Ecoepidemiologia de Cryptococcus neoformans sensu lato e Cryptococcus gatti sensu lato
| Autor(a) principal: | |
|---|---|
| Data de Publicação: | 2018 |
| Tipo de documento: | Tese |
| Idioma: | por |
| Título da fonte: | Repositório Institucional da UFPR |
| Texto Completo: | https://hdl.handle.net/1884/57106 |
Resumo: | Orientador: Prof. Dr. Flávio de Queiroz-Telles Filho |
| id |
UFPR_d1ee1e30d6c9d76c4f8090412ceea92b |
|---|---|
| oai_identifier_str |
oai:acervodigital.ufpr.br:1884/57106 |
| network_acronym_str |
UFPR |
| network_name_str |
Repositório Institucional da UFPR |
| repository_id_str |
308 |
| spelling |
Herkert, Patricia Fernanda, 1991-Vicente, Vânia AparecidaUniversidade Federal do Paraná. Setor de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Microbiologia, Parasitologia e PatologiaTelles Filho, Flávio de Queiroz, 1952-2018-12-12T17:54:49Z2018-12-12T17:54:49Z2018https://hdl.handle.net/1884/57106Orientador: Prof. Dr. Flávio de Queiroz-Telles FilhoCoorientadora: Profa. Dra. Vânia Aparecida VicenteTese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Microbiologia, Parasitologia e Patologia. Defesa : Curitiba, 25/05/2018Inclui referênciasResumo: A criptococose é uma micose sistêmica causada por leveduras do gênero Cryptococcus spp., principalmente pelas espécies pertencentes aos complexos C. neoformans e C. gattii. Estas leveduras estão presentes em diversos nichos ambientais, entre os quais destacam-se excretas de ave, madeira em decomposição, casca de árvore, solo, água e ar, com distribuição ambiental variável dependente de clima, vegetação e região geográfica. O presente trabalho teve como objetivo principal investigar as relações epidemiológicas e filogenéticas entre isolados clínicos e ambientais de C. neoformans sensu lato e C. gattii sensu lato. Utilizou-se as técnicas de sedimentação e "swab" para o isolamento ambiental de Cryptococcus spp. em Curitiba-PR e o sequenciamento das regiões ITS para a identificação das espécies isoladas. Neste estudo obteve-se 19 isolados ambientais de Cryptococcus spp., sendo eles C. laurentii (n=17), C. terrestris (n=1) e C. albidus (n=1). Os nichos positivos para Cryptococcus spp. foram estruturas de madeira presentes nos parques da cidade, como brinquedos, bancos, floreiras e cercados, excretas de aves, madeira em decomposição, solo e casca de árvores dos gêneros Acer sp., Anadenanthera sp., Tipuana sp., Schinus sp. e Ficcus sp.. A caracterização molecular de isolados clínicos de C. gattii sensu lato foi realizada através do "mating-type", AFLP e sequenciamento multi-locus. Além disso, a suscetibilidade à anfotericina B, fluconazol, itraconazol, voriconazol, posaconazol, isavuconazol e flucitosina foi investigada através de microdiluição, seguindo o protocolo estabelecido pelo CLSI. Observou-se que todos os isolados estudados pertencem a espécie C. deuterogattii (AFLP6/VGII), um isolado (UFU986) apresentou-se geneticamente indistinguível da linhagem que causou surtos de criptococose no Canadá, 14 são "mating-type" ? e 4 são "mating-type" a e observou-se também que 10 isolados apresentaram novo padrão de AFLP. Todos os isolados são tipo-selvagem quanto a suscetibilidade aos antifúngicos. Para analisar as relações filogenéticas, dos isolados clínicos e ambientais de C. neoformans sensu lato realizou-se a caracterização molecular através do "mating-type", AFLP e tipagem de microssatélite. Observou-se que todos os isolados estudados pertencem a espécie C. neoformans sensu stricto, "mating-type" ? e sorotipo A. Nas análises de AFLP observou-se a divisão dos isolados em AFLP1/VNI (n=172; 78.5 %), AFLP1A/VNII (n=19; 8.7 %), AFLP1B/VNII (n=4; 1.8 %) e um novo padrão de AFLP nomeado como AFLP1C (n=23; 10.5 %). Pela análise de microssatélites, verificou-se a presença de 129 genótipos, destes, 93 são genótipos únicos, e a maioria dos isolados ficou agrupada em um único complexo de microssatélite. O