Identificação e caracterização molecular de perfis de virulência de Salmonella sp. obtidas a partir de águas superficiais de regiões agrícolas do Rio de Janeiro

• Autor(a) principal: Moura, Vinicius de Carvalho
• Data de Publicação: 2023
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFRJ
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/11422/20671
• topic: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::MICROBIOLOGIA; CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::IMUNOLOGIA; Salmonella; Virulência; Águas superficiais; Virulence; Surface waters

O gênero Salmonella tem duas espécies S. enterica e S. bongori. A primeira conta com seis subespécies (S. enterica, S. salamae, S. arizonae, S. diarizonae, S. houtenae e S. indica) e mais de 2.600 sorovares; enquanto a segunda apresenta 23 sorovares. O gênero representa microrganismos enteropatogênicos, disseminados por fontes aquáticas, água de consumo e alimentos, em geral, de origem animal, sendo o gênero um importante causador de doenças de transmissão hídrica e alimentar (DTHA). O gênero bacteriano é um risco, também, à economia associada a sistemas de saúde e ao setor agropecuário. O objetivo do presente estudo foi identificar e avaliar a diversidade de isolados de Salmonella sp. obtidas em águas impactadas por atividade agrícola em duas grandes regiões do estado do Rio de Janeiro, Vassouras e São José do Vale do Rio Preto (SJVRP) e pesquisar a ocorrência de genes de virulência nestas mesmas amostras. Um total de 184 isolados, provenientes de 58 amostras de água, obtidas em 57 diferentes pontos de coleta, foram analisados. Para o processamento foram utilizados água peptonada, caldos de enriquecimento seletivo, como Rappaport-Vassiliadis e Tetrationato, meios diferenciais seletivos, como Ágar Salmonella-Shigella (SS) e Ágar Xilose-Lisina Tergitol-4 (XLT4). Foi realizada uma identificação presuntiva pela morfologia das colônias isoladas nos meios e a confirmação de gênero pelo espectrômetro de massas Matrix Assisted Laser Desorption Ionization – Time off Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS). Todos os isolados confirmados como pertencentes ao gênero bacteriano, identificados presuntivamente como não clonais pela técnica de random amplification polymorphic DNA (RAPD), foram enviados para sequenciamento e os genomas analisados in silico. Segundo as análises pelo programa SeqSero2, foram identificados 31 sorovares na coleção de amostras, sendo Typhimurium o mais representado na coleção, com 31 isolados, seguido de Panama com 26 isolados, Newport com 25 e Sandiego e IV 43:z4z24z:-, ambos com 12 isolados. Os demais sorovares foram encontrados variando em número de 1 a 10 isolados. Foram identificados 142 genes de virulência, pelo programa Abricate. Entre eles, 45 foram encontrados em todos os 184 isolados. Análises de filogenia, como multi locus sequence typing (MLST) e single nucleotide polymorphisms (SNPs) de core genoma foram realizadas. O sequence type (ST) de cada isolado foi acessado pela plataforma Enterobase, onde foram identificados 35 STs na coleção de amostras. Dados de filogenia com base em MLST e SNPs de core genoma demonstraram a diversidade da coleção de amostras. Os resultados obtidos nesse estudo são únicos e podem auxiliar a compreensão da filogenia de bactérias do gênero Salmonella e virulência desses microrganismos disseminados em corpos d’água de regiões agrícolas do Rio de Janeiro.