Production of DNA microarray and expression analysis of genes from Xylella fastidiosa in different culture media
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2009 |
Outros Autores: | , , , |
Tipo de documento: | Artigo |
Idioma: | eng |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UNESP |
Texto Completo: | http://dx.doi.org/10.1590/S1516-89132009000300006 http://hdl.handle.net/11449/26565 |
Resumo: | DNA Microarray foi desenvolvida para monitorar a expressão de muitos genes de Xylella fastidiosa, permitindo a comparação de duas situações distintas em um único experimento. Os experimentos foram feitos utilizando células de X. fastidiosa cultivada em dois meios de cultura: BCYE e XDM2. Pares de oligonucleotídeos iniciadores foram sintetizados, depositados em lâminas de vidro e o arranjo foi hibridizado contra cDNAs marcados fluorescentemente. Os sinais emitidos foram quantificados, normalizados e os dados foram estatisticamente analisados para verificar os genes diferencialmente expressos. de acordo com nossos dados, 104 genes foram diferencialmente expressos para o meio de cultura XDM2 e 30 genes para o BCYE. No presente estudo, nós demonstramos que a técnica de DNA microarrays eficientemente diferencia genes expressos sob diferentes condições de cultivo. |
id |
UNSP_91aa1310453fb7152dcd9240fd028b9e |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:repositorio.unesp.br:11449/26565 |
network_acronym_str |
UNSP |
network_name_str |
Repositório Institucional da UNESP |
repository_id_str |
2946 |
spelling |
Production of DNA microarray and expression analysis of genes from Xylella fastidiosa in different culture mediaDNA microarrayXylella fastidiosaexpressionTranscriptomeDNA Microarray foi desenvolvida para monitorar a expressão de muitos genes de Xylella fastidiosa, permitindo a comparação de duas situações distintas em um único experimento. Os experimentos foram feitos utilizando células de X. fastidiosa cultivada em dois meios de cultura: BCYE e XDM2. Pares de oligonucleotídeos iniciadores foram sintetizados, depositados em lâminas de vidro e o arranjo foi hibridizado contra cDNAs marcados fluorescentemente. Os sinais emitidos foram quantificados, normalizados e os dados foram estatisticamente analisados para verificar os genes diferencialmente expressos. de acordo com nossos dados, 104 genes foram diferencialmente expressos para o meio de cultura XDM2 e 30 genes para o BCYE. No presente estudo, nós demonstramos que a técnica de DNA microarrays eficientemente diferencia genes expressos sob diferentes condições de cultivo.DNA Microarray was developed to monitor the expression of many genes from Xylella fastidiosa, allowing the side by-side comparison of two situations in a single experiment. The experiments were performed using X. fastidiosa cells grown in two culture media: BCYE and XDM2. The primers were synthesized, spotted onto glass slides and the array was hybridized against fluorescently labeled cDNAs. The emitted signals were quantified, normalized and the data were statistically analyzed to verify the differentially expressed genes. According to the data, 104 genes were differentially expressed in XDM2 and 30 genes in BCYE media. The present study showed that DNA microarray technique efficiently differentiate the expressed genes under different conditions.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Universidade Estadual Paulista Departamento de TecnologiaUniversidade de São Paulo Instituto de Química de São CarlosUniversidade Estadual Paulista Departamento de TecnologiaFAPESP: 00/06289-2Brazilian Archives of Biology and TechnologyUniversidade Estadual Paulista (Unesp)Universidade de São Paulo (USP)Travensolo, Regiane de Fátima [UNESP]Costa, Maria Vitória Cecchette Gottardi [UNESP]Carareto-Alves, Lucia Maria [UNESP]Carrilho, EmanuelLemos, Eliana Gertrudes de Macedo [UNESP]2014-05-20T15:07:33Z2014-05-20T15:07:33Z2009-06-01info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/article555-566application/pdfhttp://dx.doi.org/10.1590/S1516-89132009000300006Brazilian Archives of Biology and Technology. Brazilian Archives of Biology and Technology, v. 52, n. 3, p. 555-566, 2009.1516-8913http://hdl.handle.net/11449/2656510.1590/S1516-89132009000300006S1516-89132009000300006WOS:000268580700006S1516-89132009000300006.pdfSciELOreponame:Repositório Institucional da UNESPinstname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)instacron:UNESPengBrazilian Archives of Biology and Technology0.6760,281info:eu-repo/semantics/openAccess2024-06-07T15:31:59Zoai:repositorio.unesp.br:11449/26565Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.unesp.br/oai/requestrepositoriounesp@unesp.bropendoar:29462024-06-07T15:31:59Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)false |
dc.title.none.fl_str_mv |
