Marcadores inserção/deleção na quantificação de DNA fetal circulante em gestantes

• Autor(a) principal: Brazorotto, Aline Silva Paula
• Data de Publicação: 2024
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-29072024-145117/
• topic: Real-time PCR; cffDNA; cffDNA; Deletion-specific primer; InDel; InDel; Insertion-specific primer; Primer deleção-específico; Primer inserção-específico; Real-time PCR

O objetivo deste trabalho foi quantificar o DNA fetal livre de células (cffDNA) circulante no plasma de gestantes, utilizando marcadores InDels por Real-Time PCR (qPCR) e estabelecer a evolução da quantidade relativa de cffDNA de acordo com a idade gestacional. Para isso, as condições laboratoriais de amplificação de primers inserção e deleção-específico/flanqueador de oito lócus InDels (rs138730495, rs111797680, rs66501513, rs72083748, rs148112183, rs67519581, rs1610941, rs151001596) foram padronizadas na qPCR e destes, dez primers apresentaram especificidade para as análises do DNA fetal circulante. Foram coletadas amostras de swab bucal e sangue periférico de 164 gestantes, em parceria com a Secretaria Municipal de Saúde de Ribeirão Preto-SP e selecionadas as mães informativas (del/del ou in/in) em cada locus InDel, com primers flanqueadores, na PCR Convencional. A quantificação do cffDNA no plasma materno foi realizada com os primers InDels alelo-específicos e a quantificação de DNA plasmático total, utilizando primers direcionados a sequências do gene endógeno da &beta;-globina. Não houve evidências de diferença na concentração de DNA total circulante entre os trimestres gestacionais (Kruskal-Wallis X2(2) = 0.80, p = 0,668). A fração fetal foi estimada em 10,0%, 14,3% e 18,9%, nos sucessivos trimestres gestacionais. Nosso painel de InDels foi informativo em 64% das amostras, com quantificação de 105 das 164 gestantes analisadas. As quantificações com marcadores InDels apresentaram concordância e forte correlação (&rho;=0,77, p<0,001) com aquelas obtidas com primers para sequências do gene SRY, em gestantes com feto masculino. O perfil de ancestralidade das gestantes foi inferido pela análise de um painel de 12 AIMs (ancestry informative markers - AIMs) e a relação da ancestralidade, bem como do IMC materno, com fração fetal foi avaliada por meio de uma regressão linear. A idade gestacional foi associada a um aumento da fração fetal (p=0,0018 [IC 95%, 0,017-0,077]) e não houve evidências de associação entre o IMC ou a ancestralidade materna com a quantidade relativa de DNA fetal circulante.