Análise comparativa in sílico de novos peptídeos derivados de proteínas imunodominantes de Toxoplasma gondii, com potencial para serem aplicados como ferramentas para o diagnóstico da toxoplasmose humana

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Betancourt, Angelis Del Valle Benitez
Data de Publicação: 2022
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFU
Texto Completo: https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/36230
http://doi.org/10.14393/ufu.di.2022.406
Resumo: Serological tests for the diagnosis of Toxoplasma gondii infection have limitations in differentiating acute from chronic infection, which is important in determining the clinical management and treatment of pregnant women and immunocompromised individuals with toxoplasmosis. Here, an in silico analysis was performed to characterize immunogenic epitopes of SAG1, SAG2A, GRA1, GRA2, GRA3, GRA5, GRA6, GRA7, MAG1, BSR4, and CCp5A proteins that may emerge as alternatives to improve the diagnosis of toxoplasmosis. Once the protein sequences were retrieved from the Toxodb database, different parameters were calculated including physicochemical characteristics, accessibility values, and antigenicity. Multiple sequence alignment, 3D structure modeling, refinement, and validation were also performed among all 11 peptides. Considering the results from the combination of all parameters analyzed, it can be concluded that the peptides of SAG1, GRA3, and BSR4 proteins were found to be stable, hydrophilic, with significant antigenicity values, and accessibility on the protein surface. Thus, the use of these peptides may suggest alternative measures for the design and standardization of new immunodiagnostic assays for toxoplasmosis.
id UFU_e3831ca0491841eae8eeeb27186f22e4
oai_identifier_str oai:repositorio.ufu.br:123456789/36230
network_acronym_str UFU
network_name_str Repositório Institucional da UFU
repository_id_str
spelling Análise comparativa in sílico de novos peptídeos derivados de proteínas imunodominantes de Toxoplasma gondii, com potencial para serem aplicados como ferramentas para o diagnóstico da toxoplasmose humanaIn silico comparative analysis of novel peptides derived from Toxoplasma gondii immunodominant proteins as potential tools for the diagnosis of human toxoplasmosisToxoplasma gondiitoxoplasmoseanalise in silicopeptídeosepítopos imunodominantesimunodiagnósticotoxoplasmosisimmunodiagnosisin silicopeptide predictionsimmunodominant epitopesImunologiaCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::PARASITOLOGIACNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::IMUNOLOGIA::IMUNOLOGIA APLICADAImunologiaToxoplasma gondiiToxoplasmosePeptídeosSorodiagnósticoSerological tests for the diagnosis of Toxoplasma gondii infection have limitations in differentiating acute from chronic infection, which is important in determining the clinical management and treatment of pregnant women and immunocompromised individuals with toxoplasmosis. Here, an in silico analysis was performed to characterize immunogenic epitopes of SAG1, SAG2A, GRA1, GRA2, GRA3, GRA5, GRA6, GRA7, MAG1, BSR4, and CCp5A proteins that may emerge as alternatives to improve the diagnosis of toxoplasmosis. Once the protein sequences were retrieved from the Toxodb database, different parameters were calculated including physicochemical characteristics, accessibility values, and antigenicity. Multiple sequence alignment, 3D structure modeling, refinement, and validation were also performed among all 11 peptides. Considering the results from the combination of all parameters analyzed, it can be concluded that the peptides of SAG1, GRA3, and BSR4 proteins were found to be stable, hydrophilic, with significant antigenicity values, and accessibility on the protein surface. Thus, the use of these peptides may suggest alternative measures for the design and standardization of new immunodiagnostic assays for toxoplasmosis.Dissertação (Mestrado)Os testes sorológicos para o diagnóstico da infecção por Toxoplasma gondii têm limitações para diferenciar a infecção aguda da infecção crônica, o que é importante para determinar o manejo clínico e o tratamento de mulheres grávidas e indivíduos imunocomprometidos com toxoplasmose. No presente estudo, foram realizadas análises in sílico para caracterizar epítopos imunogênicos das proteínas SAG1, SAG2A, GRA1, GRA2, GRA3, GRA5, GRA6, GRA7, MAG1, BSR4 e CCp5A, as quais podem emergir como novas alternativas para melhorar o diagnóstico da toxoplasmose. Uma vez que as sequências proteicas foram