Bibliotecas de AGO-IP de flores de Arabidopsis thaliana contêm RNAs circulares que podem atuar como esponjas de miRNAs

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Capelari, Érika Frydrych
Data de Publicação: 2018
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/187220
Resumo: RNAs endógenos competitivos (ceRNAs) são transcritos naturais que atuam como esponjas endógenas de miRNAs, modulando a ação de miRNAs sobre mRNAs-alvo. RNA circular (circRNA) é uma dentre as várias classes de ceRNA. circRNAs são produzidos a partir de um processo chamado backsplicing. CircRNAs já foram identificados em diversos eucariotos; no entanto, nas plantas, ainda não foi demonstrado se estes são capazes de atuar como esponjas eficazes de miRNAs. Dados públicos de RNAseq de bibliotecas de imunoprecipitação de Argonauta (AGO-IP) a partir de flores de Arabidopsis thaliana foram utilizados em um método multi-comparativo de análises de bioinformática para identificar potenciais RNAs circulares. Utilizando cinco diferentes métodos, foram preditos de 15 a 27812 circRNAs com pelo menos dois reads na junção do backsplicing. Posteriormente, a plataforma psRNAtarget foi utilizada para discriminar os circRNAs com sítios de ligação de miRNAs, que potencialmente possam estar atuando como esponjas. Como a AGO forma um complexo ternário com miRNA e mRNA-alvo, também foram comparadas as contagens de alvos em bibliotecas AGO-IP e controle, demonstrando que os mRNAs-alvo desses miRNAs também estão enriquecidos nas bibliotecas AGO-IP. Neste trabalho, foram encontrados dois prováveis circRNAs que podem potencialmente funcionar como esponjas de miRNA. Esse achado contribui para um melhor entendimento desta nova forma de regulação transcricional e pós-transcricional em plantas, ampliando o conhecimento e aplicações do tema.
id URGS_8c072c4ab8879426a99dc61f5ef54faf
oai_identifier_str oai:www.lume.ufrgs.br:10183/187220
network_acronym_str URGS
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
repository_id_str 1853
spelling Capelari, Érika FrydrychMargis, RogerioKulcheski, Franceli Rodrigues2018-12-19T04:07:27Z2018http://hdl.handle.net/10183/187220001083061RNAs endógenos competitivos (ceRNAs) são transcritos naturais que atuam como esponjas endógenas de miRNAs, modulando a ação de miRNAs sobre mRNAs-alvo. RNA circular (circRNA) é uma dentre as várias classes de ceRNA. circRNAs são produzidos a partir de um processo chamado backsplicing. CircRNAs já foram identificados em diversos eucariotos; no entanto, nas plantas, ainda não foi demonstrado se estes são capazes de atuar como esponjas eficazes de miRNAs. Dados públicos de RNAseq de bibliotecas de imunoprecipitação de Argonauta (AGO-IP) a partir de flores de Arabidopsis thaliana foram utilizados em um método multi-comparativo de análises de bioinformática para identificar potenciais RNAs circulares. Utilizando cinco diferentes métodos, foram preditos de 15 a 27812 circRNAs com pelo menos dois reads na junção do backsplicing. Posteriormente, a plataforma psRNAtarget foi utilizada para discriminar os circRNAs com sítios de ligação de miRNAs, que potencialmente possam estar atuando como esponjas. Como a AGO forma um complexo ternário com miRNA e mRNA-alvo, também foram comparadas as contagens de alvos em bibliotecas AGO-IP e controle, demonstrando que os mRNAs-alvo desses miRNAs também estão enriquecidos nas bibliotecas AGO-IP. Neste trabalho, foram encontrados dois prováveis circRNAs que podem potencialmente funcionar como esponjas de miRNA. Esse achado contribui para um melhor entendimento desta nova forma de regulação transcricional e pós-transcricional em plantas, ampliando o conhecimento e aplicações do tema.Competing endogenous RNAs (ceRNAs) are natural transcripts that act as endogenous sponges of miRNAs, modulating the action of miRNAs on mRNAs targets. Circular RNA (circRNA) is one among the various classes of ceRNA. They are produced from a process called backsplicing. CircRNAs have been identified in several eukaryotes; however, in plants, it has not yet been demonstrated whether they are able to act as effective sponges for miRNAs. Public RNAseq data from Argonaute immunoprecipitation libraries (AGO-IP) from Arabidopsis thaliana flowers were used with a multi-comparative method of bioinformatics analyzes to identify putative circular RNAs. Using five different methods, 15 to 27812 circRNAs with at least two reads at the backsplicing junction were predicted. Subsequently, the psRNAtarget platform was used to discriminate circRNAs harboring miRNA binding sites, which could potentially be acting as sponges. Identities and amounts of mRNAs present in AGO-IP and control libraries were quantified, as AGO can also form a ternary complex among miRNA and their target mRNAs. It showed that target mRNAs from circRNA:miRNA pairs were also enriched in the AGO-IP libraries. Two circRNAs were positively identified, corroborating their action as potential miRNA sponges. This finding leads to a better understanding of a new form of transcription and post-transcription regulation in plants, increasing the knowledge and applications of the topic.application/pdfporArabidopsis thalianaMicroRNAsBibliotecas de AGO-IP de flores