Análise da influência de polimorfismos nos genes ACE2, MTHFR, AnxA2, DDX58, ReIA e IL-6 em desfechos clínicos da COVID-19 em uma população de Pernambuco

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: REIS, Wendell Palôma Maria dos Santos
Data de Publicação: 2023
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFPE
Texto Completo: https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/51245
Resumo: COVID-19 é uma doença respiratória com diferentes desfechos clínicos que podem estar relacionados à idade, o sexo, a presença de morbidades e a variabilidade genética viral e/ou hospedeira. Variações em genes de vias envolvidas na entrada viral, na coagulação e no processo inflamatório têm sido associadas aos desfechos graves da COVID-19. Neste sentido, investigamos a distribuição alélica e genotípica de SNPs nos genes ACE2(rs228566), MTHFR(rs1801133), ANXA2(rs7163836 e rs7170178), DDX58(rs10813831), RelA(rs7101916) e IL6(rs1800795) e suas possíveis relações com a gravidade da COVID-19. Para isso, foram utilizadas amostras de swab nasofaríngeo e dados clínico-epidemiológicos de 312 indivíduos diagnosticados com COVID-19. Destas, 100 amostras foram selecionadas aleatoriamente e submetidas a extração de DNA genômico por diferentes métodos (Chelex, Fenol/Clorofórmio e kit comercial), para selecionar o método mais adequado para as análises genéticas. Posteriormente, foi realizada a genotipagem através de PCR em tempo real usando sondas alelo-específicas, bem como a estratificação dos indivíduos quanto a gravidade em casos: leves(CL), graves(CG) e fatais(CF). A extração de DNA por chelex, mostrou-se mais barata, rápida e adequada para amostras nasofaríngeas. Entre os indivíduos com COVID-19, febre e tosse foram os sintomas mais frequentes (>76% em ambos) entre os CL, enquanto tosse (89,1%), baixa saturação (82,6%) e dispneia (78,3%) foram os mais comuns entre os CG. Nos CF, dispneia (85,7%), baixa saturação e tosse (ambos 75,7%) foram predominantes. Quanto as morbidades, doenças cardiovasculares (29,3% e 15,7% respectivamente) e diabetes mellitus (25% e 14,3% respectivamente) predominaram entre os CG e CF. Dentre as variantes genéticas, os genótipos A/G (rs7170178 em ANXA2) e G/G (rs10813831 em DDX58) foram associados a uma maior susceptibilidade à mortalidade por COVID-19 e os genótipos C/C e C/T (rs7101916 em RelA) foram associados à gravidade da doença. Novos estudos com abordagens genômicas e funcionais de variantes de ANXA2, DDX58 e RelA são necessárias para uma melhor compreensão do papel desses genes nos desfechos da COVID-19.
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Neste sentido, investigamos a distribuição alélica e genotípica de SNPs nos genes ACE2(rs228566), MTHFR(rs1801133), ANXA2(rs7163836 e rs7170178), DDX58(rs10813831), RelA(rs7101916) e IL6(rs1800795) e suas possíveis relações com a gravidade da COVID-19. Para isso, foram utilizadas amostras de swab nasofaríngeo e dados clínico-epidemiológicos de 312 indivíduos diagnosticados com COVID-19. Destas, 100 amostras foram selecionadas aleatoriamente e submetidas a extração de DNA genômico por diferentes métodos (Chelex, Fenol/Clorofórmio e kit comercial), para selecionar o método mais adequado para as análises genéticas. Posteriormente, foi realizada a genotipagem através de PCR em tempo real usando sondas alelo-específicas, bem como a estratificação dos indivíduos quanto a gravidade em casos: leves(CL), graves(CG) e fatais(CF). A extração de DNA por chelex, mostrou-se mais barata, rápida e adequada para amostras nasofaríngeas. Entre os indivíduos com COVID-19, febre e tosse foram os sintomas mais frequentes (>76% em ambos) entre os CL, enquanto tosse (89,1%), baixa saturação (82,6%) e dispneia (78,3%) foram os mais comuns entre os CG. Nos CF, dispneia (85,7%), baixa saturação e tosse (ambos 75,7%) foram predominantes. Quanto as morbidades, doenças cardiovasculares (29,3% e 15,7% respectivamente) e diabetes mellitus (25% e 14,3% respectivamente) predominaram entre os CG e CF. Dentre as variantes genéticas, os genótipos A/G (rs7170178 em ANXA2) e G/G (rs10813831 em DDX58) foram associados a uma maior susceptibilidade à mortalidade por COVID-19 e os genótipos C/C e C/T (rs7101916 em RelA) foram associados à gravidade da doença. Novos estudos com abordagens genômicas e funcionais de variantes de ANXA2, DDX58 e RelA são necessárias para uma melhor compreensão do papel desses genes nos desfechos da COVID-19.CAPESCOVID-19 is a respiratory disease with different clinical outcomes that may be related to age, gender, presence of morbidities and viral and/or host genetic variability. Variations in genes in pathways involved in viral entry, clotting, and the inflammatory process have been associated with severe outcomes from COVID-19. In this sense, we investigated the allelic and genotypic distribution of SNPs in the genes ACE2(rs228566), MTHFR(rs1801133), ANXA2(rs7163836 and rs7170178), DDX58(rs10813831), RelA(rs7101916) and IL6(rs1800795) and their possible relationships with the severity of COVID-19. For this, nasopharyngeal swab samples and clinical-epidemiological data from 312 individuals diagnosed with COVID-19 were used. Of these, 100 samples were randomly selected and submitted to genomic DNA extraction by different methods (Chelex, Phenol/Chloroform and commercial kit), to select the most adequate method for the genetic analyses. Subsequently, genotyping was performed through real-time PCR using allele-specific probes, as well as the stratification of individuals according to severity in cases: mild (CL), severe (CG) and fatal (CF). DNA extraction by chelex proved to be cheaper, faster and suitable for nasopharyngeal samples. Among individuals with COVID-19, fever and cough were the most frequent symptoms (>76% in both) among CL, while cough (89.1%), low saturation (82.6%) and dyspnoea (78.3 %) were the most common among GC. In CF, dyspnoea (85.7%), low saturation and cough (both 75.7%) were predominant. As for morbidities, cardiovascular diseases (29.3% and 15.7% respectively) and diabetes mellitus (25% and 14.3% respectively) predominated among the CG and CF. Among the genetic variants, the A/G (rs7170178 in ANXA2) and G/G (rs10813831 in DDX58) genotypes were associated with a higher susceptibility to COVID-19 mortality and the C/C and C/T genotypes (rs7101916 in RelA) were associated with disease severity. New studies with genomic and functional approaches of ANXA2, DDX58 and RelA variants are needed for a better understanding of the role of these genes in the outcomes of COVID-19.porUniversidade Federal de PernambucoPrograma de Pos Graduacao em GeneticaUFPEBrasilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/openAccessCOVID 19PolimorfismosANXA2 - via inflamatóriaAnálise da influência de polimorfismos nos genes ACE2, MTHFR, AnxA2, DDX58, ReIA e IL-6 em desfechos clínicos da COVID-19 em uma população de Pernambucoinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisdoutoradoreponame:Repositório Institucional da UFPEinstname:Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)instacron:UFPEORIGINALTESE Wendell Palôma Maria dos Santos Reis.pdfTESE Wendell Palôma Maria dos Santos Reis.pdfapplication/pdf4416645https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/51245/1/TESE%20Wendell%20Pal%c3%b4ma%20Maria%20dos%20Santos%20Reis.pdf5cdd845a26a423f5caddde6d25ee436aMD51CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; 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