Metagenômica de vírus presentes em rúmen de bovinos leiteiros

• Autor(a) principal: Souza, Flávia de Oliveira
• Data de Publicação: 2015
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: LOCUS Repositório Institucional da UFV
• Texto Completo: http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/10057
• topic: Rúmen - Microbiolgia; Bacteriófagos - Genética; Ciências Agrárias

A microbiota do rúmen bovino é complexa, incluindo organismos dos três domínios da vida, potencial hospedeiros de vários vírus. A população viral do rúmen desempenha um papel importante na manutenção do equilíbrio da população bacteriana e na transferência horizontal de genes. Além disso, bacteriófagos pode ser usada como uma possível estratégia para a mitigação de metano. Isso requer a identificação de espécies de bacteriófagos que infectam a principal Archaea produtora de metano no rúmen. O objetivo deste estudo foi caracterizar o viroma do rúmen de bovinos leiteiros da Universidade Federal de Viçosa usando uma abordagem metagenômica. Para acessa a diversidade viral,nós sequenciamos (Illumina HiSeq2000) partículas vírus-like do líquido de rúmen de dois bovinos leiteiros (amostras 08 e 11). Cada bibliotaca continha cerca de 49 milhões de sequências em pares. De novo assembly gerou 294.757 contigs para a amostra 08 e 193.262 para a amostra 11. Apenas 2% das sequências a partir de cada uma das duas amostras pode ser identificado através da comparação dos contigs com o banco de dados viral RefSeq, do NCBI. As famílias virais mais abundantes foram Siphoviridae, Myoviridae e Podoviridae. Para determinar se o alto número de contigs sem identificação eram possíveis sequências virais, alguns contigs das duas amostras que não mostraram nenhuma identidade com sequências depositadas no banco de dados foram escolhidos aleatoriamente e as ORF’s presentes nesses contigs foram identificadas usando a ferramenta ORFinder. Similaridade com proteínas virais conhecidas, foram detectadas em todas os contigs, sugerindo que a diversidade viral no rúmen é em grande parte desconhecida. Mesmo com o recente avanço nas tecnologias modernas de sequenciamento pouco se avançou no sentido de elucidar a verdadeira importância dos bacteriófagos no funcionamento do ecossistema ruminal, com muitas sequências permanecendo desconhecidas. Palavras-chaves: Metagenômica, rúmen, bacteriófagos