Detecção e variabilidade genética de Mycobacterium leprae numa região altamente endêmica para hanseníase e avaliação de fatores associados a transmissão recente

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Prado Palácios, Yrneh Yadamis
Data de Publicação: 2022
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/55952
Resumo: A hanseníase é geralmente causada pelo Mycobacterium leprae e é um problema de saúde pública no Brasil, país que relatou 20.684 novos pacientes entre 2010 e 2019. Recife, a região metropolitana do Pernambuco, é altamente endêmica para esta doença, sendo que 4,9% dos casos ocorrem em menores de 15 anos, indicando um nível considerável de transmissão. Os fatores de risco para transmissão precisam ser melhor investigados, assim métodos moleculares foram empregados para definição dos genótipos do microrganismo circulante em pacientes supostamente recém-diagnosticados de janeiro-2012 a janeiro 2017. Esfregaços cutâneos provenientes de lâminas de 709 pacientes com diagnóstico de hanseníase confirmados foram submetidos à extração de DNA e avaliados por qPCR para a região 16S e elementos repetitivos-RLEP. A carga bacteriana negativa foi observada em 204 (8,7%) pacientes, sendo 105 (14,8%) paucibacilares (IB<2) e 399 (56,3%) multibacilares (IB≥2). A reanálise dos dados dos pacientes mostrou que 75 (10,6%) tinham diagnóstico prévio de hanseníase; destes, 31 (41,3%) apresentaram recidiva/reinfecção, 40 (53,3%) tiveram falha terapêutica e quatro (5,3%) abandonaram o tratamento. A maioria dos pacientes era do sexo masculino (73,3%), entre 15-59 anos (74,3%), pardos (59,8%), com ensino fundamental II incompleto (26,7%), apresentavam lesões (99,4%) e 74,4% residiam no Recife. Das 709 amostras, 622 (87,7%) apresentaram resultado positivo para qPCR (para um ou dois dos alvos avaliados), atendendo aos critérios estabelecidos para tipagem por MLVA; desta forma, propomos a qPCR como ferramenta para selecionar amostras para genotipagem. Dos 17VNTRs analisados, quatro apresentaram alto poder discriminatório (HGDI>0,8) e não foram empregados na definição de agrupamentos de genótipos. Os genótipos definidos por meio de 13VNTRs revelaram a existência de 31 clusters incluindo 179 (52,2%) amostras de um total de 343 isolados, sugerindo alto nível de transmissão (recente) durante o período de estudo. Observamos dois grandes clusters, compostos por 36 (10,5%) e 39 (11,4%), todavia, a razão disso é discutida. Ao associar os clusters com dados clínicos-demográficos, observamos que: idade, carga bacilar, ano de coleta e tempo de residência na região, como possíveis fatores de risco; não foi vista associação entre clusters e pacientes MB, raça, idade<15 anos e outros. Diferentemente dos pacientes com recidiva/reinfecção, falha no tratamento ou abandono, não foi observada concentração espacial na hanseníase infantil; os aglomerados espaciais não parecem estar espalhados aleatoriamente, aparentemente pertencem a um dos maiores clusters. Nossos dados demonstraram variabilidade de genótipos de M. leprae com existência de dois grandes clusters compostos por 22% dos isolados genotipados. É tentador concluir que pode ser pela existência de um ou mais fatores de risco para transmissão recente, mas uma maior virulência de cepas em cluster poderia ter papel importante nesse cenário e precisa ser investigada. Como a hanseníase é uma doença de desenvolvimento lento, a associação de clusters com determinados fatores ambientais ou humanos não é fácil e genótipos específicos podem estar presentes na população ao longo de décadas. Um novo estudo incluindo contato domiciliar, análise de redes sociais, técnicas de genotipagem mais sensível e participação não humana na transmissão pode responder a algumas das muitas perguntas que permanecem após este estudo