recuperadas do banco de dados Toxodb, diferentes parâmetros foram calculados, incluindo características físico-químicas, valores de acessibilidade e antigenicidade. Alinhamento de sequências múltiplas, modelagem de estrutura 3D, refinamento e validação também foram realizados entre todos os 11 peptídeos. Considerando os resultados obtidos da combinação de todos os parâmetros analisados, pode-se concluir que os peptídeos das proteínas SAG1, GRA3 e BSR4 foram considerados os mais promissores, por serem estáveis, hidrofílicos, com valores significativos de antigenicidade e acessibilidade na superfície da proteína. Portanto, a aplicação destes peptídeos pode ser caracterizada como boas alternativas para a padronização de novos ensaios de imunodiagnóstico para toxoplasmose.Universidade Federal de UberlândiaBrasilPrograma de Pós-graduação em Imunologia e Parasitologia AplicadasMineo, José Robertohttp://lattes.cnpq.br/2006638367304868Santana, Silas Silvahttp://lattes.cnpq.br/2742248161106428Nicolau Junior, Nilsonhttp://lattes.cnpq.br/0821186870496558Betancourt, Angelis Del Valle Benitez2022-10-04T18:26:18Z2022-10-04T18:26:18Z2022-05-27info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfBETANCOURT, Angelis Del Valle Benitez. Análise comparativa in sílico de novos peptídeos derivados de proteínas imunodominantes de Toxoplasma gondii, com potencial para serem aplicados como ferramentas para o diagnóstico da toxoplasmose humana. 2022. 65 f. Dissertação (Mestrado em Imunologia e Parasitologia Aplicadas) - Universidade Federal de Uberlândia, Uberlândia, 2022. DOI: http://doi.org/10.14393/ufu.di.2022.406https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/36230http://doi.org/10.14393/ufu.di.2022.406porhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/us/info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFUinstname:Universidade Federal de Uberlândia (UFU)instacron:UFU2022-10-05T06:29:41Zoai:repositorio.ufu.br:123456789/36230Repositório InstitucionalONGhttp://repositorio.ufu.br/oai/requestdiinf@dirbi.ufu.bropendoar:2022-10-05T06:29:41Repositório Institucional da UFU - Universidade Federal de Uberlândia (UFU)false
dc.title.none.fl_str_mv Análise comparativa in sílico de novos peptídeos derivados de proteínas imunodominantes de Toxoplasma gondii, com potencial para serem aplicados como ferramentas para o diagnóstico da toxoplasmose humana
In silico comparative analysis of novel peptides derived from Toxoplasma gondii immunodominant proteins as potential tools for the diagnosis of human toxoplasmosis
title Análise comparativa in sílico de novos peptídeos derivados de proteínas imunodominantes de Toxoplasma gondii, com potencial para serem aplicados como ferramentas para o diagnóstico da toxoplasmose humana
spellingShingle Análise comparativa in sílico de novos peptídeos derivados de proteínas imunodominantes de Toxoplasma gondii, com potencial para serem aplicados como ferramentas para o diagnóstico da toxoplasmose humana
Betancourt, Angelis Del Valle Benitez
Toxoplasma gondii
toxoplasmose
analise in silico
peptídeos
epítopos imunodominantes
imunodiagnóstico
toxoplasmosis
immunodiagnosis
in silico
peptide predictions
immunodominant epitopes
Imunologia
CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::PARASITOLOGIA
CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::IMUNOLOGIA::IMUNOLOGIA APLICADA
Imunologia
Toxoplasma gondii
Toxoplasmose
Peptídeos
Sorodiagnóstico
title_short Análise comparativa in sílico de novos peptídeos derivados de proteínas imunodominantes de Toxoplasma gondii, com potencial para serem aplicados como ferramentas para o diagnóstico da toxoplasmose humana
title_full Análise comparativa in sílico de novos peptídeos derivados de proteínas imunodominantes de Toxoplasma gondii, com potencial para serem aplicados como ferramentas para o diagnóstico da toxoplasmose humana
title_fullStr Análise comparativa in sílico de novos peptídeos derivados de proteínas imunodominantes de Toxoplasma gondii, com potencial para serem aplicados como ferramentas para o diagnóstico da toxoplasmose humana
title_full_unstemmed Análise comparativa in sílico de novos peptídeos derivados de proteínas imunodominantes de Toxoplasma gondii, com potencial para serem aplicados como ferramentas para o diagnóstico da toxoplasmose humana
title_sort Análise comparativa in sílico de novos peptídeos derivados de proteínas imunodominantes de Toxoplasma gondii, com potencial para serem aplicados como ferramentas para o diagnóstico da toxoplasmose humana
author Betancourt, Angelis Del Valle Benitez
