Automation tool for taxonomic classification in the family Geminiviridae

• Autor(a) principal: Gomes, Ruither Arthur Loch
• Data de Publicação: 2018
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: eng
• Título da fonte: LOCUS Repositório Institucional da UFV
• Texto Completo: http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/25202
• topic: Begomovírus - Identificação; Micro-organismos patogênicos; Vírus - Classificação; Bioinformática; Fitopatologia

Os microrganismos patogênicos são a causa de diversos problemas para a humanidade. Sua classificação é um importante passo para o entendimento e combate às doenças por eles causadas. Diversas tecnologias foram criadas para facilitar a classificação, e com o surgimento das tecnologias de sequenciamento de alto rendimento, esse trabalho foi imensamente acelerado. Entretanto isso gerou outro problema, pois volumes extremamente grandes de informação de sequências genéticas passaram a ser gerados, tornando a análise das sequências um processo que demanda muito tempo. No caso da família Geminiviridae, esse problema é somado à grande quantidade de novas sequências que são depositadas periodicamente nos bancos de dados públicos. Esses vírus são responsáveis por grandes perdas na produção de diversas de culturas de grande importância econômica em todo o mundo, o que leva à constante descoberta de novos geminivírus. Apesar de existirem diversas formas de classificar os microrganismos, a utilização da porcentagem de identidade obtida do alinhamento entre os indivíduos vem sendo cada dia mais aplicada. No caso de vírus com genoma pequeno, a utilização da identidade obtida de alinhamentos par-a-par já é aplicada há décadas, de modo que diversos algoritmos já foram criados para realizar essa tarefa. Entretanto nenhum dos algoritmos desenvolvidos até o presente realizam a classificação taxonômica dos vírus, deixando para o pesquisador o trabalho de realizar a classificação, vírus por vírus. Neste trabalho apresenta-se uma ferramenta que realiza a classificação de vírus da família Geminiviridae. A ferramenta é capaz de adquirir as sequências à medida que são adicionadas nos bancos de dados públicos, ou de recebê- las diretamente do usuário. Em seguida, filtra as sequencias adicionadas a fim de eliminar aquelas correspondentes a vírus já classificados, e analisa as restantes com base nas porcentagens de identidade obtidas do pareamento com os vírus já classificados. A ferramenta também atualiza os valores de limites de demarcação taxonômica utilizados para classificar esses vírus aos níveis de espécie e estirpe. Utilizando essa ferramenta foi possível analisar todos os vírus adicionados nos bancos de dados desde janeiro de 2017 até julho de 2018. Um total de 27 novas espécies foram identificadas. Sugere-se também atualizações nos limites de demarcação de espécies e estirpes para os gêneros Becurtovirus, Capulavirus, Curtovirus, Grablovirus e Mastrevirus.