de Arabidopsis thaliana contêm RNAs circulares que podem atuar como esponjas de miRNAsinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisUniversidade Federal do Rio Grande do SulCentro de Biotecnologia do Estado do Rio Grande do SulPrograma de Pós-Graduação em Biologia Celular e MolecularPorto Alegre, BR-RS2018mestradoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGSinstname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)instacron:UFRGSTEXT001083061.pdf.txt001083061.pdf.txtExtracted Texttext/plain105874http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/187220/2/001083061.pdf.txtb648932c9588a6be7bae243c2fca6101MD52ORIGINAL001083061.pdfTexto completoapplication/pdf1571609http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/187220/1/001083061.pdf1ee87d9b22888ae8d328e4b8772ab01eMD5110183/1872202018-12-20 04:03:45.391579oai:www.lume.ufrgs.br:10183/187220Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttps://lume.ufrgs.br/handle/10183/2PUBhttps://lume.ufrgs.br/oai/requestlume@ufrgs.br||lume@ufrgs.bropendoar:18532018-12-20T06:03:45Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Bibliotecas de AGO-IP de flores de Arabidopsis thaliana contêm RNAs circulares que podem atuar como esponjas de miRNAs
title Bibliotecas de AGO-IP de flores de Arabidopsis thaliana contêm RNAs circulares que podem atuar como esponjas de miRNAs
spellingShingle Bibliotecas de AGO-IP de flores de Arabidopsis thaliana contêm RNAs circulares que podem atuar como esponjas de miRNAs
Capelari, Érika Frydrych
Arabidopsis thaliana
MicroRNAs
title_short Bibliotecas de AGO-IP de flores de Arabidopsis thaliana contêm RNAs circulares que podem atuar como esponjas de miRNAs
title_full Bibliotecas de AGO-IP de flores de Arabidopsis thaliana contêm RNAs circulares que podem atuar como esponjas de miRNAs
title_fullStr Bibliotecas de AGO-IP de flores de Arabidopsis thaliana contêm RNAs circulares que podem atuar como esponjas de miRNAs
title_full_unstemmed Bibliotecas de AGO-IP de flores de Arabidopsis thaliana contêm RNAs circulares que podem atuar como esponjas de miRNAs
title_sort Bibliotecas de AGO-IP de flores de Arabidopsis thaliana contêm RNAs circulares que podem atuar como esponjas de miRNAs
author Capelari, Érika Frydrych
author_facet Capelari, Érika Frydrych
author_role author
dc.contributor.author.fl_str_mv Capelari, Érika Frydrych
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Margis, Rogerio
dc.contributor.advisor-co1.fl_str_mv Kulcheski, Franceli Rodrigues
contributor_str_mv Margis, Rogerio
Kulcheski, Franceli Rodrigues
dc.subject.por.fl_str_mv Arabidopsis thaliana
MicroRNAs
topic Arabidopsis thaliana
MicroRNAs
description RNAs endógenos competitivos (ceRNAs) são transcritos naturais que atuam como esponjas endógenas de miRNAs, modulando a ação de miRNAs sobre mRNAs-alvo. RNA circular (circRNA) é uma dentre as várias classes de ceRNA. circRNAs são produzidos a partir de um processo chamado backsplicing. CircRNAs já foram identificados em diversos eucariotos; no entanto, nas plantas, ainda não foi demonstrado se estes são capazes de atuar como esponjas eficazes de miRNAs. Dados públicos de RNAseq de bibliotecas de imunoprecipitação de Argonauta (AGO-IP) a partir de flores de Arabidopsis thaliana foram utilizados em um método multi-comparativo de análises de bioinformática para identificar potenciais RNAs circulares. Utilizando cinco diferentes métodos, foram preditos de 15 a 27812 circRNAs com pelo menos dois reads na junção do backsplicing. Posteriormente, a plataforma psRNAtarget foi utilizada para discriminar os circRNAs com sítios de ligação de miRNAs, que potencialmente possam estar atuando como esponjas. Como a AGO forma um complexo ternário com miRNA e mRNA-alvo, também foram comparadas as contagens de alvos em bibliotecas AGO-IP e controle, demonstrando que os mRNAs-alvo desses miRNAs também estão enriquecidos nas bibliotecas AGO-IP. Neste trabalho, foram encontrados dois prováveis circRNAs que podem potencialmente funcionar como esponjas de miRNA. Esse achado contribui para um melhor entendimento desta nova forma de regulação transcricional e pós-transcricional em plantas, ampliando o conhecimento e aplicações do tema.
publishDate 2018
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2018-12-19T04:07:27Z
dc.date.issued.fl_str_mv 2018
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10183/187220
dc.identifier.nrb.pt_BR.fl_str_mv 001083061
url http://hdl.handle.net/10183/187220
identifier_str_mv 001083061
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
instname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron:UFRGS
instname_str Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron_str UFRGS
institution UFRGS
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
bitstream.url.fl_str_mv http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/187220/2/001083061.pdf.txt
http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/187220/1/001083061.pdf
bitstream.checksum.fl_str_mv b648932c9588a6be7bae243c2fca6101
1ee87d9b22888ae8d328e4b8772ab01e
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
repository.mail.fl_str_mv lume@ufrgs.br||lume@ufrgs.br
_version_ 1810085462751051776

Registros relacionados