Construção de quimeras recombinantes contendo antígenos de Bartonella henselae
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Data de Publicação: | 2020 |
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Resumo: | Bartonella henselae é uma bactéria Gram-negativa e intracelular facultativa, onde os gatos são seu reservatório primário e os seres humanos seus hospedeiros acidentais. B. henselae é causadora da zoonose conhecida como Doença da Arranhadura do Gato (Cat Scratch Disease - CSD). O diagnóstico da CSD ainda é um desafio, pois as técnicas convencionais de detecção de antígenos ou anticorpos têm demonstrado limitações. O diagnóstico padrão-ouro da CSD é a Imunofluorescência, com boa sensibilidade, entretanto, com possibilidade de reações cruzadas com outras espécies. Diante disto, as ferramentas de bioinformática têm sido utilizadas em todo o mundo, otimizando a busca por novas alternativas de diagnóstico. Assim, o objetivo do presente trabalho foi identificar, através de análises de imuno-bioinformática, epítopos de B. henselae, e construir quimeras recombinantes multi-epítopo para uso como insumos biotecnológicos. Os sete antígenos mais citados em artigos científicos (GroEL, 17kDa, P26, BadA, Pap31, OMP89 e OMP43) foram escolhidos para a fase de identificação e seleção dos epítopos. Os epítopos de células B foram selecionados usando dois preditores (BepiPred e Iedb). O estudo tridimensional das proteínas, bem como análises de qualidade estrutural, análises físico-químicas e de antigenicidade foram feitos através do servidor I-TASSER, QMEAN6 e do servidor Protoparam, respectivamente. A análises das estruturas secundárias do mRNA foram performadas para verificar a estabilidade da tradução das proteínas através do software RNAfold. A seguir, o desenho in silico das quimeras foi feito e as mesmas enviadas para síntese química. Três quimeras recombinantes (rC) foram constituídas, sendo elas compostas por epítopos presentes nas proteínas GroEL, 17kDa e P26 (rC1); BadA, Pap31 e GroEL (rC2) e P26, OMP89 e OMP43 (rC3). As quimeras recombinantes (rC) foram clonadas em vetor de expressão em Escherichia coli, pAE. A antigenicidade das proteínas foi verificada através de Western Blot (WB) com soro de humano naturalmente infectado por B. henselae. Todas as proteínas quiméricas foram expressas com sucesso, de forma insolúvel, e com massa molecular esperada de 36 kDa (rC1), 34 kDa (rC2) e 38 kDa (rC3). As análises de qualidade demonstraram quea rC2 foi a construção ligeiramente melhor que as demais. As análises das estruturas secundárias do mRNA revelaram que estes tinham estabilidade suficiente para traduzir efetivamente as proteínas. Todas as quimeras mostraram-se antigênicas através do WB. As quimeras recombinantes produzidas têm potencial para uso biotecnológico no desenvolvimento de testes de diagnóstico. |
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2022-12-29T09:23:33Z2022-12-282022-12-29T09:23:33Z2020-02-19GONÇALVES, Jênifer Malheiros. Construção de quimeras recombinantes contendo antígenos de Bartonella henselae. 2020. 98f. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Centro de Desenvolvimento Tecnológico, Universidade Federal de Pelotas. Pelotas, 2020.http://guaiaca.ufpel.edu.br/handle/prefix/8866Bartonella henselae é uma bactéria Gram-negativa e intracelular facultativa, onde os gatos são seu reservatório primário e os seres humanos seus hospedeiros acidentais. B. henselae é causadora da zoonose conhecida como Doença da Arranhadura do Gato (Cat Scratch Disease - CSD). O diagnóstico da CSD ainda é um desafio, pois as técnicas convencionais de detecção de antígenos ou anticorpos têm demonstrado limitações. O diagnóstico padrão-ouro da CSD é a Imunofluorescência, com boa sensibilidade, entretanto, com possibilidade de reações cruzadas com outras espécies. Diante disto, as ferramentas de bioinformática têm sido utilizadas em todo o mundo, otimizando a busca por novas alternativas de diagnóstico. Assim, o objetivo do presente trabalho foi identificar, através de análises de imuno-bioinformática, epítopos de B. henselae, e construir quimeras recombinantes multi-epítopo para uso como insumos biotecnológicos. Os sete antígenos mais citados em artigos científicos (GroEL, 17kDa, P26, BadA, Pap31, OMP89 e OMP43) foram escolhidos para a fase de identificação e seleção dos epítopos. Os epítopos de células B foram selecionados usando dois preditores (BepiPred e Iedb). O estudo tridimensional das proteínas, bem como análises de qualidade estrutural, análises físico-químicas e de antigenicidade foram feitos através do servidor I-TASSER, QMEAN6 e do servidor Protoparam, respectivamente. A análises das estruturas secundárias do mRNA foram performadas para verificar a estabilidade da tradução das proteínas através do software RNAfold. A seguir, o desenho in silico das quimeras foi feito e as mesmas enviadas para síntese química. Três quimeras recombinantes (rC) foram constituídas, sendo elas compostas por epítopos presentes nas proteínas GroEL, 17kDa e P26 (rC1); BadA, Pap31 e GroEL (rC2) e P26, OMP89 e OMP43 (rC3). As quimeras recombinantes (rC) foram clonadas em vetor de expressão em Escherichia coli, pAE. A antigenicidade das proteínas foi verificada através de Western Blot (WB) com soro de humano naturalmente infectado por B. henselae. Todas as proteínas quiméricas foram expressas com sucesso, de forma insolúvel, e com massa molecular esperada de 36 kDa (rC1), 34 kDa (rC2) e 38 kDa (rC3). As análises de qualidade demonstraram quea rC2 foi a construção ligeiramente melhor que as demais. As análises das estruturas secundárias do mRNA revelaram que estes tinham estabilidade suficiente para traduzir efetivamente as proteínas. Todas