Caracterização fenotípica e genotípica de acinetobacter baumannii obtidos de pacientes com suspeita clínica de Covid-19 em um hospital universitário do Rio de Janeiro
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Data de Publicação: | 2023 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da Universidade Federal Fluminense (RIUFF) |
Texto Completo: | http://app.uff.br/riuff/handle/1/28980 |
Resumo: | Introdução: Acinetobacter baumannii é um patógeno oportunista associado, principalmente, a infecções relacionadas à assistência à saúde. Microrganismos multirresistentes tais como A. baumannii, podem se disseminar rapidamente em hospitais com surtos de casos de COVID-19 e causar infecções graves nesse cenário de pandemia. No presente estudo, nosso objetivo foi caracterizar amostras de A. baumannii obtidas a partir de pacientes com suspeita clínica de COVID-19, determinando a sua relação de clonalidade das amostras. Material e Método: Um total de 20 amostras bacterianas de A. baumannii recuperadas de 13 pacientes internados na UTI com suspeita clínica de COVID-19, entre abril e julho de 2020 foram incluídos. Os sítios de isolamento foram aspirado traqueal (n =12; 60%), sangue (n=7; 35%) e urina (n=1; 5%). A identificação bacteriana e o perfil de suscetibilidade aos antibióticos foram determinados pelo sistema automatizado (BD Phoenix™). Para determinar a concentração inibitória mínima foi utilizado teste comercial Policimbac®. O sequenciamento parcial do gene rpoB foi utilizado para a diferenciação e identificação das espécies de Acinetobacter. A PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) foi aplicada para os genes das carbapenemases (blaOXA-23-like , blaOXA-24-like , blaOXA-51-like , blaOXA-58-like , blaOXA-143-like , blaKPC e blaNDM). As mostras bacterianas foram submetidas ao PFGE para tipagem molecular. Resultados e Discussão: Todas as amostras de Acinetobacter foram resistentes à amicacina, ampicilina, cefepima, ceftazidima, ciprofloxacina, gentamicina, imipenem, meropenem e piperacilina/tazobactam. De acordo com os resultados do Policimbac®, todos as amostras bacterianas apresentaram suscetibilidade à polimixina B (CIM = 1 μg/mL). Os genes blaNDM e blaKPC. não foram detectados. Com relação a detecção dos genes codificadores de oxacilinases, todas as amostras foram positivas para blaoxa-51-like , intrínsecas à espécie A. baumannii, e blaoxa-23-like . As amostras foram agrupadas em 6 grupos clonais (A-F). Os grupos clonais mais prevalentes foram A (n= 6 amostras bacterianas) e C (n=6 amostras bacterianas). Conclusão: Observamos uma disseminação policlonal de A. baumannii produtores de OXA-23 entre pacientes com teste laboratorial COVID-19 positivo (n=12) e não COVID-19 (n=1) internados na UTI do hospital universitário. |
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Caracterização fenotípica e genotípica de acinetobacter baumannii obtidos de pacientes com suspeita clínica de Covid-19 em um hospital universitário do Rio de JaneiroAcinetobacter baumanniiCOVID-19Resistência aos antimicrobianosCarbapenemasesCOVID-19AcinetobacterResistência microbiana a medicamentoCarbapenemoAcinetobacter baumanniiAntimicrobial resistanceCarbapenemasesCOVID-19Introdução: Acinetobacter baumannii é um patógeno oportunista associado, principalmente, a infecções relacionadas à assistência à saúde. Microrganismos multirresistentes tais como A. baumannii, podem se disseminar rapidamente em hospitais com surtos de casos de COVID-19 e causar infecções graves nesse cenário de pandemia. No presente estudo, nosso objetivo foi caracterizar amostras de A. baumannii obtidas a partir de pacientes com suspeita clínica de COVID-19, determinando a sua relação de clonalidade das amostras. Material e Método: Um total de 20 amostras bacterianas de A. baumannii recuperadas de 13 pacientes internados na UTI com suspeita clínica de COVID-19, entre abril e julho de 2020 foram incluídos. Os sítios de isolamento foram aspirado traqueal (n =12; 60%), sangue (n=7; 35%) e urina (n=1; 5%). A identificação bacteriana e o perfil de suscetibilidade aos antibióticos foram determinados pelo sistema automatizado (BD Phoenix™). Para determinar a concentração inibitória mínima foi utilizado teste comercial Policimbac®. O sequenciamento parcial do gene rpoB