Production of DNA microarray and expression analysis of genes from Xylella fastidiosa in different culture media |
title |
Production of DNA microarray and expression analysis of genes from Xylella fastidiosa in different culture media |
spellingShingle |
Production of DNA microarray and expression analysis of genes from Xylella fastidiosa in different culture media Travensolo, Regiane de Fátima [UNESP] DNA microarray Xylella fastidiosa expression Transcriptome |
title_short |
Production of DNA microarray and expression analysis of genes from Xylella fastidiosa in different culture media |
title_full |
Production of DNA microarray and expression analysis of genes from Xylella fastidiosa in different culture media |
title_fullStr |
Production of DNA microarray and expression analysis of genes from Xylella fastidiosa in different culture media |
title_full_unstemmed |
Production of DNA microarray and expression analysis of genes from Xylella fastidiosa in different culture media |
title_sort |
Production of DNA microarray and expression analysis of genes from Xylella fastidiosa in different culture media |
author |
Travensolo, Regiane de Fátima [UNESP] |
author_facet |
Travensolo, Regiane de Fátima [UNESP] Costa, Maria Vitória Cecchette Gottardi [UNESP] Carareto-Alves, Lucia Maria [UNESP] Carrilho, Emanuel Lemos, Eliana Gertrudes de Macedo [UNESP] |
author_role |
author |
author2 |
Costa, Maria Vitória Cecchette Gottardi [UNESP] Carareto-Alves, Lucia Maria [UNESP] Carrilho, Emanuel Lemos, Eliana Gertrudes de Macedo [UNESP] |
author2_role |
author author author author |
dc.contributor.none.fl_str_mv |
Universidade Estadual Paulista (Unesp) Universidade de São Paulo (USP) |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Travensolo, Regiane de Fátima [UNESP] Costa, Maria Vitória Cecchette Gottardi [UNESP] Carareto-Alves, Lucia Maria [UNESP] Carrilho, Emanuel Lemos, Eliana Gertrudes de Macedo [UNESP] |
dc.subject.por.fl_str_mv |
DNA microarray Xylella fastidiosa expression Transcriptome |
topic |
DNA microarray Xylella fastidiosa expression Transcriptome |
description |
DNA Microarray foi desenvolvida para monitorar a expressão de muitos genes de Xylella fastidiosa, permitindo a comparação de duas situações distintas em um único experimento. Os experimentos foram feitos utilizando células de X. fastidiosa cultivada em dois meios de cultura: BCYE e XDM2. Pares de oligonucleotídeos iniciadores foram sintetizados, depositados em lâminas de vidro e o arranjo foi hibridizado contra cDNAs marcados fluorescentemente. Os sinais emitidos foram quantificados, normalizados e os dados foram estatisticamente analisados para verificar os genes diferencialmente expressos. de acordo com nossos dados, 104 genes foram diferencialmente expressos para o meio de cultura XDM2 e 30 genes para o BCYE. No presente estudo, nós demonstramos que a técnica de DNA microarrays eficientemente diferencia genes expressos sob diferentes condições de cultivo. |
publishDate |
2009 |
dc.date.none.fl_str_mv |
2009-06-01 2014-05-20T15:07:33Z 2014-05-20T15:07:33Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/article |
format |
article |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
http://dx.doi.org/10.1590/S1516-89132009000300006 Brazilian Archives of Biology and Technology. Brazilian Archives of Biology and Technology, v. 52, n. 3, p. 555-566, 2009. 1516-8913 http://hdl.handle.net/11449/26565 10.1590/S1516-89132009000300006 S1516-89132009000300006 WOS:000268580700006 S1516-89132009000300006.pdf |
url |
http://dx.doi.org/10.1590/S1516-89132009000300006 http://hdl.handle.net/11449/26565 |
identifier_str_mv |
Brazilian Archives of Biology and Technology. Brazilian Archives of Biology and Technology, v. 52, n. 3, p. 555-566, 2009. 1516-8913 10.1590/S1516-89132009000300006 S1516-89132009000300006 WOS:000268580700006 S1516-89132009000300006.pdf |
dc.language.iso.fl_str_mv |
eng |
language |
eng |
dc.relation.none.fl_str_mv |
Brazilian Archives of Biology and Technology 0.676 0,281 |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
555-566 application/pdf |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Brazilian Archives of Biology and Technology |
publisher.none.fl_str_mv |
Brazilian Archives of Biology and Technology |
dc.source.none.fl_str_mv |
SciELO reponame:Repositório Institucional da UNESP instname:Universidade Estadual Paulista (UNESP) instacron:UNESP |
instname_str |
Universidade Estadual Paulista (UNESP) |
instacron_str |
UNESP |
institution |
UNESP |
reponame_str |
Repositório Institucional da UNESP |
collection |
Repositório Institucional da UNESP |
repository.name.fl_str_mv |
Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP) |
repository.mail.fl_str_mv |
repositoriounesp@unesp.br |
_version_ |
1826304042789240832 |