Dados genômicos de Staphylococcus aureus para vigilância, controle e manejo da resistência aos antimicrobianos

• Autor(a) principal: Melocco, Gregory Batista
• Data de Publicação: 2024
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9136/tde-05062024-151154/
• topic: Bacterial resistance; MRSA; MRSA; Resistência bacteriana; Resistoma; Resistome; S. aureus; S. aureus; Viruloma; Virulome

A emergência e a disseminação de bactérias multirresistentes são um problema de saúde pública global, com cepas resistentes e/ou virulentas intimamente relacionadas sendo isoladas de humanos e outros animais, alimentos e ambiente. Staphylococcus aureus resistente à meticilina (MRSA) foi classificada pela Organização Mundial da Saúde (OMS) como um patógeno de elevada prioridade. A combinação bem-sucedida de fatores de virulência (viruloma) e de genes de resistência aos antimicrobianos (resistoma) sustentam a alta prevalência e endemicidade de MRSA nas infecções relacionadas à assistência à saúde (IRAS). Apesar disso, no Brasil poucos dados genômicos clinicamente relevantes tem sido disponibilizados. Nesse sentido, no presente estudo foi conduzida uma investigação microbiológica e genômica de MRSA isolados de amostras clínicas em diferentes cidades brasileiras. Para isso, inicialmente a espécie dos isolados foi confirmada (MALDI-TOF-MS, Bruker), e o perfil de resistência aos antibióticos (disco-difusão) e a presença do gene mecA (PCR) foram determinados. Preocupantemente, 87,5% (76/87) das cepas MRSA foram multirresistentes. Para investigar os mecanismos genéticos relacionados a esse fenótipo, bem como determinar as linhagens clonais desses isolados, o genoma completo de 37 isolados MRSA foi sequenciado (Illumina NextSeq). A predição do resistoma, viruloma, mobiloma e a determinação do ST (Sequence Type), SCCmec e spa type foram realizadas utilizando ferramentas de bioinformática. A esse respeito, destacou-se a prevalência (n = 21) de isolados do ST105 abrigando SCCmec tipo II. Adicionalmente, foram identificados isolados do ST5 (SCCmec<i/> II, n<i/>= 3; SCCmec IV, n<i/>= 3), do ST8 (SCCmec IV, n<i/>= 5; SCCmec II, n<i/>= 1); e isolados únicos do ST88 (SCCmec IV), ST239 (SCCmec III), ST5286 (SCCmec IVa) e ST398 (mecA positivo, SCCmec negativo). Além do gene (mecA, foram preditos diversos genes de resistência a antibióticos não &#946;-lactâmicos [macrolídeos e/ou lincosamidas (ermA, mrsA, emrC, mphC); aminoglicosídeos [aph-(3 -III, ant(9)-Ia]; cloranfenicol [cat(pC221)]; fosfomicina (fosB); mutações relacionadas a resistência às fluoroquinolonas [gyrA (S84L, E88K); grlA (S80Y, E84F, S80F, E84K)]; genes de tolerância a biocidas [triclosan (sh-fabI); compostos de amônio quaternário (qacACJ)], ao estresse oxidativo [H2O2 (perR)], e a metais pesados [arsênio (arsBCR); cádmio (cadADX); cobre (copZ); mercúrio (merABRT)]. Todos os genomas apresentaram um amplo viruloma, com a presença de genes para a produção de enterotoxinas (cluster egc) em isolados de diferentes STs; e Leucocidina Panton-Valentine (lukFS-PV), nos isolados do ST8 e ST88. A análise filogenética baseada em Polimorfismos de Nucleotídeo Único dos Core-genes (cg-SNPs) mostrou que isolados de São Paulo, Santa Catarina e Paraná (ST5, ST105 ou ST8) estiveram filogeneticamente relacionados com genomas do Rio de Janeiro, dos Estados Unidos e América do Sul (Equador, Colômbia e Chile), agrupados em clusters com genomas de linhagens emergentes no Brasil (ST105-SCCmecII), e com linhagens virulentas de disseminação internacional (USA100, ST5-SCCmecII; USA300/USA300-LV, ST8-SCCmecIV). Os dados microbiológicos, genômicos e epidemiológicos obtidos neste trabalho foram disponibilizados na plataforma OneBR (http://onehealthbr.com/). Os resultados destacam o aumento da prevalência de MRSA multirresistentes do ST105 abrigando SCCmec tipo II, e a disseminação de linhagens multirresistentes e potencialmente virulentas, assim como a emergência da ST8 em hospitais brasileiros, reforçando a importância da vigilância genômica do MRSA no Brasil