLC2A1, TRND e MIR29A, os quais tem um papel fundamental no crescimento muscular. Futuros estudos envolvendo o sequenciamento desses genes necessitam ser realizados para identificar as variantes causais que afetam os rendimentos de corte comerciais em ovinos Santa Inês.Primal carcass cuts such as loin, leg, shoulder, and rib directly affect the commercial value of the sheep carcass. Thus, this study aimed to carry out a genome wide association study (GWAS) for primal cuts yields in Santa Inês sheep. A total of 491 lambs were genotyped with the Illumina Ovine SNP50 BeadChip and recorded for the shoulder, rib, loin, and leg yields. After the quality control, 490 individuals and 44,996 markers were used in GWAS analysis, using the WssGBLUB method. The estimates of heritability were 0.28 ± 0.004 (Loin), 0.32 ± 0.003 (Shoulder), 0.41 ± 0.001 (Rib), and 0.46 ± 0.006 (Leg). A total of 38 genomic windows explained >1% of additive genetic variance (VA) of primal cuts, which were located in the chromosomes OAR1, 2, 3, 4, 6, 7, 8, 9, 18, 20, 22, 24, and 26 were found. The VA explained were 13.1% (Leg), 18.8% (Shoulder), 19.2% (Loin), and 20.1% (Rib). The four main GW peaks were found on OAR1_36252750:37221480, explaining 6.4% of VA for rib yield, OAR8_ 14238752:15227417, explaining 5.1% of VA for shoulder yield, OAR18 _60775598:61772991, explaining 5.8% of VA for loin yield, and OAR20_ 18853816:19834355 explaining 2.6% of VA for leg yield. 307 protein coding genes were found, being 69, 61, 89, and 88 genes in the GWS for loin, rib, shoulder, and leg yields, respectively. Functional annotation analysis was carried out for these protein-coding genes, which found the neuroactive ligand-receptor interaction pathway as the only one significant pathway (P-value = 2.0E-7). Top five candidate genes were as follows: VEGFA, FGFR1, SLC2A1, TRND, and MIR29A, which has a key role in muscle growth. Further studies involving sequencing of these genes may be performed to identify the causal variants for the primal cut yields.Submitted by Kleber Alves (poszooufba@gmail.com) on 2023-10-04T14:39:12Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Tatiana Cortez de Souza - 30-04-2019.pdf: 769258 bytes, checksum: 14b58cde0adfb6982794567a4d46516d (MD5)Rejected by Setor de Periódicos (per_macedocosta@ufba.br), reason: Solicito informação: uma dissertação dessa mesma autora sob o título "Associação genômica ampla para identificação de genes candidatos relacionados com metabólitos proteicos em ovinos Santa Inês". já foi validada para a coleção do PPGZOO <https://repositorio.ufba.br/handle/ri/37972> essa em foco é uma outra ou um material diverso, outro título, talvez? on 2023-10-09T13:36:35Z (GMT)Submitted by Kleber Alves (poszooufba@gmail.com) on 2023-10-26T10:05:20Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Tatiana Cortez de Souza - 30-04-2019.pdf: 769258 bytes, checksum: 14b58cde0adfb6982794567a4d46516d (MD5)Approved for entry into archive by Setor de Periódicos (per_macedocosta@ufba.br) on 2023-11-09T14:54:57Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tatiana Cortez de Souza - 30-04-2019.pdf: 769258 bytes, checksum: 14b58cde0adfb6982794567a4d46516d (MD5) license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5)Made available in DSpace on 2023-11-09T14:54:57Z (GMT). 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