Avaliação de método molecular para detecção de colonização por carbapenemases comparado com a cultura de vigilância diretamente do swab retal

• Autor(a) principal: Cury, Ana Paula
• Data de Publicação: 2021
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5160/tde-20102021-104729/
• topic: Bactérias aeróbias gram-negativas; Carbapenemase genes; Cultura de vigilância; Drug resistance microbial, Carbapenem-resistant enterobacterales; Enterobacterales resistentes a carbapenêmicos; Genes de carbapenemases; Gram-negative aerobic bacteria; Klebsiella pneumoniae carbapenemase; Klebsiella pneumoniae carbapenemase, Molecular diagnostic techniques; Microbial susceptibility test; Resistência microbiana a medicamentos; Surveillance culture; Técnicas de diagnóstico molecular; Testes de sensibilidade microbiana

A disseminação global de microrganismos resistentes aos carbapenêmicos é uma preocupação crítica de saúde pública. Novas plataformas moleculares podem detectar genes de carbapenemase em menor tempo que a cultura de vigilância, mas uma avaliação local é essencial. Os objetivos desse estudo foram avaliar o desempenho diagnóstico de uma plataforma automatizada de PCR em tempo real para detecção de genes codificadores de carbapenemases diretamente de swabs retais, correlacionar os resultados moleculares com a cultura de vigilância caracterizando os microrganismos com resutados discrepantes e mensurar as indicações de precaução de contato relacionada a Gram-negativo multirresistentes produtores de carbapenemases a partir de método genotípico e fenotípico. Foi realizado estudo prospectivo de desempenho diagnóstico da plataforma automatizada Gene Xpert® (Cepheid, Sunnyvale, CA) usando o ensaio Xpert-Carba-R® diretamente de swabs retais de pacientes internados nas Unidades de Terapia Intensiva e Transplantados (alto risco) e Pronto Socorro (baixo risco) entre abril e julho de 2016 no Hospital das Clinicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. Os resultados foram comparados com a PCR in house realizada a partir do caldo tioglicolato sem antibiótico provindo da cultura de vigilância de Enterobacterales resistentes aos carbapenêmicos (método de referência). O limite de detecção foi analisado na cultura de vigilância e no Xpert Carba-R® e os valores do threshold cycle foram correlacionados com o PCR in house. Do total de 921 swabs retais, 21% (196) foram do grupo alto risco e 79% (725) do grupo baixo risco. A PCR in house detectou 9,1% (84) de amostras positivas sendo, 77 blaKPC (8,4%), 5 blaVIM (0,5%) e 2 blaNDM (0,2%). O Xpert Carba-R® detectou 9,9% (91) de amostras positivas, sendo 87 blaKPC (9,5%) e 4 blaNDM (0,4%) em até 50 minutos. Doze amostras, 1,3% (10 blaKPC, 2 blaNDM) foram positivas somente no Xpert Carba-R® e apresentaram Threshold cycle >30. Cinco amostras (0,5%), foram positivas para blaVIM apenas pelo PCR in house e confirmados como blaVIM-2 por sequenciamento de DNA. A acurácia do Xpert Carba-R® foi de 98,2%, sensibilidade de 94%, especificidade de 98,6%, valor preditivo positivo de 86,8% e negativo de 99,4% e coeficiente Kappa de 0,893. O desempenho diagnóstico foi similar nos dois grupos. A cultura de vigilância foi positiva em 9,3% (86/921) e destas, 23% (20/86) foram negativas para carbapenemases confirmadas por sequenciamento completo do genoma como produtoras de -lactamases de espectro estendido com alteração de permeabilidade. Dentre as 835 culturas negativas, 3% (25) foram positivas para carbapenemases. As culturas foram obtidas em até 120 horas. O limite de detecção para blaKPC foi de 101 UFC/swab nos dois métodos. Do total de 859 pacientes, 111 (13%) estavam colonizados, determinados a partir do método genotípico (n=91) ou fenotípico (n=86). Os resultados positivos concordaram em 59%. O Xpert Carba-R® não detectou 23% das Enterobacterales resistentes a carbapenêmicos e a cultura não detectou 27% dos organismos produtores de carbapenemase. Concluiu-se que o Xpert Carba-R® é um método acurado com um tempo de resposta significantemente menor comparado com a cultura de vigilância e que as duas metodologias são complementares para identificar os pacientes colonizados e otimizar as precauções de contato minimizando possível disseminação horizonta