Identificação dos fatores de virulência da Leptospira interrogans através de análises proteômicas comparativas

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Nascimento Filho, Edson Galdino do
Data de Publicação: 2022
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-08122022-113314/
Resumo: Leptospira é um gênero de bactérias espiroquetas que inclui espécies saprofíticas ou não patogênicas de vida livre encontradas em água ou solo, e espécies patogênicas, que são os agentes etiológicos da leptospirose. Esta doença é uma zoonose de incidência global, ocorrendo principalmente em países tropicais e subtropicais. A leptospirose pode ser assintomática ou sintomática com quadros clínicos variáveis nos seres humanos. Os determinantes de virulência e patogenicidade das leptospiras ainda permanecem pouco compreendidos. Em vista disso, foi realizada uma análise global das proteínas expressas na espécie saprofítica, L. biflexa, para comparar com o proteoma da espécie patogênica, L. interrogans, disponível na literatura. A partir desta análise comparativa, o objetivo principal seria reconhecer os potenciais alvos envolvidos na virulência e patogênese da L. interrogans. Foram identificadas 2.327 proteínas por espectrometria de massas na L. biflexa representando 64% das proteínas preditas no genoma desta bactéria. As proteínas identificadas nas duas espécies apresentaram uniformidade funcional pelo software COG. Aproximadamente 80% das proteínas tiveram localizações subcelulares definidas pelo software PSORTb, e 21% das proteínas apresentaram peptídeos sinais de exportação pelos softwares SignalP e LipoP. As vias metabólicas do complexo B (B1, B2, B6, B7 e B9) foram identificadas nas duas espécies de leptospiras, já as vias B12 e do ácido siálico apenas na espécie patogênica. Também foram identificadas as proteínas ortólogas e exclusivas nas duas espécies de leptospiras pelo software Get Homologues. As proteínas ortólogas foram posteriormente classificadas como pouco conservadas e conservadas. Destas análises, selecionaram-se apenas as proteínas pouco conservadas e as proteínas exclusivas da L. interrogans para serem melhor investigadas conforme os resultados obtidos sobre função biológica (COG), localização subcelular (PSORTb e CELLO) e peptídeo sinal de exportação (SignalP e LipoP), juntamente das análises de domínios estruturais pelos softwares Pfam e SMART. Um total de 1.109 proteínas foi previamente selecionado na L. interrogans. Deste total, selecionamos 738 proteínas com domínios estruturais (108 pouco conservadas e 93 exclusivas) e 123 proteínas sem domínios estruturais (59 pouco conservadas e 64 exclusivas). Estas últimas foram baseadas exclusivamente em suas localizações como proteínas de membrana externa, extracelulares e proteínas sem localização definida. Segundo esses critérios, temos 861 proteínas selecionadas como potencias alvos envolvidos na virulência das leptospiras patogênicas.
id USP_67f3a3fe56ac518a1eae875206a41af3
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-08122022-113314
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str 2721
spelling Identificação dos fatores de virulência da Leptospira interrogans através de análises proteômicas comparativasIdentification of Leptospira interrogans virulence factors through comparative proteomic analysis.Leptospira biflexaLeptospira biflexaLeptospira interrogansLeptospira interrogansanálise comparativacomparative analysesleptospirosepathogenesis and leptospirosispatogêneseproteômicaproteomicsvirulencevirulênciaLeptospira é um gênero de bactérias espiroquetas que inclui espécies saprofíticas ou não patogênicas de vida livre encontradas em água ou solo, e espécies patogênicas, que são os agentes etiológicos da leptospirose. Esta doença é uma zoonose de incidência global, ocorrendo principalmente em países tropicais e subtropicais. A leptospirose pode ser assintomática ou sintomática com quadros clínicos variáveis nos seres humanos. Os determinantes de virulência e patogenicidade das leptospiras ainda permanecem pouco compreendidos. Em vista disso, foi realizada uma análise global das proteínas expressas na espécie saprofítica, L. biflexa, para comparar com o proteoma da espécie patogênica, L. interrogans, disponível na literatura. A partir desta análise comparativa, o objetivo principal seria reconhecer os potenciais alvos envolvidos na virulência e patogênese da L. interrogans. Foram identificadas 2.327 proteínas por espectrometria de massas na L. biflexa representando 64% das proteínas preditas no genoma desta bactéria. As proteínas identificadas nas duas espécies apresentaram uniformidade funcional pelo software COG. Aproximadamente 80% das proteínas tiveram