foi utilizado para a diferenciação e identificação das espécies de Acinetobacter. A PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) foi aplicada para os genes das carbapenemases (blaOXA-23-like , blaOXA-24-like , blaOXA-51-like , blaOXA-58-like , blaOXA-143-like , blaKPC e blaNDM). As mostras bacterianas foram submetidas ao PFGE para tipagem molecular. Resultados e Discussão: Todas as amostras de Acinetobacter foram resistentes à amicacina, ampicilina, cefepima, ceftazidima, ciprofloxacina, gentamicina, imipenem, meropenem e piperacilina/tazobactam. De acordo com os resultados do Policimbac®, todos as amostras bacterianas apresentaram suscetibilidade à polimixina B (CIM = 1 μg/mL). Os genes blaNDM e blaKPC. não foram detectados. Com relação a detecção dos genes codificadores de oxacilinases, todas as amostras foram positivas para blaoxa-51-like , intrínsecas à espécie A. baumannii, e blaoxa-23-like . As amostras foram agrupadas em 6 grupos clonais (A-F). Os grupos clonais mais prevalentes foram A (n= 6 amostras bacterianas) e C (n=6 amostras bacterianas). Conclusão: Observamos uma disseminação policlonal de A. baumannii produtores de OXA-23 entre pacientes com teste laboratorial COVID-19 positivo (n=12) e não COVID-19 (n=1) internados na UTI do hospital universitário.Introduction: Acinetobacter baumannii is an opportunistic pathogen primarily associated with hospital-acquired infections. Multidrug-resistant organisms such as e.g. A baumannii can spread rapidly in hospitals experiencing surges in COVID-19 cases and cause serious infections in this setting of pandemic. Here, we aimed to characterize A. baumannii isolates recovered from patients hospitalized with clinical suspicion of COVID-19, determining the bacterial genetic relationship by PFGE analysis. Material and Method: A total of 20 A. baumannii clinical isolates recovered from 13 patients with clinical suspicion of COVID-19 admitted to ICU between April and July 2020. The most frequent sites of isolation were tracheal aspirate (n=12; 60%), followed by blood (n=7; 35%) and urine (n=1; 5%).Bacterial identification and the susceptibility profile to antibiotics were determined by the automated system (BD Phoenix™). To determine the minimum inhibitory concentration we used a commercial test panel Policimbac®. rpoB gene sequencing was used for the differentiation and identification of Acinetobacter species. PCR (Polymerase chain reaction) was applied for carbapenemase genes (blaOXA-23-like , blaOXA-24-like , blaOXA-51-like , blaOXA-58-like , blaOXA-143-like , blaKPC and blaNDM). Isolates were subjected to PFGE (Pulsed-Field Gel Electrophoresis) for molecular typing. Results and Discussion: All Acinetobacter clinical isolates were resistant to amikacin, ampicillin, cefepime, ceftazidime, ciprofloxacin, gentamicin, imipenem, meropenem and piperacillin/tazobactam. By MIC results (Policimbac®), all isolates displayed susceptibility to polymyxin B (MIC = 1 μg/mL). All isolates showed the presence of blaOXA-51-like gene, originally intrinsic to A. baumannii, and none were positive for blaOXA-24-like , blaOXA-58-like , blaOXA-143-like , blaKPC and blaNDM. The presence of blaOXA-23-like gene was confirmed in all bacterial isolates. Based on PFGE analysis, the 20 A. baumannii isolates were clustered into 6 genotypes (A-F). The most prevalent was A (n= 6 isolates) e C (n=b6 isolates). Conclusion: We observed a polyclonal spread of OXA-23 producing A. baumannii between COVID-19 positive (n= 12) and non-COVID-19 inpatients (n= 1) in the ICU of the teaching hospital.56 f.Alves, Fábio Aguiarhttp://lattes.cnpq.br/7912841775695894Chagas, Thiago Pavoni Gomeshttp://lattes.cnpq.br/6666508861219415Silva, Andrea Alicehttp://lattes.cnpq.br/4836406900271376Zahner, Vivianehttp://lattes.cnpq.br/7105296296227655Rangel, Karynehttp://lattes.cnpq.br/4204191981666483http://lattes.cnpq.br/0156560802723111Oliveira, Juliana Britto Martins de2023-05-24T15:21:02Z2023-05-24T15:21:02Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfOLIVEIRA, Juliana Britto Martins de. Caracterização fenotípica e genotípica de acinetobacter baumannii obtidos de pacientes com suspeita clínica de Covid-19 em um hospital universitário do Rio de Janeiro. 2022. 56 f. 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