author_facet Betancourt, Angelis Del Valle Benitez
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Mineo, José Roberto
http://lattes.cnpq.br/2006638367304868
Santana, Silas Silva
http://lattes.cnpq.br/2742248161106428
Nicolau Junior, Nilson
http://lattes.cnpq.br/0821186870496558
dc.contributor.author.fl_str_mv Betancourt, Angelis Del Valle Benitez
dc.subject.por.fl_str_mv Toxoplasma gondii
toxoplasmose
analise in silico
peptídeos
epítopos imunodominantes
imunodiagnóstico
toxoplasmosis
immunodiagnosis
in silico
peptide predictions
immunodominant epitopes
Imunologia
CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::PARASITOLOGIA
CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::IMUNOLOGIA::IMUNOLOGIA APLICADA
Imunologia
Toxoplasma gondii
Toxoplasmose
Peptídeos
Sorodiagnóstico
topic Toxoplasma gondii
toxoplasmose
analise in silico
peptídeos
epítopos imunodominantes
imunodiagnóstico
toxoplasmosis
immunodiagnosis
in silico
peptide predictions
immunodominant epitopes
Imunologia
CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::PARASITOLOGIA
CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::IMUNOLOGIA::IMUNOLOGIA APLICADA
Imunologia
Toxoplasma gondii
Toxoplasmose
Peptídeos
Sorodiagnóstico
description Serological tests for the diagnosis of Toxoplasma gondii infection have limitations in differentiating acute from chronic infection, which is important in determining the clinical management and treatment of pregnant women and immunocompromised individuals with toxoplasmosis. Here, an in silico analysis was performed to characterize immunogenic epitopes of SAG1, SAG2A, GRA1, GRA2, GRA3, GRA5, GRA6, GRA7, MAG1, BSR4, and CCp5A proteins that may emerge as alternatives to improve the diagnosis of toxoplasmosis. Once the protein sequences were retrieved from the Toxodb database, different parameters were calculated including physicochemical characteristics, accessibility values, and antigenicity. Multiple sequence alignment, 3D structure modeling, refinement, and validation were also performed among all 11 peptides. Considering the results from the combination of all parameters analyzed, it can be concluded that the peptides of SAG1, GRA3, and BSR4 proteins were found to be stable, hydrophilic, with significant antigenicity values, and accessibility on the protein surface. Thus, the use of these peptides may suggest alternative measures for the design and standardization of new immunodiagnostic assays for toxoplasmosis.
publishDate 2022
dc.date.none.fl_str_mv 2022-10-04T18:26:18Z
2022-10-04T18:26:18Z
2022-05-27
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv BETANCOURT, Angelis Del Valle Benitez. Análise comparativa in sílico de novos peptídeos derivados de proteínas imunodominantes de Toxoplasma gondii, com potencial para serem aplicados como ferramentas para o diagnóstico da toxoplasmose humana. 2022. 65 f. Dissertação (Mestrado em Imunologia e Parasitologia Aplicadas) - Universidade Federal de Uberlândia, Uberlândia, 2022. DOI: http://doi.org/10.14393/ufu.di.2022.406
https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/36230
http://doi.org/10.14393/ufu.di.2022.406
identifier_str_mv BETANCOURT, Angelis Del Valle Benitez. Análise comparativa in sílico de novos peptídeos derivados de proteínas imunodominantes de Toxoplasma gondii, com potencial para serem aplicados como ferramentas para o diagnóstico da toxoplasmose humana. 2022. 65 f. Dissertação (Mestrado em Imunologia e Parasitologia Aplicadas) - Universidade Federal de Uberlândia, Uberlândia, 2022. DOI: http://doi.org/10.14393/ufu.di.2022.406
url https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/36230
http://doi.org/10.14393/ufu.di.2022.406
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/us/
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/us/
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de Uberlândia
Brasil
Programa de Pós-graduação em Imunologia e Parasitologia Aplicadas
publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de Uberlândia
Brasil
Programa de Pós-graduação em Imunologia e Parasitologia Aplicadas
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFU
instname:Universidade Federal de Uberlândia (UFU)
instacron:UFU
instname_str Universidade Federal de Uberlândia (UFU)
instacron_str UFU
institution UFU
reponame_str Repositório Institucional da UFU
collection Repositório Institucional da UFU
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFU - Universidade Federal de Uberlândia (UFU)
repository.mail.fl_str_mv diinf@dirbi.ufu.br
_version_ 1805569695091261440