Genômica comparativa entre os biovares Equi e Ovis de Corynebacteriumpseudotuberculosis isolados no México

• Autor(a) principal: Doglas Parise
• Data de Publicação: 2016
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFMG
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/1843/BUOS-APTLMM
• topic: Bioinformática; Bioinformática

O desenvolvimento das tecnologias de sequenciamento de novageração (NGS) tem permitido campos de estudos como o da genômicacomparativa crescerem e levado a uma melhor compreensão de diferentes organismos. Dentre os quais podemos destacar bactérias patogênicas como a Corynebacterium pseudotuberculosis, a qual pode ser dividida em dois biovares. As pertencentes ao biovar Ovis afetam principalmente pequenos ruminantes e as do biovar Equi afetam animais de maior porte como equinos, bubalinos e bovinos. As doenças causadas por este patógeno têm levado a grandes perdas financeiras ao agronegócio mundial. Neste trabalho foram estudadas seis linhagens de C. pseudotuberculosis isoladas de caprinos,ovinos e equinos todas provenientes do México, sendo o primeiro estudo in silico deste patógeno isolado neste país. Para tal os DNAs genômicos foram sequenciados utilizando a tecnologia de sequenciamento Ion PGM, seguido da montagem, anotação e depósito no NCBI. Nos estudos de genômica comparativa foram utilizados os seguintes softwares: Protein Family Sorter doPATRIC (pangenoma), Gegenees e FigTree (geração da árvore filogenômica), GIPSy e BRIG (predição e visualização das ilhas de patogenicidade (PAIs), respectivamente) e o Specialty Genes Search tool do PATRIC (predição de alvos para drogas). Na análise de pangenoma dos seis organismos o valor do pangenoma foi de 2295, do genoma central foi de 1903, do genoma acessório foi de 343 e quantidade de genes únicos foi de 49. Referente a análise filogenômica chegou-se a um agrupamento por biovar e também uma maior similaridade genômica pôde ser observada por hospedeiro. Em conformidadecom os resultados da filogenômica, nas análises de PAIs encontrou-sesemelhanças destas por biovar e uma PAI presente em todos os organismos. Além disso, foi encontrado um possível alvo para drogas em cinco dos seis genomas estudados. Este estudo visou contribuir com o conhecimento biológico de C. pseudotuberculosis e na identificação de prováveis fatores de virulência que podem ser utilizados em estudos que visam o desenvolvimento de vacinas e drogas para erradicação das diferentes doenças causadas por este organismo.