Desenvolvimento de técnicas de RT-PCR para seqënciamento do gene da hemaglutinina-neuraminidase (HN) e detecção do vírus Parainfluenza bovino tipo 3
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2005 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS |
Texto Completo: | http://hdl.handle.net/10183/8932 |
Resumo: | Existem diversos trabalhos publicados sobre a utilização de diferentes métodos imunológicos para diagnosticar infecções do trato respiratório causadas por vírus parainfluenza bovino tipo 3 (bPIV-3). Entretanto, é escassa a literatura sobre a utilização da técnica de isolamento viral. Até o presente momento não havia sido relatada a utilização da Transcrição Reversa - Reação em Cadeia da Polimerase (RT-PCR), na detecção de bPIV-3. O objetivo deste estudo foi contribuir para uma melhor caracterização dos bPIV-3 através do desenvolvimento de técnicas de RTPCR para a sua detecção. Utilizando-se uma amostra referência de bPIV-3 (SF-4) e uma amostra de bPIV-3 isolada no Rio Grande do Sul (amostra DIO) foram desenvolvidas técnicas de RT-PCR para a amplificação de diferentes regiões do gene da hemaglutinina-neuraminidase (HN). Após seqüenciamento parcial do gene HN e alinhamento das seqüências da amostra DIO, os resultados revelaram homologia de 99% em relação à amostra referência, 98% a 91% quando comparada com outras amostras de bPIV-3 previamente publicadas na rede e 79% a 80% quando comparada com as amostras de hPIV-3. Foi desenvolvida, também, uma técnica de RT-PCR para amplificação de parte do gene da HN do bPIV-3 e do hPIV-3. Nos experimentos de otimização, a técnica de RT-PCR, comparada com o isolamento viral, apresentou sensibilidade de 140 DICC50, boa especificidade e reprodutibilidade. Os resultados, após seqüenciamento da amostra de vírus bPIV-3 isolada no RS, apresentaram, grande homologia com os das amostras de bPIV-3 comparadas, especialmente a amostra referência. Os dados obtidos neste estudo mostraram que a RT-PCR desenvolvida para a detecção de PIV-3 foi capaz de amplificar um fragmento de 1009 bp do gene da HN de amostras de PIV-3 isoladas de bovinos e humanos, possibilitando a sua utilização em diagnóstico e em estudos epidemiológicos. |
id |
URGS_d0e879a549f23e7ee600de37907ed382 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:www.lume.ufrgs.br:10183/8932 |
network_acronym_str |
URGS |
network_name_str |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS |
repository_id_str |
1853 |
spelling |
Vaucher, Rodrigo de AlmeidaSimonetti, Amauri Braga2007-06-06T19:20:19Z2005http://hdl.handle.net/10183/8932000591120Existem diversos trabalhos publicados sobre a utilização de diferentes métodos imunológicos para diagnosticar infecções do trato respiratório causadas por vírus parainfluenza bovino tipo 3 (bPIV-3). Entretanto, é escassa a literatura sobre a utilização da técnica de isolamento viral. Até o presente momento não havia sido relatada a utilização da Transcrição Reversa - Reação em Cadeia da Polimerase (RT-PCR), na detecção de bPIV-3. O objetivo deste estudo foi contribuir para uma melhor caracterização dos bPIV-3 através do desenvolvimento de técnicas de RTPCR para a sua detecção. Utilizando-se uma amostra referência de bPIV-3 (SF-4) e uma amostra de bPIV-3 isolada no Rio Grande do Sul (amostra DIO) foram desenvolvidas técnicas de RT-PCR para a amplificação de diferentes regiões do gene da hemaglutinina-neuraminidase (HN). Após seqüenciamento parcial do gene HN e alinhamento das seqüências da amostra DIO, os resultados revelaram homologia de 99% em relação à amostra referência, 98% a 91% quando comparada com outras amostras de bPIV-3 previamente publicadas na rede e 79% a 80% quando comparada com as amostras de hPIV-3. Foi desenvolvida, também, uma técnica de RT-PCR para amplificação de parte do gene da HN do bPIV-3 e do hPIV-3. Nos experimentos de otimização, a técnica de RT-PCR, comparada com o isolamento viral, apresentou sensibilidade de 140 DICC50, boa especificidade e reprodutibilidade. Os resultados, após seqüenciamento da amostra de vírus bPIV-3 isolada no RS, apresentaram, grande homologia com os das amostras de bPIV-3 comparadas, especialmente a amostra referência. Os dados obtidos neste estudo mostraram que a RT-PCR desenvolvida para a detecção de PIV-3 foi capaz de amplificar um fragmento de 1009 bp do gene da HN de amostras de PIV-3 isoladas de bovinos e humanos, possibilitando a sua utilização em diagnóstico e em