Análise comparativa in sílico de novos peptídeos derivados de proteínas imunodominantes de Toxoplasma gondii, com potencial para serem aplicados como ferramentas para o diagnóstico da toxoplasmose humana
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Data de Publicação: | 2022 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
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Texto Completo: | https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/36230 http://doi.org/10.14393/ufu.di.2022.406 |
Resumo: | Serological tests for the diagnosis of Toxoplasma gondii infection have limitations in differentiating acute from chronic infection, which is important in determining the clinical management and treatment of pregnant women and immunocompromised individuals with toxoplasmosis. Here, an in silico analysis was performed to characterize immunogenic epitopes of SAG1, SAG2A, GRA1, GRA2, GRA3, GRA5, GRA6, GRA7, MAG1, BSR4, and CCp5A proteins that may emerge as alternatives to improve the diagnosis of toxoplasmosis. Once the protein sequences were retrieved from the Toxodb database, different parameters were calculated including physicochemical characteristics, accessibility values, and antigenicity. Multiple sequence alignment, 3D structure modeling, refinement, and validation were also performed among all 11 peptides. Considering the results from the combination of all parameters analyzed, it can be concluded that the peptides of SAG1, GRA3, and BSR4 proteins were found to be stable, hydrophilic, with significant antigenicity values, and accessibility on the protein surface. Thus, the use of these peptides may suggest alternative measures for the design and standardization of new immunodiagnostic assays for toxoplasmosis. |
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Análise comparativa in sílico de novos peptídeos derivados de proteínas imunodominantes de Toxoplasma gondii, com potencial para serem aplicados como ferramentas para o diagnóstico da toxoplasmose humanaIn silico comparative analysis of novel peptides derived from Toxoplasma gondii immunodominant proteins as potential tools for the diagnosis of human toxoplasmosisToxoplasma gondiitoxoplasmoseanalise in silicopeptídeosepítopos imunodominantesimunodiagnósticotoxoplasmosisimmunodiagnosisin silicopeptide predictionsimmunodominant epitopesImunologiaCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::PARASITOLOGIACNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::IMUNOLOGIA::IMUNOLOGIA APLICADAImunologiaToxoplasma gondiiToxoplasmosePeptídeosSorodiagnósticoSerological tests for the diagnosis of Toxoplasma gondii infection have limitations in differentiating acute from chronic infection, which is important in determining the clinical management and treatment of pregnant women and immunocompromised individuals with toxoplasmosis. Here, an in silico analysis was performed to characterize immunogenic epitopes of SAG1, SAG2A, GRA1, GRA2, GRA3, GRA5, GRA6, GRA7, MAG1, BSR4, and CCp5A proteins that may emerge as alternatives to improve the diagnosis of toxoplasmosis. Once the protein sequences were retrieved from the Toxodb database, different parameters were calculated including physicochemical characteristics, accessibility values, and antigenicity. Multiple sequence alignment, 3D structure modeling, refinement, and validation were also performed among all 11 peptides. Considering the results from the combination of all parameters analyzed, it can be concluded that the peptides of SAG1, GRA3, and BSR4 proteins were found to be stable, hydrophilic, with significant antigenicity values, and accessibility on the protein surface. Thus, the use of these peptides may suggest alternative measures for the design and standardization of new immunodiagnostic assays for toxoplasmosis.Dissertação (Mestrado)Os testes sorológicos para o diagnóstico da infecção por Toxoplasma gondii têm limitações para diferenciar a infecção aguda da infecção crônica, o que é importante para determinar o manejo clínico e o tratamento de mulheres grávidas e indivíduos imunocomprometidos com toxoplasmose. No presente estudo, foram realizadas análises in sílico para caracterizar epítopos imunogênicos das proteínas SAG1, SAG2A, GRA1, GRA2, GRA3, GRA5, GRA6, GRA7, MAG1, BSR4 e CCp5A, as quais podem emergir como novas alternativas para melhorar o diagnóstico da toxoplasmose. Uma vez que as sequências proteicas foram recuperadas do banco de dados Toxodb, diferentes parâmetros foram calculados, incluindo características físico-químicas, valores de acessibilidade e antigenicidade. Alinhamento de sequências múltiplas, modelagem de estrutura 3D, refinamento e validação também foram realizados entre todos os 11 peptídeos. Considerando os resultados obtidos da combinação de todos os parâmetros analisados, pode-se concluir que os peptídeos das proteínas SAG1, GRA3 e BSR4 foram considerados os mais promissores, por serem estáveis, hidrofílicos, com valores significativos de antigenicidade e acessibilidade na superfície da proteína. Portanto, a aplicação destes peptídeos pode ser caracterizada como boas alternativas para a padronização de novos ensaios de imunodiagnóstico para toxoplasmose.Universidade Federal de UberlândiaBrasilPrograma de Pós-graduação em Imunologia e Parasitologia AplicadasMineo, José Robertohttp://lattes.cnpq.br/2006638367304868Santana, Silas Silvahttp://lattes.cnpq.br/2742248161106428Nicolau Junior, Nilsonhttp://lattes.cnpq.br/0821186870496558Betancourt, Angelis Del Valle Benitez2022-10-04T18:26:18Z2022-10-04T18:26:18Z2022-05-27info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfBETANCOURT, Angelis Del Valle Benitez. Análise comparativa in sílico de novos peptídeos derivados de proteínas imunodominantes de Toxoplasma gondii, com potencial para serem aplicados como ferramentas para o diagnóstico da toxoplasmose humana. 2022. 65 f. Dissertação (Mestrado em Imunologia e Parasitologia Aplicadas) - Universidade Federal de Uberlândia, Uberlândia, 2022. DOI: http://doi.org/10.14393/ufu.di.2022.406https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/36230http://doi.org/10.14393/ufu.di.2022.406porhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/us/info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFUinstname:Universidade Federal de Uberlândia (UFU)instacron:UFU2022-10-05T06:29:41Zoai:repositorio.ufu.br:123456789/36230Repositório InstitucionalONGhttp://repositorio.ufu.br/oai/requestdiinf@dirbi.ufu.bropendoar:2022-10-05T06:29:41Repositório Institucional da UFU - Universidade Federal de Uberlândia (UFU)false |
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