Associação genômica ampla para identificação de genes candidatos relacionados com metabólicos proteícos em ovinos Santa Inês.
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Data de Publicação: | 2019 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFBA |
Texto Completo: | https://repositorio.ufba.br/handle/ri/37972 |
Resumo: | Níveis de albumina e ureia no sangue são usados como indicadores clínicos, bem como para avaliar o estado nutricional de um animal. Assim, o presente estudo tem por objetivo realizar análise de associação genômica ampla para dosagens de albumina e ureia em ovinos Santa Inês, a fim de identificar genes candidatos para essas variáveis. Um total de 320 cordeiros foram genotipados com o OvineSNP50 BeadChip. Após o controle de qualidade, 43.996 SNPs foram utilizados nas análises de associação via método ssGBLUP. Foram discutidas janelas que explicam pelo menos 1% da variância genética das dosagens de albumina e ureia. Oito regiões genômicas explicaram 11,6% da variância genética de albumina, sendo encontrados os genes candidatos ALDH7A1, GAPDHS, STRAP, MGTS1, EI24, HAMP, PTPRO, FFAR1, FFAR2, FFAR3, KIRREL2, ITGA8, NPHS1, TYROBP, MAG, DIABLO, PRODH2 e HPD. Sete regiões genômicas foram responsáveis por explicar 12,4% da variância genética de dosagem de ureia, sendo identificados os genes candidatos PCDH9, AZGP1, LAMTOR4, SMURF1, RAB31, ARPC1A, ARPC1B, CNTN1, PDZRN4, NDUFV2, CLOCK e NMU. A maioria destes genes candidatos estão envolvidos em processos biológicos relacionados com funções hepáticas e renais e podem conter variantes uteis ao processo de seleção de ovinos Santa Inês. |
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2023-10-05T16:53:51Z2023-10-05T16:53:51Z2019-04-29https://repositorio.ufba.br/handle/ri/37972Níveis de albumina e ureia no sangue são usados como indicadores clínicos, bem como para avaliar o estado nutricional de um animal. Assim, o presente estudo tem por objetivo realizar análise de associação genômica ampla para dosagens de albumina e ureia em ovinos Santa Inês, a fim de identificar genes candidatos para essas variáveis. Um total de 320 cordeiros foram genotipados com o OvineSNP50 BeadChip. Após o controle de qualidade, 43.996 SNPs foram utilizados nas análises de associação via método ssGBLUP. Foram discutidas janelas que explicam pelo menos 1% da variância genética das dosagens de albumina e ureia. Oito regiões genômicas explicaram 11,6% da variância genética de albumina, sendo encontrados os genes candidatos ALDH7A1, GAPDHS, STRAP, MGTS1, EI24, HAMP, PTPRO, FFAR1, FFAR2, FFAR3, KIRREL2, ITGA8, NPHS1, TYROBP, MAG, DIABLO, PRODH2 e HPD. Sete regiões genômicas foram responsáveis por explicar 12,4% da variância genética de dosagem de ureia, sendo identificados os genes candidatos PCDH9, AZGP1, LAMTOR4, SMURF1, RAB31, ARPC1A, ARPC1B, CNTN1, PDZRN4, NDUFV2, CLOCK e NMU. A maioria destes genes candidatos estão envolvidos em processos biológicos relacionados com funções hepáticas e renais e podem conter variantes uteis ao processo de seleção de ovinos Santa Inês.Albumin and urea serum levels are used as clinical indicators, as well as to evaluate the nutritional status of an animal. Thus, the present study aims to performer a genome wide association study (GWAS) to identify candidate genes for albumin and urea levels in Santa Ines sheep. The GWAS analysis was performed with 320 lambs and 43,996 SNPs, using the ssGBLUP method. Regions that explain at least 1% of the genetic variance of the albumin and urea levels were discussed. Eight genomic regions explained 11.6% of the genetic variance in albumin level and the candidate genes ALDH7A1, GAPDHS, STRAP, MGTS1, EI24, HAMP, PTPRO, FFAR1, FFAR2, FFAR3, KIRREL2, ITGA8, NPHS1, TYROBP, MAG, DIABLO, PRODH2 and HPD were found. Seven genomic regions explained 12.4% of the genetic variance in urea level, and the candidate genes PCDH9, AZGP1, LAMTOR4, SMURF1, RAB31, ARPC1A, ARPC1B, CNTN1, PDZRN4, NDUFV2, CLOCK and NMU were identified. The genes found in the current study are involved in biological processes related to hepatic and renal functions and variants in these genes can be useful for breeding schemes in Santa Ines sheep.Submitted by Kleber Alves (poszooufba@gmail.com) on 2023-10-04T14:32:32Z No. of bitstreams: 1 Taiana Cortez de Souza - 29-04-2019.pdf: 893891 bytes, checksum: 15e630e04ab703e69d6ad6d597ff67cd (MD5)Approved for entry into archive by Setor de Periódicos (per_macedocosta@ufba.br) on 2023-10-05T16:53:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Taiana Cortez de Souza - 29-04-2019.pdf: 893891 bytes, checksum: 15e630e04ab703e69d6ad6d597ff67cd (MD5)Made available in DSpace on 2023-10-05T16:53:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Taiana Cortez de Souza - 29-04-2019.pdf: 893891 bytes, checksum: 15e630e04ab703e69d6ad6d597ff67cd (MD5) Previous issue date: 2019-04-29porUNIVERSIDADE FEDERAL DA BAHIAPrograma de Pós-Graduação em Zootecnia (PPGZOO)UFBABrasilEscola de Medicina Veterinária e ZootecniaalbuminlambsmetabolismproteinCNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::ZOOTECNIA::GENETICA E MELHORAMENTO DOS ANIMAIS DOMESTICOSAlbuminaCordeirosMetabolismoProteínaMelhoramento genéticoAssociação genômica ampla para identificação de genes candidatos relacionados com metabólicos proteícos em ovinos Santa Inês.Mestrado Acadêmicoinfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionPinto, Luís Fernando BatistaPinto, Luís Fernando BatistaCamargo, Gregório Miguel Ferreira deBalieiro, Júlio César de Carvalhohttp://lattes.cnpq.br/9800208992699911Souza, Taiana Cortez dereponame:Repositório Institucional da UFBAinstname:Universidade Federal da Bahia (UFBA)instacron:UFBAinfo:eu-repo/semantics/openAccessTEXTTaiana Cortez de Souza - 29-04-2019.pdf.txtTaiana Cortez de Souza - 29-04-2019.pdf.txtExtracted texttext/plain96885https://repositorio.ufba.br/bitstream/ri/37972/3/Taiana%20Cortez%20de%20Souza%20-%2029-04-2019.pdf.txt5555aadbb67662852f62d1abb74fbcaeMD53ORIGINALTaiana Cortez de Souza - 29-04-2019.pdfTaiana Cortez de Souza - 29-04-2019.pdfapplication/pdf893891https://repositorio.ufba.br/bitstream/ri/37972/1/Taiana%20Cortez%20de%20Souza%20-%2029-04-2019.pdf15e630e04ab703e69d6ad6d597ff67cdMD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain1715https://repositorio.ufba.br/bitstream/ri/37972/2/license.txt67bf4f75790b0d8d38d8f112a48ad90bMD52ri/379722023-10-07 02:06:49.492oai:repositorio.ufba.br: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Repositório InstitucionalPUBhttp://192.188.11.11:8080/oai/requestopendoar:19322023-10-07T05:06:49Repositório Institucional da UFBA - Universidade Federal da Bahia (UFBA)false |
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