localizações subcelulares definidas pelo software PSORTb, e 21% das proteínas apresentaram peptídeos sinais de exportação pelos softwares SignalP e LipoP. As vias metabólicas do complexo B (B1, B2, B6, B7 e B9) foram identificadas nas duas espécies de leptospiras, já as vias B12 e do ácido siálico apenas na espécie patogênica. Também foram identificadas as proteínas ortólogas e exclusivas nas duas espécies de leptospiras pelo software Get Homologues. As proteínas ortólogas foram posteriormente classificadas como pouco conservadas e conservadas. Destas análises, selecionaram-se apenas as proteínas pouco conservadas e as proteínas exclusivas da L. interrogans para serem melhor investigadas conforme os resultados obtidos sobre função biológica (COG), localização subcelular (PSORTb e CELLO) e peptídeo sinal de exportação (SignalP e LipoP), juntamente das análises de domínios estruturais pelos softwares Pfam e SMART. Um total de 1.109 proteínas foi previamente selecionado na L. interrogans. Deste total, selecionamos 738 proteínas com domínios estruturais (108 pouco conservadas e 93 exclusivas) e 123 proteínas sem domínios estruturais (59 pouco conservadas e 64 exclusivas). Estas últimas foram baseadas exclusivamente em suas localizações como proteínas de membrana externa, extracelulares e proteínas sem localização definida. Segundo esses critérios, temos 861 proteínas selecionadas como potencias alvos envolvidos na virulência das leptospiras patogênicas.Leptospira is a genus of spirochete bacteria that includes free-living saprophytic or non-pathogenic species found in water or soil, and pathogenic species, which are the etiologic agents of leptospirosis. This disease is a zoonosis of global incidence, occurring mainly in tropical and subtropical countries. Leptospirosis can be asymptomatic or symptomatic with variable clinical conditions in humans. The virulence and pathogenicity determinants of leptospires still remain poorly understood. In view of this, we performed a global analysis of the proteins expressed in the saprophytic species, L. biflexa, to compare with the proteome of the pathogenic species, L. interrogans, available in the literature. From this comparative analysis, the main objective is to recognize the potential targets involved in virulence and pathogenesis of L. interrogans. A total of 2,327 proteins were identified by mass spectrometry in L. biflexa representing 64% of the predicted proteins in the genome of this saprophytic species. The proteins identified in both species showed some functional uniformity by the COG software. Approximately 80% of the proteins had subcellular locations defined by the PSORTb software, and 21% of the proteins showed signal peptides predicted by SignalP and LipoP softwares. The vitamin B complex metabolic pathways (B1, B2, B6, B7 and B9) were identified in both species of leptospires, whereas the B12 and sialic acid pathways were identified only in the pathogenic species. The orthologous and exclusive proteins in the two species of leptospires were also identified by the software Get Homologues. The orthologous proteins were later classified as low conserved and conserved. From these analyses, only low conserved and exclusive proteins to L. interrogans were selected to be better investigated according to the results obtained on biological function (COG), subcellular localization (PSORTb and CELLO) and export signal peptide (SignalP and LipoP), together with the analysis of structural domains by Pfam and SMART softwares. A total of 1,109 proteins were previously selected in L. interrogans. From this total, we selected 738 proteins with structural domains (108 low conserved and 93 unique) and 123 proteins without structural domains (59 low conserved and 64 unique). The latter were based exclusively on their locations as outer membrane proteins, extracellular proteins and proteins with no defined location. According to these criteria, we have 861 proteins selected as potential targets involved in the virulence of pathogenic leptospires.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPNascimento, Ana Lucia Tabet Oller doPimenta, Daniel CarvalhoNascimento Filho, Edson Galdino do2022-10-13info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-08122022-113314/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2022-12-09T13:32:54Zoai:teses.usp.br:tde-08122022-113314Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212022-12-09T13:32:54Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv Identificação dos fatores de virulência da Leptospira interrogans através de análises proteômicas comparativas
Identification of Leptospira interrogans virulence factors through comparative proteomic analysis.
