Plasticidade genômica de Drosophila willistoni, abordagem in situ e in silico

• Autor(a) principal: Bertocchi, Natasha Ávila
• Data de Publicação: 2022
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: eng
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/250246
• topic: Elementos de DNA transponíveis; Drosophila; Díptero

Os elementos de transposição (TEs do inglês Transposable elements) estão ubiquamente presentes nos genomas eucarióticos e são bastante diversos. TEs são elementos genéticos capazes de mobilização cromossômica e replicaticativa em células germinativas, têm papel no tamanho e estrutura dos genomas, e também são uma extensa fonte de mutações e polimorfismos genéticos. Os elementos podem influenciar a expressão de genes, splicing alternativos e rearranjos cromossômicos. A origem dos TEs em eucariotos provavelmente ocorreu no ancestral desses organismos, e além disso a origem de superfamílias e famílias de TEs está associada a quimerismos e evolução modular. Os TEs devido a sua variabilidade, foram classificados de acordo com as moléculas responsáveis por sua mobilização e integração ao genoma. Abordamos neste estudo principalmente os elementos: 412 LTR- retrotransposon da Classe I; e os transposons de DNA hobo, BuT2 e mar da Superfamília hAT da Classe II. A tese tem como objetivo contribuir para o conhecimento sobre a presença, dinâmica e coevolução dos TEs e os genomas hospedeiros, em espécies predominantemente neotropicais de Drosophila. Com esse proposito, revisamos os estudos, principalmente os com abordagens evolutivas, que tiveram como organismo modelo Drosophila willistoni e as espécies do grupo willistoni. Realizamos uma detalhada pesquisa in silico para analisar os TEs hobo, BuT2 e mar nas espécies do grupo willistoni com genomas sequenciados disponíveis. Além disso, analisamos o número de cópias e a distribuição espacial desses mesmos TEs da superfamília hAT nos cromossomos politênicos de algumas linhagens de D. willistoni coletadas ao longo da distribuição geográfica da espécie. As linhagens de D. willistoni Gd-H4-1, WIP-4 e DSG12.00 foram usadas nas análises in situ; D. willistoni 00 e L17 foram utilizadas nas análises in silico; e D. willistoni Gd-H4-1 foi utilizada em ambas as análises. Por fim, por meio de análises in silico mostramos a presença e estrutura das cópias do retrotransposon 412 nos genomas sequenciados de dípteros. Nas espécies do grupo willistoni mostramos a presença e quantidade de fragmentos homólogos ao domínio da transcriptase reversa do LTR-retrotransposon 412 em espécies com genoma sequenciado e de populações naturais não sequenciadas do grupo willistoni. Na espécie D. willistoni, utilizando abordagem in situ, mostramos também, a distribuição do elemento 412 nos cromossomos politênicos da linhagem GD-H4-1. Além disso, identificamos a intricada evolução da linhagem 412/mdg1 nos genomas de dípteros.