Avaliação do desequilíbrio de ligação e da origem genética em duplo-haplóides de milho

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Barbosa, Mauricio Pires Machado [UNESP]
Data de Publicação: 2009
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UNESP
Texto Completo: http://hdl.handle.net/11449/102828
Resumo: Estudos de associação baseados em desequilíbrio de ligação (DL) são importantes ferramentas para construção de mapas de ligação e utilização em programas de melhoramento assistidos por marcadores. Em geral, são utilizadas populações segregantes ou linhagens isogênicas para composição destes programas. Com o objetivo de comparar o desequilíbrio de ligação em linhagens duplo-haplóides (DH) e linhagens obtidas por meio de autofecundação, duzentas e quarenta e cinco linhagens – cento e setenta e cinco convencionais e setenta DHs – foram submetidas à análise de marcadores do tipo Single Nucleotide Polymorphism (SNP), utilizando-se mil duzentos e trinta e quatro marcadores distribuídos pelos dez cromossomos. O resultado da regressão entre as distâncias mostrou um R2 de 0,6546 para linhagens duplo-haplóides e uma equação de tendência logarítmica, sendo y= -0,024ln(x) + 0,159. Para as linhagens convencionais, o R2 foi de 0,5727, com a equação que explica a tendência, sendo y = -0,008ln(x) + 0,0659. Os dados de DL foram analisados individualmente, por cromossomo; e, assim como na análise conjunta, individualmente, todos os cromossomos tiveram o mesmo comportamento quando se comparam o DL de linhagens DH e os convencionais, sendo que os valores de DL nas linhagens DH foram em geral mais altos que nas convencionais. Os resultados indicam que, para a obtenção de linhagens DH, a recombinação ocorre em blocos maiores quando comparado com as linhagens convencionais.
id UNSP_b5271269ac354b5c8d4e18d3898b5d28
oai_identifier_str oai:repositorio.unesp.br:11449/102828
network_acronym_str UNSP
network_name_str Repositório Institucional da UNESP
repository_id_str 2946
spelling Avaliação do desequilíbrio de ligação e da origem genética em duplo-haplóides de milhoMilho - CultivoDesequilíbrio de ligaçãoProdução de linhagensMarcadores molecularesDoubled haploid linesLinkage disequilibriumInbred line productionMolecular markesEstudos de associação baseados em desequilíbrio de ligação (DL) são importantes ferramentas para construção de mapas de ligação e utilização em programas de melhoramento assistidos por marcadores. Em geral, são utilizadas populações segregantes ou linhagens isogênicas para composição destes programas. Com o objetivo de comparar o desequilíbrio de ligação em linhagens duplo-haplóides (DH) e linhagens obtidas por meio de autofecundação, duzentas e quarenta e cinco linhagens – cento e setenta e cinco convencionais e setenta DHs – foram submetidas à análise de marcadores do tipo Single Nucleotide Polymorphism (SNP), utilizando-se mil duzentos e trinta e quatro marcadores distribuídos pelos dez cromossomos. O resultado da regressão entre as distâncias mostrou um R2 de 0,6546 para linhagens duplo-haplóides e uma equação de tendência logarítmica, sendo y= -0,024ln(x) + 0,159. Para as linhagens convencionais, o R2 foi de 0,5727, com a equação que explica a tendência, sendo y = -0,008ln(x) + 0,0659. Os dados de DL foram analisados individualmente, por cromossomo; e, assim como na análise conjunta, individualmente, todos os cromossomos tiveram o mesmo comportamento quando se comparam o DL de linhagens DH e os convencionais, sendo que os valores de DL nas linhagens DH foram em geral mais altos que nas convencionais. Os resultados indicam que, para a obtenção de linhagens DH, a recombinação ocorre em blocos maiores quando comparado com as linhagens convencionais.Association studies based on linkage disequilibrium (LD) are important tools for linkage maps construction and to use in marker-assisted breeding programs. Typically, segregating populations or isogenic lines are used to compose them. With objective of compare the linkage disequilibrium on double haploid lines (DH) and lines obtained by self pollination (Conventional), two hundred and forty five inbred lines, where one hundred seventy five conventional and seventy DHs where submitted to the analysis of Single Nucleotide Polymorphism (SNP) molecular markers, using one thousand two hundred and thirty four markers random distributed over the ten chromosomes. The regression output among the distances showed R2 of 0.6546 for double haploids lines and one logarithmic trend equation, being y = -0.024ln(x) + 0.159 For conventional lines, R2 was 0.5727, with an equation that explains the trend, being y = -0.008ln(x) + 0.0659. LD data were analyzed by chromosomes individually and as such in the joint analysis, all individual chromosomes showed the same patternr when comparing the LD of DH lines versus conventional lines, being the LD of DH lines generally higher that the conventional lines. Results show that to obtain DH lines the recombination occurs in larger blocks when compared against the conventional lines.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)Universidade Estadual Paulista (Unesp)Moro, José Roberto [UNESP]Silva, Heyder Diniz [UNESP]Universidade Estadual Paulista (Unesp)Barbosa, Mauricio Pires Machado [UNESP]2014-06-11T19:32:16Z2014-06-11T19:32:16Z2009-07-07info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisii, 55 f. : il.application/pdfBARBOSA, Mauricio Pires Machado. Avaliação do desequilíbrio de ligação e da origem genética em duplo-haplóides de milho. 2009. ii, 55 f. Tese (doutorado) - Universidade Estadual Paulista, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, 2009.http://hdl.handle.net/11449/102828000613054barbosa_mpm_dr_jabo.pdf33004102029P6Alephreponame:Repositório Institucional da UNESPinstname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)instacron:UNESPporinfo:eu-repo/semantics/openAccess2024-06-05T15:00:20Zoai:repositorio.unesp.br:11449/102828Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.unesp.br/oai/requestopendoar:29462024-08-05T23:05:29.042875Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)false