title Identificação dos fatores de virulência da Leptospira interrogans através de análises proteômicas comparativas
spellingShingle Identificação dos fatores de virulência da Leptospira interrogans através de análises proteômicas comparativas
Nascimento Filho, Edson Galdino do
Leptospira biflexa
Leptospira biflexa
Leptospira interrogans
Leptospira interrogans
análise comparativa
comparative analyses
leptospirose
pathogenesis and leptospirosis
patogênese
proteômica
proteomics
virulence
virulência
title_short Identificação dos fatores de virulência da Leptospira interrogans através de análises proteômicas comparativas
title_full Identificação dos fatores de virulência da Leptospira interrogans através de análises proteômicas comparativas
title_fullStr Identificação dos fatores de virulência da Leptospira interrogans através de análises proteômicas comparativas
title_full_unstemmed Identificação dos fatores de virulência da Leptospira interrogans através de análises proteômicas comparativas
title_sort Identificação dos fatores de virulência da Leptospira interrogans através de análises proteômicas comparativas
author Nascimento Filho, Edson Galdino do
author_facet Nascimento Filho, Edson Galdino do
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Nascimento, Ana Lucia Tabet Oller do
Pimenta, Daniel Carvalho
dc.contributor.author.fl_str_mv Nascimento Filho, Edson Galdino do
dc.subject.por.fl_str_mv Leptospira biflexa
Leptospira biflexa
Leptospira interrogans
Leptospira interrogans
análise comparativa
comparative analyses
leptospirose
pathogenesis and leptospirosis
patogênese
proteômica
proteomics
virulence
virulência
topic Leptospira biflexa
Leptospira biflexa
Leptospira interrogans
Leptospira interrogans
análise comparativa
comparative analyses
leptospirose
pathogenesis and leptospirosis
patogênese
proteômica
proteomics
virulence
virulência
description Leptospira é um gênero de bactérias espiroquetas que inclui espécies saprofíticas ou não patogênicas de vida livre encontradas em água ou solo, e espécies patogênicas, que são os agentes etiológicos da leptospirose. Esta doença é uma zoonose de incidência global, ocorrendo principalmente em países tropicais e subtropicais. A leptospirose pode ser assintomática ou sintomática com quadros clínicos variáveis nos seres humanos. Os determinantes de virulência e patogenicidade das leptospiras ainda permanecem pouco compreendidos. Em vista disso, foi realizada uma análise global das proteínas expressas na espécie saprofítica, L. biflexa, para comparar com o proteoma da espécie patogênica, L. interrogans, disponível na literatura. A partir desta análise comparativa, o objetivo principal seria reconhecer os potenciais alvos envolvidos na virulência e patogênese da L. interrogans. Foram identificadas 2.327 proteínas por espectrometria de massas na L. biflexa representando 64% das proteínas preditas no genoma desta bactéria. As proteínas identificadas nas duas espécies apresentaram uniformidade funcional pelo software COG. Aproximadamente 80% das proteínas tiveram localizações subcelulares definidas pelo software PSORTb, e 21% das proteínas apresentaram peptídeos sinais de exportação pelos softwares SignalP e LipoP. As vias metabólicas do complexo B (B1, B2, B6, B7 e B9) foram identificadas nas duas espécies de leptospiras, já as vias B12 e do ácido siálico apenas na espécie patogênica. Também foram identificadas as proteínas ortólogas e exclusivas nas duas espécies de leptospiras pelo software Get Homologues. As proteínas ortólogas foram posteriormente classificadas como pouco conservadas e conservadas. Destas análises, selecionaram-se apenas as proteínas pouco conservadas e as proteínas exclusivas da L. interrogans para serem melhor investigadas conforme os resultados obtidos sobre função biológica (COG), localização subcelular (PSORTb e CELLO) e peptídeo sinal de exportação (SignalP e LipoP), juntamente das análises de domínios estruturais pelos softwares Pfam e SMART. Um total de 1.109 proteínas foi previamente selecionado na L. interrogans. Deste total, selecionamos 738 proteínas com domínios estruturais (108 pouco conservadas e 93 exclusivas) e 123 proteínas sem domínios estruturais (59 pouco conservadas e 64 exclusivas). Estas últimas foram baseadas exclusivamente em suas localizações como proteínas de membrana externa, extracelulares e proteínas sem localização definida. Segundo esses critérios, temos 861 proteínas selecionadas como potencias alvos envolvidos na virulência das leptospiras patogênicas.
publishDate 2022
dc.date.none.fl_str_mv 2022-10-13
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-08122022-113314/
url https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-08122022-113314/
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1815256819471220736