as quimeras mostraram-se antigênicas através do WB. As quimeras recombinantes produzidas têm potencial para uso biotecnológico no desenvolvimento de testes de diagnóstico.Bartonella henselae is a facultative gram-negative and intracellular bacterium, where cats are its primary reservoir and humans are accidental hosts. B. henselae is considered one of the most important medical species, causing the zoonosis known as Cat Scratch Disease (CSD). The diagnosis of CSD is still a challenge since conventional techniques for detecting antigens or antibodies have demonstrated limitations. The gold standard diagnosis of CSD is IFI, with good sensitivity, however, with the possibility of cross-reactions with other species. Given this, bioinformatics tools have been used worldwide, optimizing the search for new diagnostic alternatives. Thus, the objective of the present work was to identify, through immuno-bioinformatics analyzes, epitopes of B. henselae, and to build multi-epitope recombinant chimeras for use as biotechnological inputs. The seven most cited antigens in scientific articles (GroEL, 17kDa, P26, BadA, Pap31, OMP89 and OMP43) were chosen for the epitope identification and selection phase. B cell epitopes were selected using two predictors (BepiPred and Iedb). The three-dimensional study of proteins, as well as structural quality analyzes, physical-chemical and antigenicity analyzes were performed using the I-TASSER, QMEAN6 and Protoparam servers, respectively. The analysis of the secondary structures of the mRNA were performed to verify the stability of the translation of proteins using the RNAfold software. Next, the in silico drawing of the chimeras was done and sent to chemical synthesis. Three recombinant chimeras (rC) were formed, being composed of epitopes present in the GroEL, 17kDa and P26 (rC1) proteins; BadA, Pap31 and GroEL (rC2) and P26, OMP89 and OMP43 (rC3). Recombinant chimeras (rC) were cloned into an expression vector in Escherichia coli, pAE. The antigenicity of the proteins was verified through Western Blot (WB) with human serum naturally infected by B. henselae. All chimeric proteins were successfully expressed, insoluble, and with an expected molecular mass of 37 kDa (rC1), 35 kDa (rC2) and 38 kDa (rC3). Quality analyzes showed that rC2 was a slightly better construction than the others. Analyzes of secondary mRNA structures revealed that they had sufficient stability to effectively translate proteins. All chimeras were shown tobe antigenic through the WB. The chimeras produced have potential for use in diagnostic tests.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESporUniversidade Federal de PelotasPrograma de Pós-Graduação em BiotecnologiaUFPelBrasilCentro de Desenvolvimento TecnológicoCNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::MEDICINA VETERINARIA::PATOLOGIA ANIMALProteína recombinanteCSDDoença da arranhadura do gatoIn silicoDiagnósticoRecombinant proteinCat scratch diseaseDiagnosisConstrução de quimeras recombinantes contendo antígenos de Bartonella henselaeConstruction of recombinant chimeras containing Bartonella henselae antigensinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesishttp://lattes.cnpq.br/3849143443163290http://lattes.cnpq.br/0131111340559161Hartwig, Daiane DrawanzGonçalves, Jênifer MalheirosGONÇALVES, Jênifer Malheiros. Construção de quimeras recombinantes contendo antígenos de Bartonella henselae. 2020. 98f. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Centro de Desenvolvimento Tecnológico, Universidade Federal de Pelotas. Pelotas, 2020.info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFPel - Guaiacainstname:Universidade Federal de Pelotas (UFPEL)instacron:UFPELTEXTTese_Jenifer_Malheiros_Goncalves.pdf.txtTese_Jenifer_Malheiros_Goncalves.pdf.txtExtracted texttext/plain138627http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/8866/6/Tese_Jenifer_Malheiros_Goncalves.pdf.txt1228e3017bade669939d53b94961d5a3MD56open accessTHUMBNAILTese_Jenifer_Malheiros_Goncalves.pdf.jpgTese_Jenifer_Malheiros_Goncalves.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1260http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/8866/7/Tese_Jenifer_Malheiros_Goncalves.pdf.jpgeb8b8d3bfc29916c266d221f9e95d64dMD57open accessORIGINALTese_Jenifer_Malheiros_Goncalves.pdfTese_Jenifer_Malheiros_Goncalves.pdfapplication/pdf1580479http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/8866/1/Tese_Jenifer_Malheiros_Goncalves.pdf38e79649179d79b1e6407b38e42a6841MD51open accessCC-LICENSElicense_urllicense_urltext/plain; charset=utf-849http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/8866/2/license_url4afdbb8c545fd630ea7db775da747b2fMD52open accesslicense_textlicense_texttext/html; charset=utf-80http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/8866/3/license_textd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427eMD53open accesslicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-80http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/8866/4/license_rdfd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427eMD54open accessLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81866http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/8866/5/license.txt43cd690d6a359e86c1fe3d5b7cba0c9bMD55open accessprefix/88662023-07-13 03:46:35.501open accessoai:guaiaca.ufpel.edu.br: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ório InstitucionalPUBhttp://repositorio.ufpel.edu.br/oai/requestrippel@ufpel.edu.br || repositorio@ufpel.edu.br || aline.batista@ufpel.edu.bropendoar:2023-07-13T06:46:35Repositório Institucional da UFPel - Guaiaca - Universidade Federal de Pelotas (UFPEL)false |
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