índice de diversidade de Simpson para a população estudada foi D=0.9856 mostrando alta diversidade genética. Ainda, observou-se que isolados ambientais e clínicos de C. neoformans s.s. estão geneticamente relacionados, e que os mesmos genótipos de microssatélites foram isolados de regiões geográficas diferentes e em períodos diferentes, sugerindo a constante permanência destes genótipos no meio ambiente. Todos os isolados foram tipo-selvagem quanto a suscetibilidade aos antifúngicos. Palavras-chave: Cryptococcus, criptococose, isolamento ambiental, microssatélite, AFLP, MLST.Abstract: Cryptococcosis is a systemic mycosis caused by Cryptococcus spp., mainly by the species belonging to C. neoformans and C. gattii species complexes. These yeasts are present in several environmental niches, including bird excreta, decaying wood, bark, soil, water and air, with a variable environmental distribution dependent on climate, vegetation and geographic region. The present work had as main objective to investigate the epidemiological and phylogenetic relationships between clinical and environmental isolates of C. neoformans sensu lato and C. gattii sensu lato. Sedimentation and swab techniques were used for the environmental isolation of Cryptococcus spp. in Curitiba-PR and the sequencing of ITS regions were used to identify the isolated species. We obtained 19 environmental isolates of Cryptococcus spp., the most frequent species was C. laurentii (n=17), followed by C. terrestris (n=1) and C. albidus (n=1). Positive niches for Cryptococcus spp. were wood structures present in the city parks, such as kid's toys, benches, flowerpots and enclosures, bird excreta, decaying wood, soil and tree bark of the genus Acer sp., Anadenanthera sp., Tipuana sp., Schinus sp. and Ficcus sp.. The molecular characterization of clinical isolates of C. gattii sensu lato was performed using the mating-type, AFLP and multi-locus sequencing. In addition, susceptibility to amphotericin B, fluconazole, itraconazole, voriconazole, posaconazole, isavuconazole and flucytosine was investigated by microdilution, following the protocol established by CLSI. It was observed that all the isolates studied belong to the species C. deuterogattii (AFLP6 / VGII), 1 isolate (UFU986) was genetically indistinguishable from the lineage that caused cryptococcosis outbreaks in Canada, 14 are mating-type ? and 4 were mating-type a and 10 isolates were also found to have a new AFLP pattern. All isolates are wild-type for antifungal susceptibility. To analyze the phylogenetic relationships of the clinical and environmental isolates of C. neoformans sensu lato, the molecular characterization was performed through mating-type, AFLP and microsatellite typing. It was observed that all the isolates studied belong to the species C. neoformans sensu stricto, mating-type ? and serotype A. In the AFLP analyzes the isolates were divided in AFLP1/NIV (n=172, 78.5%), AFLP1A/VNII (n=19, 8.7%), AFLP1B/VNII (n=4, 1.8%) and a new AFLP standard named AFLP1C (n=23, 10.5%). Microsatellite analysis showed the presence of 129 genotypes, which 93 were single genotypes, and most of the isolates were grouped in a single microsatellite complex. The diversity Simpson's index for the studied population was D=0.9856 showing high genetic diversity. Furthermore, it has been observed that environmental and clinical isolates of C. neoformans s.s. are genetically related, and that the same genomes of microsatellites were isolated from different geographic regions and at different periods, suggesting the constant permanence of these genotypes in the environment. All isolates were wild-type for antifungal susceptibility. Key words: Cryptococcus, cryptococcosis, environmental isolation, microsatellite, AFLP, MLST.130 p. : il. (algumas color.).application/pdfEpidemiologiaMicrobiologiaParasitologiaEcoepidemiologia de Cryptococcus neoformans