Estudos de transcriptomas por RNA-seq em tecidos de cabeça e glândula salivar de três espécies de "Mepraia" (Hemiptera, Reduviidae, Triatominae)

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Belintani, Tiago, 1986-
Data de Publicação: 2022
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/12165
Resumo: Orientador: João Aristeu da Rosa
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spelling Estudos de transcriptomas por RNA-seq em tecidos de cabeça e glândula salivar de três espécies de "Mepraia" (Hemiptera, Reduviidae, Triatominae)Study of transcriptomes by RNA-seq in head tissues and salivary glands of three species of "Mepraia" (Hemiptera, Reduviidae, Triatominae)TranscriptomaFilogeniaPolimorfismo de nucleotídeo únicoRNA-seqDNA mitocondrialTranscriptomePhylogenySingle nucleotide polymorphismRNA-seqDNA, MitochondrialOrientador: João Aristeu da RosaTese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: A doença de Chagas é uma antropozoonose negligenciada causada pelo protozoário Trypanosoma cruzi. A principal forma de transmissão é o contato com fezes ou urina de insetos hematófagos da subfamília Triatominae. A subfamília conta com 157 espécies incluidas em 18 gêneros, entre os quais Panstrongylus, Rhodnius e Triatoma que abrigam as espécies mais importantes quanto à transmissão de T. cruzi ao homem. Porém, o gênero Mepraia que conta com M. gajardoi, M. parapatrica e M. spinolai tem um destaque especial pois todas as três espécies têm ocorrências registradas somente para o Chile onde participam da dinâmica de transmissão da doença de Chagas. Este estudo propõe investigar as diferenças genéticas interespecíficas de M. gajardoi, M. parapatrica e M. spinolai por meio de sequenciamento de larga escala, RNA-Seq. Por essa técnica foram obtidas 18 bibliotecas de RNA total de cabeças e glândulas salivares de ninfas machos de quinto estádio de M. gajardoi, M. parapatrica e M. spinolai. As bibliotecas foram utilizadas para montar 18 transcriptomas que tiveram seu perfil caracterizado. Além disso, a partir de transcriptoma comparativo foi possível determinar as características transcricionais de M. gajardoi, M. parapatrica e M. spinolai. Foram estimadas as taxas de divergências genéticas a partir de um conjunto de SNPs. Os SNPs foram utilizados para traçar as relações interespecíficas por meio de estimativas de árvores de espécies. A partir dos dados brutos do sequenciamento foram montados doze genomas mitocondriais por estratégia de referencia "isca". Os mitogenomas obtidos foram anotados, caracterizados e utilizados na reconstrução filogenética. Os mitogenomas forneceram filogenias coerentes com as disponíveis na literatura. Genes ortólogos foram descritos e utilizados para estimar a filogenia com as especies do estudo. As filogenias estimadas por meio de máxima verossimilhança e inferência bayesiana recuperam resultados com suporte elevado e permitiram delimitar as relações filogenéticas interespecíficas e intraespecíficas de Mepraia. A partir de dados de larga escala foi possível caracterizar transcriptoma de cabeças e glândulas salivares de ninfas de quinto estádio de Mepraia. Além da descrição completa do perfil transcricional foi possível determinar com clareza as relações evolutivas de Mepraia. Mepraia spinolai provavelmente é a espécie ancestral e M. gajardoi e M. parapatrica são recentes e mais relacionados filogeneticamenteAbstract: Chagas disease is a neglected anthropozoonosis caused by the protozoan Trypanosoma cruzi. The main form of transmission is contact with feces or urine of hematophagous insects of the subfamily Triatominae. he main form of transmission is contact with feces or urine of hematophagous insects of the subfamily Triatominae. The subfamily has 157 species included in 18 genera, including Panstrongylus, Rhodnius and Triatoma, which harbor the most important species in terms of transmission of T. cruzi to humans. However, the genus Mepraia, which includes M. gajardoi, M. parapatrica and M. spinolai, has a special prominence because all three species have occurrences recorded only for Chile where they participate in the dynamics of Chagas disease. This study proposes to investigate the interspecific genetic differences of M. gajardoi, M. parapatrica and M. spinolai through large-scale RNA-Seq. By this technique, 18 libraries of total RNA from heads and salivary glands of fifth-stage male nymphs of M. gajardoi, M. parapatrica and M. spinolai were obtained. The libraries were used to assemble 18 transcriptomes that had their profile characterized. Furthermore, from a comparative transcriptome it was possible to determine the transactional characteristics of M. gajardoi, M. parapatrica and M. spinolai. Genetic divergence rates from SNP were described and determined. SNP were used to trace interspecific relationships by estimating species trees. Twelve mitochondrial genomes were assembled from the raw sequencing data using a "bait" reference strategy. The mitogenomes obtained were annotated, characterized, and used in the phylogenetic reconstruction. The mitogenomes obtained are consistent with other species of Triatominae, as well as animals. Mitogenomes provided phylogenies consistent with those available in the literature. The orthologous genes were determined and a phylogenomic study was performed with the sequences obtained. The phylogenies estimated through maximum likelihood and Bayesian inference retrieve results with high support and allowed to delimit the interspecific and intraspecific phylogenetic relationships of Mepraia. The results of this study show that from large-scale data it was possible to characterize transcriptome of heads and salivary glands of fifth instar Mepraia nymphs. In addition to the complete description of the transcriptional profile, it was possible to clearly determine the evolutionary relationships of Mepraia. Mepraia spinolai is probably the ancestral species and M. gajardoi and M. parapatrica are closely related. A massive amount of qualitative data with pharmacological potential is available that can also expand the understanding of Triatominae physiologyDoutoradoRelações Antrópicas, Meio Ambiente e ParasitologiaDoutor em Biologia AnimalCAPES001FAPESP2017/06460-4[s.n.]Rosa, João AristeuAlmeida, Carlos EduardoCongrains Castillo, CarlosMiguel, Danilo CicconeChahad-Ehlers, SamiraUniversidade Estadual de Campinas. Instituto de BiologiaPrograma de Pós-Graduação em Biologia AnimalUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASBelintani, Tiago, 1986-20222022-06-10T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdf1 recurso online (118 p.) : il., digital, arquivo PDF.https://hdl.handle.net/20.500.12733/12165BELINTANI, Tiago. Estudos de transcriptomas por RNA-seq em tecidos de cabeça e glândula salivar de três espécies de "Mepraia" (Hemiptera, Reduviidae, Triatominae). 2022. 1 recurso online (118 p.) Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/12165. Acesso em: 15 mai. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/1346803porreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2023-09-04T16:42:05Zoai::1346803Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2023-09-04T16:42:05Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
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