Bacterial diversity of soil under eucalyptus assessed by 16S rDNA sequencing analysis
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| Data de Publicação: | 2006 |
| Outros Autores: | , , , , , , |
| Tipo de documento: | Artigo |
| Idioma: | eng |
| Título da fonte: | Repositório Institucional da UNESP |
| Texto Completo: | http://dx.doi.org/10.1590/S0100-204X2006001000008 http://hdl.handle.net/11449/27389 |
Resumo: | Estudos sobre impacto do Eucalyptus spp. em solos brasileiros têm focalizado propriedades químicas do solo e isolamento de microrganismos de interesse. No Brasil há pouco enfoque em ecologia e diversidade microbiana, devido às limitações dos métodos tradicionais de cultivo e isolamento. A utilização de métodos moleculares no estudo da ecologia microbiana baseados na amplificação por PCR do 16S rDNA têm enriquecido o conhecimento da biodiversidade microbiana dos solos. O objetivo deste trabalho foi comparar e estimar a diversidade bacteriana de comunidades simpátricas em solos de duas áreas: uma floresta nativa (NFA) e outra adjacente com arboreto de eucaliptos (EAA). Oligonucleotídeos iniciadores foram utilizados para amplificar o 16S rDNA metagenômico do solo, o qual foi clonado usando pGEM-T e seqüenciado para determinar a diversidade bacteriana. Foram analisados 134 clones do solo NFA e 116 clones do solo EAA. As seqüências foram comparadas às depositadas no GenBank. Análises filogenéticas revelaram diferenças entre os tipos de solos e alta diversidade em ambas comunidades. No solo de arboreto de Eucalyptus spp. foi encontrada maior diversidade bacteriana em comparação com o solo da área de floresta nativa. |
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Bacterial diversity of soil under eucalyptus assessed by 16S rDNA sequencing analysisDiversidade bacteriana de solo sob eucaliptos obtida por seqüenciamento do 16S rDNAGenetic diversitymetagenomicmicrobial communitiesDiversidade genéticametagenômicacomunidades microbianasEstudos sobre impacto do Eucalyptus spp. em solos brasileiros têm focalizado propriedades químicas do solo e isolamento de microrganismos de interesse. No Brasil há pouco enfoque em ecologia e diversidade microbiana, devido às limitações dos métodos tradicionais de cultivo e isolamento. A utilização de métodos moleculares no estudo da ecologia microbiana baseados na amplificação por PCR do 16S rDNA têm enriquecido o conhecimento da biodiversidade microbiana dos solos. O objetivo deste trabalho foi comparar e estimar a diversidade bacteriana de comunidades simpátricas em solos de duas áreas: uma floresta nativa (NFA) e outra adjacente com arboreto de eucaliptos (EAA). Oligonucleotídeos iniciadores foram utilizados para amplificar o 16S rDNA metagenômico do solo, o qual foi clonado usando pGEM-T e seqüenciado para determinar a diversidade bacteriana. Foram analisados 134 clones do solo NFA e 116 clones do solo EAA. As seqüências foram comparadas às depositadas no GenBank. Análises filogenéticas revelaram diferenças entre os tipos de solos e alta diversidade em ambas comunidades. No solo de arboreto de Eucalyptus spp. foi encontrada maior diversidade bacteriana em comparação com o solo da área de floresta nativa.Studies on the impact of Eucalyptus spp. on Brazilian soils have focused on soil chemical properties and isolating interesting microbial organisms. Few studies have focused on microbial diversity and ecology in Brazil due to limited coverage of traditional cultivation and isolation methods. Molecular microbial ecology methods based on PCR amplified 16S rDNA have enriched the knowledge of soils microbial biodiversity. The objective of this work was to compare and estimate the bacterial diversity of sympatric communities within soils from two areas, a native forest (NFA) and an eucalyptus arboretum (EAA). PCR primers, whose target soil metagenomic 16S rDNA were used to amplify soil DNA, were cloned using pGEM-T and sequenced to determine bacterial diversity. From the NFA soil 134 clones were analyzed, while 116 clones were analyzed from the EAA soil samples. The sequences were compared with those online at the GenBank. Phylogenetic analyses revealed differences between the soil types and high diversity in both communities. Soil from the Eucalyptus spp. arboretum was found to have a greater bacterial diversity than the soil investigated from the native forest area.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)Universidade Estadual Paulista Fac. de Ciências Agrárias e Veterinárias Dep. de TecnologiaUniversidade Estadual Paulista Fac. de Ciências Agrárias e Veterinárias Dep. de TecnologiaEmpresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA)Universidade Estadual Paulista (Unesp)Silveira, Érico Leandro da [UNESP]Pereira, Rodrigo Matheus [UNESP]Scaquitto, Denilson César [UNESP]Pedrinho, Eliamar Aparecida Nascimbém [UNESP]Val-Moraes, Silvana Pómpeia [UNESP]Wickert, Ester [UNESP]Carareto-Alves, Lúcia Maria [UNESP]Lemos, Eliana Gertrudes de Macedo [UNESP]2014-05-20T15:09:51Z2014-05-20T15:09:51Z2006-10-01info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/article1507-1516application/pdfhttp://dx.doi.org/10.1590/S0100-204X2006001000008Pesquisa Agropecuária Brasileira. Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Informação TecnológicaPesquisa Agropecuária Brasileira, v. 41, n. 10, p. 1507-1516, 2006.0100-204Xhttp://hdl.handle.net/11449/2738910.1590/S0100-204X2006001000008S0100-204X2006001000008S0100-204X2006001000008.pdfSciELOreponame:Repositório Institucional da UNESPinstname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)instacron:UNESPengPesquisa Agropecuária Brasileira0.546info:eu-repo/semantics/openAccess2024-06-07T15:32:22Zoai:repositorio.unesp.br:11449/27389Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.unesp.br/oai/requestopendoar:29462024-08-05T21:22:24.314286Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)false |
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