sensu lato e Cryptococcus gatti sensu latoinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisporreponame:Repositório Institucional da UFPRinstname:Universidade Federal do Paraná (UFPR)instacron:UFPRinfo:eu-repo/semantics/openAccessORIGINALR - T - PATRICIA FERNANDA HERKERT.pdfapplication/pdf5620733https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/57106/1/R%20-%20T%20-%20PATRICIA%20FERNANDA%20HERKERT.pdfefa00fe2628e9529f1e2a1f773388604MD51open access1884/571062018-12-12 15:54:49.364open accessoai:acervodigital.ufpr.br:1884/57106Repositório de PublicaçõesPUBhttp://acervodigital.ufpr.br/oai/requestopendoar:3082018-12-12T17:54:49Repositório Institucional da UFPR - Universidade Federal do Paraná (UFPR)false |
| dc.title.pt_BR.fl_str_mv |
Ecoepidemiologia de Cryptococcus neoformans sensu lato e Cryptococcus gatti sensu lato |
| title |
Ecoepidemiologia de Cryptococcus neoformans sensu lato e Cryptococcus gatti sensu lato |
| spellingShingle |
Ecoepidemiologia de Cryptococcus neoformans sensu lato e Cryptococcus gatti sensu lato Herkert, Patricia Fernanda, 1991- Epidemiologia Microbiologia Parasitologia |
| title_short |
Ecoepidemiologia de Cryptococcus neoformans sensu lato e Cryptococcus gatti sensu lato |
| title_full |
Ecoepidemiologia de Cryptococcus neoformans sensu lato e Cryptococcus gatti sensu lato |
| title_fullStr |
Ecoepidemiologia de Cryptococcus neoformans sensu lato e Cryptococcus gatti sensu lato |
| title_full_unstemmed |
Ecoepidemiologia de Cryptococcus neoformans sensu lato e Cryptococcus gatti sensu lato |
| title_sort |
Ecoepidemiologia de Cryptococcus neoformans sensu lato e Cryptococcus gatti sensu lato |
| author |
Herkert, Patricia Fernanda, 1991- |
| author_facet |
Herkert, Patricia Fernanda, 1991- |
| author_role |
author |
| dc.contributor.other.pt_BR.fl_str_mv |
Vicente, Vânia Aparecida Universidade Federal do Paraná. Setor de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Microbiologia, Parasitologia e Patologia |
| dc.contributor.author.fl_str_mv |
Herkert, Patricia Fernanda, 1991- |
| dc.contributor.advisor1.fl_str_mv |
Telles Filho, Flávio de Queiroz, 1952- |
| contributor_str_mv |
Telles Filho, Flávio de Queiroz, 1952- |
| dc.subject.por.fl_str_mv |
Epidemiologia Microbiologia Parasitologia |
| topic |
Epidemiologia Microbiologia Parasitologia |
| description |
Orientador: Prof. Dr. Flávio de Queiroz-Telles Filho |
| publishDate |
2018 |
| dc.date.accessioned.fl_str_mv |
2018-12-12T17:54:49Z |
| dc.date.available.fl_str_mv |
2018-12-12T17:54:49Z |
| dc.date.issued.fl_str_mv |
2018 |
| dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
| dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| format |
doctoralThesis |
| status_str |
publishedVersion |
| dc.identifier.uri.fl_str_mv |
https://hdl.handle.net/1884/57106 |
| url |
https://hdl.handle.net/1884/57106 |
| dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
| language |
por |
| dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
| eu_rights_str_mv |
openAccess |
| dc.format.none.fl_str_mv |
130 p. : il. (algumas color.). application/pdf |
| dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Repositório Institucional da UFPR instname:Universidade Federal do Paraná (UFPR) instacron:UFPR |
| instname_str |
Universidade Federal do Paraná (UFPR) |
| instacron_str |
UFPR |
| institution |
UFPR |
| reponame_str |
Repositório Institucional da UFPR |
| collection |
Repositório Institucional da UFPR |
| bitstream.url.fl_str_mv |
https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/57106/1/R%20-%20T%20-%20PATRICIA%20FERNANDA%20HERKERT.pdf |
| bitstream.checksum.fl_str_mv |
efa00fe2628e9529f1e2a1f773388604 |
| bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 |
| repository.name.fl_str_mv |
Repositório Institucional da UFPR - Universidade Federal do Paraná (UFPR) |
| repository.mail.fl_str_mv |
|
| _version_ |
1813898798467907584 |