Caracterização fenotípica e genotípica de staphylococcus aureus coletadas de pacientes e profissionais de saúde durante a pandemia por SARS-CoV-2

• Autor(a) principal: Pinheiro, Felipe Ramos
• Data de Publicação: 2024
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da Universidade Federal Fluminense (RIUFF)
• Texto Completo: https://app.uff.br/riuff/handle/1/34011
• topic: SARS-CoV-2; Staphylococcus aureus; resistência; NGS; COVID-19; Staphylococcus aureus; Resistência microbiana a medicamento; Produção intelectual; Pandemia; SARS-CoV-2; Staphylococcus aureus; resistance; NGS

Introdução: Os pacientes diagnosticados com COVID-19, doença causada por SARS-CoV-2, podem apresentar comprometimento respiratório grave e, consequentemente, ser submetidos à ventilação mecânica. Estes pacientes apresentam-se vulneráveis ao desenvolvimento de infecções bacterianas. Staphylococcus aureus é considerado de alta prioridade no ambiente hospitalar pela possibilidade de gerar casos infecciosos graves, e por isso é de especial importância investigar os casos de coinfecção entre SARS-CoV-2 e S. aureus. Objetivo: Caracterizar fenotípica e genotipicamente as amostras de S. aureus coletadas de pacientes e profissionais de saúde internados no Hospital Universitário Antônio Pedro (HUAP), e observar as possíveis diferenças clínicas e moleculares entre elas. Metodologia: As amostras clínicas obtidas entre maio de 2020 e abril de 2021 foram submetidas ao RT-qPCR para identificação do SARS-CoV-2. A identificação das espécies bacterianas foi realizada pelo sistema automatizado Phoenix BD ou pelo MALDI-TOF. Os testes de suscetibilidade aos antimicrobianos foram feitos pela técnica de disco-difusão em ágar, O sequenciamento do genoma completo das amostras foi feito em na plataforma NextSeq 2000 (Illumina). As análises das sequências foram realizadas através da plataforma CABGen em parceria com a Fiocruz. Análises adicionais para detecção da proteína A (spaTyper), do SCCmec (sptaphopia-SCCmec), do gene ACME foram desenvolvidas em parceria com a Fiocruz e a busca por genes de resistência na base de dados pelo CARD-RGI. Resultados e discussão: Um total de 597 espécimes clínicos apresentou crescimento bacterianos. Staphylococcus aureus foi identificado em 117 amostras. A média de idade desses indivíduos foi de 49 ± 18,26 anos, com predominância do sexo feminino 61 (59,22). Além disso, a principal comorbidade detectada foi doença cardiovascular (11/14; 96%). No entanto febre (25/30; 64%) foi o principal sinal clínico relatado pelos participantes do estudo e 27 indivíduos (23,1%) foram assintomáticos. As análises dos géis de eletroforese mostraram a presença de 14 estirpes carreavam o gene mecA e quatro dos genes da PVL. Foram detectadas mutações nos genes de resistência GlpT, murA, parC e gyrA aumento o seu espectro de resistência. Foi observada a prevalência do clone epidemiológico ST398 (32/105; 30,48%). Este clone é comumente encontrado colonizando rebanhos (suínos, bovinos entre outros) foi relatado pela primeira vez por nosso grupo colonizando crianças no estado do RJ. Conclusão: Foram identificadas 117 estirpes de Staphylococcus aureus durante o período de coleta, nos ensaios de resistência aos antimicrobianos foram detectadas 17 amostras multirresistentes e 22 estirpes com resistência induzida a clindamicina (correlacionada com os genes da família erm), 108 amostras foram sequenciadas, em que foi observada uma predominância do ST398, relacionado a criação animal, três novos STs e dois novos genes codificadores da proteína A estão sobre investigação. Observou-se uma correlação entre a resistência a tretacilina e a presença do gene tet. A incidência de infecções em humanos por estirpes outrora relacionadas à pecuária é preocupante, pois não se sabe como serão os desfechos dessas infecções em humanos.