estudos epidemiológicos.There are several published studies on the application of different immunological methods for diagnosis of respiratory infections caused by bovine type 3 Parainfluenza virus (bPIV-3). However, the literature on viral isolation procedure is very scarce. At present there is no report about the utilization of reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) for bPIV-3 detection. The aim of this study was to contribute to a better caracterization of bovine type 3 Parainfluenza virus by developing RT-PCR techniques to its detection. A reference sample (SF-4) and a sample of bPIV-3 isolated in Rio Grande do Sul (DIO sample) were used to develop RT-PCR techniques by amplification of different regions of hemagglutinin-neuraminidase gene (HN). After HN gene partial sequencing of DIO sample and sequence alignment, the results revealed 99% homology when compared to reference sample, 98% the 91% homology in relation to bPIV-3 samples previously published and 79% the 80% if compared to hPIV-3 samples. It was also developed a RT-PCR for amplification of a part of bPIV-3 and hPIV-3 NH gene. In optimization experiments, compared to viral isolation procedure, the RTPCR displayed a sensitivity of 140 DICC50, good specificity and reproductibility. Results after sequencing of bPIV-3 sample isolated in RS displayed strong homology with those of bPIV-3 tested samples, specially the reference sample. Data obtained in this study showed that the RT-PCR technique developed for PIV- 3 detection was able to amplify an 1009 bp HN gene fragment of bovine and human PIV-3 samples which enables its utilization in diagnostic and epidemiological studies.application/pdfporMicrobiologiaInfluenzavirusBovinoBovine parainfluenza virus type 3 (bPIV-3)RT-PCRSequencingDiagnosticGenotipagemDesenvolvimento de técnicas de RT-PCR para seqënciamento do gene da hemaglutinina-neuraminidase (HN) e detecção do vírus Parainfluenza bovino tipo 3Development of RT-PCR techniques for hemagglutinin-neuraminidase (HN) gene sequencing and detection of bovine type 3 Parainfluenza virus info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisUniversidade Federal do Rio Grande do SulFaculdade de AgronomiaPrograma de Pós-Graduação em Microbiologia Agrícola e do AmbientePorto Alegre, BR-RS2005mestradoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGSinstname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)instacron:UFRGSORIGINAL000591120.pdf000591120.pdfTexto completoapplication/pdf1172124http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/8932/1/000591120.pdfe4abca453c112f48577a00b2cddfef13MD51TEXT000591120.pdf.txt000591120.pdf.txtExtracted Texttext/plain241048http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/8932/2/000591120.pdf.txtc6ee785141c065d663c74eff962c433dMD52THUMBNAIL000591120.pdf.jpg000591120.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1450http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/8932/3/000591120.pdf.jpgf6d790f68dfb6d1aa3704b8acdb170b5MD5310183/89322023-12-29 04:23:01.980633oai:www.lume.ufrgs.br:10183/8932Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttps://lume.ufrgs.br/handle/10183/2PUBhttps://lume.ufrgs.br/oai/requestlume@ufrgs.br||lume@ufrgs.bropendoar:18532023-12-29T06:23:01Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)false |
dc.title.pt_BR.fl_str_mv |
Desenvolvimento de técnicas de RT-PCR para seqënciamento do gene da hemaglutinina-neuraminidase (HN) e detecção do vírus Parainfluenza bovino tipo 3 |
dc.title.alternative.en.fl_str_mv |
Development of RT-PCR techniques for hemagglutinin-neuraminidase (HN) gene sequencing and detection of bovine type 3 Parainfluenza virus |
title |
Desenvolvimento de técnicas de RT-PCR para seqënciamento do gene da hemaglutinina-neuraminidase (HN) e detecção do vírus Parainfluenza bovino tipo 3 |
spellingShingle |
Desenvolvimento de técnicas de RT-PCR para seqënciamento do gene da hemaglutinina-neuraminidase (HN) e detecção do vírus Parainfluenza bovino tipo 3 Vaucher, Rodrigo de Almeida Microbiologia Influenzavirus Bovino Bovine parainfluenza virus type 3 (bPIV-3) RT-PCR Sequencing Diagnostic Genotipagem |
title_short |
Desenvolvimento de técnicas de RT-PCR para seqënciamento do gene da hemaglutinina-neuraminidase (HN) e detecção do vírus Parainfluenza bovino tipo 3 |
title_full |
Desenvolvimento de técnicas de RT-PCR para seqënciamento do gene da hemaglutinina-neuraminidase (HN) e detecção do vírus Parainfluenza bovino tipo 3 |
