Qual região do DNA mitocondrial reflete a história evolutiva da ordem Lepidoptera?
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Data de Publicação: | 2013 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFPE |
Texto Completo: | https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/13136 |
Resumo: | A ordem Lepidoptera apresenta uma gama de espécimes de importância econômica, algumas são agentes polinizadores e outras são pragas. Vários estudos têm sido realizados com base na morfologia com base em dados moleculares para elucidar a evolução da ordem. O DNA mitocondrial é muito utilizado por proporcionar boa resolução filogenética. Com base em genes mitocondriais informativos, nós propusemos um conjunto de dados que pode ser utilizado em análise filogenética de Lepidoptera obtendo a mesma robustez que a análise com mtDNAs completos. Para isso, as sequências dos mitogenomas de Lepidoptera foram recuperadas no banco de dados do NCBI. Foi identificada a ordem gênica das sequências utilizando o programa MAUVE. As regiões de interesse em D. flavipennella foram sequenciadas para testar a eficiência dos marcadores moleculares em sequência nova. Foi realizada análise de entropia, teste de sinal filogenético e de saturação para verificar características de bons marcadores moleculares e foram realizadas análises filogenéticas nos programas PhyML e MrBayes. Foram realizados também testes com e sem a terceira posição dos códons para verificar a influência da terceira posição nas análises filogenéticas de Lepidoptera. As regiões estudadas foram concatenadas para aumentar os valores de confiança das árvores. Verificamos que com a concatenação dos genes COI, ATP6, COIII, ND3, ND5, CYTB, ND1 e 16S foi possível obter resultados com robustez semelhante a dos mitogenomas completos. |
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As regiões de interesse em D. flavipennella foram sequenciadas para testar a eficiência dos marcadores moleculares em sequência nova. Foi realizada análise de entropia, teste de sinal filogenético e de saturação para verificar características de bons marcadores moleculares e foram realizadas análises filogenéticas nos programas PhyML e MrBayes. Foram realizados também testes com e sem a terceira posição dos códons para verificar a influência da terceira posição nas análises filogenéticas de Lepidoptera. As regiões estudadas foram concatenadas para aumentar os valores de confiança das árvores. Verificamos que com a concatenação dos genes COI, ATP6, COIII, ND3, ND5, CYTB, ND1 e 16S foi possível obter resultados com robustez semelhante a dos mitogenomas completos.FACEPEporUniversidade Federal de PernambucoAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/openAccessConcatenação de genesFilogeniaLepidopteraMarcadores MolecularesMitogenomaQual região do DNA mitocondrial reflete a história evolutiva da ordem Lepidoptera?info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisreponame:Repositório Institucional da UFPEinstname:Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)instacron:UFPETHUMBNAILDissertação Patricia Rocha.pdf.jpgDissertação Patricia Rocha.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1239https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/13136/5/Disserta%c3%a7%c3%a3o%20Patricia%20Rocha.pdf.jpg463ededa9c900b9a482158564dc55597MD55ORIGINALDissertação Patricia Rocha.pdfDissertação Patricia Rocha.pdfapplication/pdf2020756https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/13136/1/Disserta%c3%a7%c3%a3o%20Patricia%20Rocha.pdf96804531919a1d7e9cb5ab9787d73242MD51CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; 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