dc.title.none.fl_str_mv Avaliação do desequilíbrio de ligação e da origem genética em duplo-haplóides de milho
title Avaliação do desequilíbrio de ligação e da origem genética em duplo-haplóides de milho
spellingShingle Avaliação do desequilíbrio de ligação e da origem genética em duplo-haplóides de milho
Barbosa, Mauricio Pires Machado [UNESP]
Milho - Cultivo
Desequilíbrio de ligação
Produção de linhagens
Marcadores moleculares
Doubled haploid lines
Linkage disequilibrium
Inbred line production
Molecular markes
title_short Avaliação do desequilíbrio de ligação e da origem genética em duplo-haplóides de milho
title_full Avaliação do desequilíbrio de ligação e da origem genética em duplo-haplóides de milho
title_fullStr Avaliação do desequilíbrio de ligação e da origem genética em duplo-haplóides de milho
title_full_unstemmed Avaliação do desequilíbrio de ligação e da origem genética em duplo-haplóides de milho
title_sort Avaliação do desequilíbrio de ligação e da origem genética em duplo-haplóides de milho
author Barbosa, Mauricio Pires Machado [UNESP]
author_facet Barbosa, Mauricio Pires Machado [UNESP]
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Moro, José Roberto [UNESP]
Silva, Heyder Diniz [UNESP]
Universidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.contributor.author.fl_str_mv Barbosa, Mauricio Pires Machado [UNESP]
dc.subject.por.fl_str_mv Milho - Cultivo
Desequilíbrio de ligação
Produção de linhagens
Marcadores moleculares
Doubled haploid lines
Linkage disequilibrium
Inbred line production
Molecular markes
topic Milho - Cultivo
Desequilíbrio de ligação
Produção de linhagens
Marcadores moleculares
Doubled haploid lines
Linkage disequilibrium
Inbred line production
Molecular markes
description Estudos de associação baseados em desequilíbrio de ligação (DL) são importantes ferramentas para construção de mapas de ligação e utilização em programas de melhoramento assistidos por marcadores. Em geral, são utilizadas populações segregantes ou linhagens isogênicas para composição destes programas. Com o objetivo de comparar o desequilíbrio de ligação em linhagens duplo-haplóides (DH) e linhagens obtidas por meio de autofecundação, duzentas e quarenta e cinco linhagens – cento e setenta e cinco convencionais e setenta DHs – foram submetidas à análise de marcadores do tipo Single Nucleotide Polymorphism (SNP), utilizando-se mil duzentos e trinta e quatro marcadores distribuídos pelos dez cromossomos. O resultado da regressão entre as distâncias mostrou um R2 de 0,6546 para linhagens duplo-haplóides e uma equação de tendência logarítmica, sendo y= -0,024ln(x) + 0,159. Para as linhagens convencionais, o R2 foi de 0,5727, com a equação que explica a tendência, sendo y = -0,008ln(x) + 0,0659. Os dados de DL foram analisados individualmente, por cromossomo; e, assim como na análise conjunta, individualmente, todos os cromossomos tiveram o mesmo comportamento quando se comparam o DL de linhagens DH e os convencionais, sendo que os valores de DL nas linhagens DH foram em geral mais altos que nas convencionais. Os resultados indicam que, para a obtenção de linhagens DH, a recombinação ocorre em blocos maiores quando comparado com as linhagens convencionais.
publishDate 2009
dc.date.none.fl_str_mv 2009-07-07
2014-06-11T19:32:16Z
2014-06-11T19:32:16Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv BARBOSA, Mauricio Pires Machado. Avaliação do desequilíbrio de ligação e da origem genética em duplo-haplóides de milho. 2009. ii, 55 f. Tese (doutorado) - Universidade Estadual Paulista, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, 2009.
http://hdl.handle.net/11449/102828
000613054
barbosa_mpm_dr_jabo.pdf
33004102029P6
identifier_str_mv BARBOSA, Mauricio Pires Machado. Avaliação do desequilíbrio de ligação e da origem genética em duplo-haplóides de milho. 2009. ii, 55 f. Tese (doutorado) - Universidade Estadual Paulista, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, 2009.
000613054
barbosa_mpm_dr_jabo.pdf
33004102029P6
url http://hdl.handle.net/11449/102828
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv ii, 55 f. : il.
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade Estadual Paulista (Unesp)
publisher.none.fl_str_mv Universidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.source.none.fl_str_mv Aleph
reponame:Repositório Institucional da UNESP
instname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)
instacron:UNESP
instname_str Universidade Estadual Paulista (UNESP)
instacron_str UNESP
institution UNESP
reponame_str Repositório Institucional da UNESP
collection Repositório Institucional da UNESP
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1808129489353310208