Prospecção e caracterização de vírus gigantes em amostras do Rio Negro, Amazônia
Autor(a) principal: | |
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Data de Publicação: | 2013 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFMG |
Texto Completo: | http://hdl.handle.net/1843/42447 |
Resumo: | A família Mimiviridae compreende vírus gigantes de DNA que são estudados como agentes etiológicos hipotéticos de pneumonia em humanos. Estudos metagenômicos recentes detectaram DNA de vírus dessa família em ecossistemas aquáticos naturais em alguns países do hemisfério norte, além de uma região litorânea do Chile. Até o momento, nenhum membro da família Mimiviridae havia sido descrito em território brasileiro. Embora a Amazônia seja conhecida pela grande biodiversidade, existem poucos estudos que demonstrem aprovável riqueza de vírus neste bioma. Assim, esse trabalho teve como objetivo a prospecção de vírus da família Mimiviridae e outros vírus gigantes em águas do Rio Negro, AM, Brasil. A coleta foi feita em diversos pontos do Rio Negro em região próxima a Manaus. As amostras de água foram submetidas a um processo de enriquecimento em meio de água-arroz e filtradas (em filtro de 200 nm) para retenção dos vírus no filtro. As amostras foram então inoculadas em cultivo de amebas para isolamento e paralelamente submetidas a ensaios de PCR em tempo real, para amplificação do DNA do gene da helicase dos vírus da família Mimiviridae. No presente trabalho descrevemos o isolamento e caracterização do Samba virus (SMBV), um novo vírus do gênero Mimivirus, nas águas do Rio Negro da Amazônia brasileira; bem como o isolamento e caracterização de um virófago associado, denominado Rio Negro virophage (RNV), o primeiro virófago de mimivírus isolado nas Américas. A análise do gene da helicase revelou que SMBV se agrupa filogeneticamente com os mimivírus do grupo A, incluindo representantes como mimivírus e mamavírus. O virófago foi identificado por PCR em tempo real empregando iniciadores para o gene de capsídeo, confirmando sua identidade e a analise revelou 100% de identidade com o Sputnik virus. Testes biológicos e de microscopia eletrônica revelaram características únicas de SBMV e RNV. O presente estudo abre novas perspectivas para o estudo de vírus gigantes no Brasil. |
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Jonatas Santos Abrahãohttp://lattes.cnpq.br/6901308927476062http://lattes.cnpq.br/1056676446555532Rafael Kroon Campos2022-06-13T14:13:44Z2022-06-13T14:13:44Z2013-12-23http://hdl.handle.net/1843/42447A família Mimiviridae compreende vírus gigantes de DNA que são estudados como agentes etiológicos hipotéticos de pneumonia em humanos. Estudos metagenômicos recentes detectaram DNA de vírus dessa família em ecossistemas aquáticos naturais em alguns países do hemisfério norte, além de uma região litorânea do Chile. Até o momento, nenhum membro da família Mimiviridae havia sido descrito em território brasileiro. Embora a Amazônia seja conhecida pela grande biodiversidade, existem poucos estudos que demonstrem aprovável riqueza de vírus neste bioma. Assim, esse trabalho teve como objetivo a prospecção de vírus da família Mimiviridae e outros vírus gigantes em águas do Rio Negro, AM, Brasil. A coleta foi feita em diversos pontos do Rio Negro em região próxima a Manaus. As amostras de água foram submetidas a um processo de enriquecimento em meio de água-arroz e filtradas (em filtro de 200 nm) para retenção dos vírus no filtro. As amostras foram então inoculadas em cultivo de amebas para isolamento e paralelamente submetidas a ensaios de PCR em tempo real, para amplificação do DNA do gene da helicase dos vírus da família Mimiviridae. No presente trabalho descrevemos o isolamento e caracterização do Samba virus (SMBV), um novo vírus do gênero Mimivirus, nas águas do Rio Negro da Amazônia brasileira; bem como o isolamento e caracterização de um virófago associado, denominado Rio Negro virophage (RNV), o primeiro virófago de mimivírus isolado nas Américas. A análise do gene da helicase revelou que SMBV se agrupa filogeneticamente com os mimivírus do grupo A, incluindo representantes como mimivírus e mamavírus. O virófago foi identificado por PCR em tempo real empregando iniciadores para o gene de capsídeo, confirmando sua identidade e a analise revelou 100% de identidade com o Sputnik virus. Testes biológicos e de microscopia eletrônica revelaram características únicas de SBMV e RNV. O presente estudo abre novas perspectivas para o estudo de vírus gigantes no Brasil.The family Mimiviridae comprises giant DNA viruses that are studied as putative etiological agents of pneumonia in humans. Recent metagenomic studies detected DNA of this virus in natural aquatic ecosystems in some northern countries, as well as a coastal region of Chile. To date, members of the Mimiviridae family were not described in Brazil. While the Brazilian Amazon has a huge biodiversity and there are few studies that adress the virosphere of this biome. This study aimed to explore viruses of the Mimiviridae family and other giant viruses in waters of the Rio Negro, AM, Brazil. Water was collected near Manaus, at various points of the Rio Negro. Water samples were enriched in rice-water medium and filtered (200 nm) to separate the viruses, which are retained on the filter. The samples were then inoculated in amoebae for isolation and amplification of mimivirus DNA from the helicase gene. A new virus of the genus Mimivirus was isolated from the waters of Rio Negro and characterized. This virus was named Samba virus (MBV).Additionally, an associated virophage was also isolated and named Rio Negro virophage (RNV). RNV is the first mimivirus virophage isolated in the Americas.The helicase gene analysis revealed that SMBV was phylogenetically clustered in the mimivirus group A mimivirus, which includes representants as mimivirus and mamavirus. The virophage was identified by real-time PCR using primers for the capsid gene of previously known virophages. Sequence analysis revealed 100%identity of RNV with the virophage Sputnik virus. Biological approach and electronic microscopy identified unique characteristics of SMBV and RNV.This study opens new perspectives for the giant viruses in Brazil.Outra AgênciaporUniversidade Federal de Minas GeraisPrograma de Pós-Graduação em MicrobiologiaUFMGBrasilICB - DEPARTAMENTO DE MICROBIOLOGIAMicrobiologiaMimiviridaeVírus GigantesBiodiversidadeEcossistema AmazônicoMimiviridaeAmazôniaRio NegroVírus gigantesRiquezaBiodiversidade.Prospecção e caracterização de vírus gigantes em amostras do Rio Negro, Amazôniainfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFMGinstname:Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)instacron:UFMGORIGINALRafael Kroon Campos dissertação.pdfRafael Kroon Campos dissertação.pdfapplication/pdf10236949https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/42447/1/Rafael%20Kroon%20Campos%20disserta%c3%a7%c3%a3o.pdfc683caf9a27a3f094ceff9b890acde07MD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82118https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/42447/2/license.txtcda590c95a0b51b4d15f60c9642ca272MD521843/424472022-06-13 11:13:45.523oai:repositorio.ufmg.br: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ório de PublicaçõesPUBhttps://repositorio.ufmg.br/oaiopendoar:2022-06-13T14:13:45Repositório Institucional da UFMG - Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)false |
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