Avaliação in silico do potencial antibacteriano de flavonoides das folhas do araçá (Psidium Guineense SW)
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Data de Publicação: | 2023 |
Tipo de documento: | Trabalho de conclusão de curso |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFPB |
Texto Completo: | https://repositorio.ufpb.br/jspui/handle/123456789/27377 |
Resumo: | Os produtos naturais são constituintes da vida dos seres humanos ao longo do seu desenvolvimento histórico, sendo presentes em diversos setores do cotidiano como meio de alimentação, remédios, entre outros. A espécie Psidium guineense Sw, é conhecida como araçá, araçazeiro, araçá-comum e araçá-mirim, em estudos anteriores demonstrou atividade antimicrobiana diante da Klebsiella pneumoniae. O objetivo deste trabalho foi avaliar interações de metabólitos secundários biosintetizados pela P. guineense em enzimas que conferem atividade antimicrobiana frente à espécie Klebsiella pneumoniae. Realizou-se uma metodologia computacional direcionada a afinidade de ligação dos flavonoides de Psidium guineense Sw no sítio ativo da proteína ligadora de penicilina (PBP1b) 5HLA.O procedimento de cálculo de docking realizado após as otimizações no receptor e nos ligantes foi realizado através da utilização do programa Autodock Vina acoplado ao software PyRx. As dimensões do gridbox foram na ordem de x: 39.6372 Å, y: 25.0000 Å e z: 24.8371 Å, nas coordenadas x: 4.2680 y: 17.9934 e z: -21.0331. Todas as três moléculas de flavonoides, quercetina, kaempferol e rutina, apresentaram energia de ligação negativas,expressando afinidade de ligação com a macromolécula, sendo determinada atravésdas interações que envolvem os ligantes testados com a macromolécula avaliada. Sabendo que a inibição da enzima PBP1b pode acarretar a degradação da parede celular bacteriana, pode-se justificar a utilização da Psidium guineense com finalidadeantibacteriana. Os resultados abordam um campo teórico por meios dos cálculos in sílico, sugerem e embasam estudo referente a essa espécie com finalidade antibacteriana agindo na parede celular da bactéria. |
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2023-07-06T10:59:14Z2023-06-222023-07-06T10:59:14Z2023-04-11https://repositorio.ufpb.br/jspui/handle/123456789/27377Os produtos naturais são constituintes da vida dos seres humanos ao longo do seu desenvolvimento histórico, sendo presentes em diversos setores do cotidiano como meio de alimentação, remédios, entre outros. A espécie Psidium guineense Sw, é conhecida como araçá, araçazeiro, araçá-comum e araçá-mirim, em estudos anteriores demonstrou atividade antimicrobiana diante da Klebsiella pneumoniae. O objetivo deste trabalho foi avaliar interações de metabólitos secundários biosintetizados pela P. guineense em enzimas que conferem atividade antimicrobiana frente à espécie Klebsiella pneumoniae. 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Os resultados abordam um campo teórico por meios dos cálculos in sílico, sugerem e embasam estudo referente a essa espécie com finalidade antibacteriana agindo na parede celular da bactéria.Natural products are constituents of human life throughout their historical development, being present in various sectors of daily life as a means of food, medicine, among others. The species Psidium guineense Sw, is known as araçá, araçá, common araçá and araçá-mirim, in previous studies it demonstrated antimicrobial activity against Klebsiella pneumoniae. The objective of this work was to evaluate interactions of secondary metabolites biosynthesized by P. guineense in enzymes that confer antimicrobial activity against the Klebsiella pneumoniae species. A computational methodology was carried out aimed at the binding affinity of flavonoids from Psidium guineense Sw in the active site of penicillin binding protein (PBP1b) 5HLA. The docking calculation procedure performed after the optimizations in the receptor and in the ligands was performed using the Autodock Vina program coupled to the PyRx software. The dimensions of the gridbox were in the order of x: 39.6372 Å, y: 25.0000 Å and z: 24.8371 Å, in coordinates x: 4.2680 y: 17.9934 and z: -21.0331. All three flavonoid molecules, quercetin, kaempferol and rutin, showed negative binding energy, expressing binding affinity with the macromolecule, being determined through interactions involving the tested ligands with the evaluated macromolecule. Knowing that the inhibition of the PBP1b enzyme can lead to the degradation of the bacterial cell wall, the use of Psidium guineense for antibacterial purposes can be justified. The results address a theoretical field by means of in silico calculations, suggest and support a study regarding this species with an antibacterial purpose acting on the bacterial cell wall.Submitted by Roberval Silva (ber-val@hotmail.com) on 2023-07-06T10:59:14Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) SPMSD06072023 - MQ084.pdf: 828291 bytes, checksum: 1cebfc8ced5c5700bbdb6520339fb973 (MD5)Made available in DSpace on 2023-07-06T10:59:14Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) SPMSD06072023 - MQ084.pdf: 828291 bytes, checksum: 1cebfc8ced5c5700bbdb6520339fb973 (MD5) Previous issue date: 2023-04-11porUniversidade Federal da ParaíbaUFPBBrasilQuímica e FísicaAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/openAccessCNPQ::QUIMICA E FÍSICAQuímicaFlavonoideDocking molecularAvaliação in silico do potencial antibacteriano de flavonoides das folhas do araçá (Psidium Guineense SW)info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisTeles, Yanna Carolina FerreiraPereira Júnior, Paulo GomesDuzino, Sabrina Pâmela Matos da Silvareponame:Repositório Institucional da UFPBinstname:Universidade Federal da Paraíba (UFPB)instacron:UFPBTEXTSPMSD06072023 - MQ084.pdf.txtSPMSD06072023 - MQ084.pdf.txtExtracted texttext/plain65409https://repositorio.ufpb.br/jspui/bitstream/123456789/27377/4/SPMSD06072023%20-%20MQ084.pdf.txt04bccaa0932994a43249930d001d4726MD54LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82390https://repositorio.ufpb.br/jspui/bitstream/123456789/27377/3/license.txte20ac18e101915e6935b82a641b985c0MD53CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-8811https://repositorio.ufpb.br/jspui/bitstream/123456789/27377/2/license_rdfe39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34MD52ORIGINALSPMSD06072023 - MQ084.pdfSPMSD06072023 - MQ084.pdfapplication/pdf828291https://repositorio.ufpb.br/jspui/bitstream/123456789/27377/1/SPMSD06072023%20-%20MQ084.pdf1cebfc8ced5c5700bbdb6520339fb973MD51123456789/273772023-07-07 03:02:43.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Repositório InstitucionalPUB |
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