title_fullStr |
Desenvolvimento de técnicas de RT-PCR para seqënciamento do gene da hemaglutinina-neuraminidase (HN) e detecção do vírus Parainfluenza bovino tipo 3 |
title_full_unstemmed |
Desenvolvimento de técnicas de RT-PCR para seqënciamento do gene da hemaglutinina-neuraminidase (HN) e detecção do vírus Parainfluenza bovino tipo 3 |
title_sort |
Desenvolvimento de técnicas de RT-PCR para seqënciamento do gene da hemaglutinina-neuraminidase (HN) e detecção do vírus Parainfluenza bovino tipo 3 |
author |
Vaucher, Rodrigo de Almeida |
author_facet |
Vaucher, Rodrigo de Almeida |
author_role |
author |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Vaucher, Rodrigo de Almeida |
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv |
Simonetti, Amauri Braga |
contributor_str_mv |
Simonetti, Amauri Braga |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Microbiologia Influenzavirus Bovino |
topic |
Microbiologia Influenzavirus Bovino Bovine parainfluenza virus type 3 (bPIV-3) RT-PCR Sequencing Diagnostic Genotipagem |
dc.subject.eng.fl_str_mv |
Bovine parainfluenza virus type 3 (bPIV-3) RT-PCR Sequencing Diagnostic Genotipagem |
description |
Existem diversos trabalhos publicados sobre a utilização de diferentes métodos imunológicos para diagnosticar infecções do trato respiratório causadas por vírus parainfluenza bovino tipo 3 (bPIV-3). Entretanto, é escassa a literatura sobre a utilização da técnica de isolamento viral. Até o presente momento não havia sido relatada a utilização da Transcrição Reversa - Reação em Cadeia da Polimerase (RT-PCR), na detecção de bPIV-3. O objetivo deste estudo foi contribuir para uma melhor caracterização dos bPIV-3 através do desenvolvimento de técnicas de RTPCR para a sua detecção. Utilizando-se uma amostra referência de bPIV-3 (SF-4) e uma amostra de bPIV-3 isolada no Rio Grande do Sul (amostra DIO) foram desenvolvidas técnicas de RT-PCR para a amplificação de diferentes regiões do gene da hemaglutinina-neuraminidase (HN). Após seqüenciamento parcial do gene HN e alinhamento das seqüências da amostra DIO, os resultados revelaram homologia de 99% em relação à amostra referência, 98% a 91% quando comparada com outras amostras de bPIV-3 previamente publicadas na rede e 79% a 80% quando comparada com as amostras de hPIV-3. Foi desenvolvida, também, uma técnica de RT-PCR para amplificação de parte do gene da HN do bPIV-3 e do hPIV-3. Nos experimentos de otimização, a técnica de RT-PCR, comparada com o isolamento viral, apresentou sensibilidade de 140 DICC50, boa especificidade e reprodutibilidade. Os resultados, após seqüenciamento da amostra de vírus bPIV-3 isolada no RS, apresentaram, grande homologia com os das amostras de bPIV-3 comparadas, especialmente a amostra referência. Os dados obtidos neste estudo mostraram que a RT-PCR desenvolvida para a detecção de PIV-3 foi capaz de amplificar um fragmento de 1009 bp do gene da HN de amostras de PIV-3 isoladas de bovinos e humanos, possibilitando a sua utilização em diagnóstico e em estudos epidemiológicos. |
publishDate |
2005 |
dc.date.issued.fl_str_mv |
2005 |
dc.date.accessioned.fl_str_mv |
2007-06-06T19:20:19Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
format |
masterThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
http://hdl.handle.net/10183/8932 |
dc.identifier.nrb.pt_BR.fl_str_mv |
000591120 |
url |
http://hdl.handle.net/10183/8932 |
identifier_str_mv |
000591120 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS instname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS) instacron:UFRGS |
instname_str |
Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS) |
instacron_str |
UFRGS |
institution |
UFRGS |
reponame_str |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS |
collection |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS |
bitstream.url.fl_str_mv |
http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/8932/1/000591120.pdf http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/8932/2/000591120.pdf.txt http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/8932/3/000591120.pdf.jpg |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
e4abca453c112f48577a00b2cddfef13 c6ee785141c065d663c74eff962c433d f6d790f68dfb6d1aa3704b8acdb170b5 |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS) |
repository.mail.fl_str_mv |
lume@ufrgs.br||lume@ufrgs.br |
_version_ |
1816736788391133184 |