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Recife, a região metropolitana do Pernambuco, é altamente endêmica para esta doença, sendo que 4,9% dos casos ocorrem em menores de 15 anos, indicando um nível considerável de transmissão. Os fatores de risco para transmissão precisam ser melhor investigados, assim métodos moleculares foram empregados para definição dos genótipos do microrganismo circulante em pacientes supostamente recém-diagnosticados de janeiro-2012 a janeiro 2017. Esfregaços cutâneos provenientes de lâminas de 709 pacientes com diagnóstico de hanseníase confirmados foram submetidos à extração de DNA e avaliados por qPCR para a região 16S e elementos repetitivos-RLEP. A carga bacteriana negativa foi observada em 204 (8,7%) pacientes, sendo 105 (14,8%) paucibacilares (IB<2) e 399 (56,3%) multibacilares (IB≥2). 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Nossos dados demonstraram variabilidade de genótipos de M. leprae com existência de dois grandes clusters compostos por 22% dos isolados genotipados. É tentador concluir que pode ser pela existência de um ou mais fatores de risco para transmissão recente, mas uma maior virulência de cepas em cluster poderia ter papel importante nesse cenário e precisa ser investigada. Como a hanseníase é uma doença de desenvolvimento lento, a associação de clusters com determinados fatores ambientais ou humanos não é fácil e genótipos específicos podem estar presentes na população ao longo de décadas. Um novo estudo incluindo contato domiciliar, análise de redes sociais, técnicas de genotipagem mais sensível e participação não humana na transmissão pode responder a algumas das muitas perguntas que permanecem após este estudoLeprosy is generally caused by Mycobacterium leprae and a public health problem in Brazil, reporting 20,684 new patients between 2010 and 2019. The metropolitan region of Recife in Pernambuco is highly endemic for the disease and 4.9% are children under 15 years indicate considerable level of active transmission. Risk factors for transmission needs to be better investigated so we characterize by molecular methods the circulating genotypes in supposedly newly diagnosed patients from January 2012 to January 2017. Slit skin smears (SSS) from 709 confirmed leprosy patients DNA samples investigated for bacillary load (BI) were submitted to DNA extraction submitted ton qPCR for 16S and repetitive element (RLEP). A negative bacterial load was observed in 204 (8.7%) patients while 105 (14.8%) were paucibacillary (IB<2) and 399 (56.3%) multibacillary (IB≥2). Reanalysis of the patient data showed us that 75/ (10.6%) had been previously diagnosed with leprosy; among the latter, 31 (41,3%) presented relapse/reinfection, 40 (53.3%) suffered from therapeutic failure and four (5.3%) had abandoned treatment. Most of the patients were male (73.3%), between 15 and 59 years old (74.3%), colored (59.8%), incomplete elementary school II (26.7%), presented lesions (99.4%) and, 74.4% resided in Recife. Among the 709 samples, 622 (87.7%) presented a positive qPCR for one or two of the evaluated targets and met our established criteria for MLVA typing so we propose that qPCR as a tool to select samples for genotyping. Among the 17 VNTRs, four were highly discriminatory (HGDI>0.8) and excluded for definition of genotype clusters. Based on genotypes including 13 VNTRs, 179 (52.2%) of 343 isolates belonged to one of the 31 clusters, suggesting high level of (recent) transmission during the study period. Two large clusters, including respectively 36 (10.5%) and 39 (11.4%) isolates were observed and the reason for this is discussed. When associating clustering with clinical and demographic data, we observed age, bacillary load, year of collection and length of residence in the region as possible risk factors; no association was observed between clustering and being patients-MB, having less<15 years, race, level of schooling and others. Unlike patients with disease recurrence/reinfection, treatment failure or abandonment, no spatial concentration was observed in childhood leprosy; the spatial clusters do not appear to be scattered randomly, they apparently belong to one of the larger clusters. Our data demonstrated both considerable variability of M. leprae genotypes and the existence of two large clusters that together include 22% of the genotyped isolates. It is tempting to conclude that these might be due to existence of one or more risk factors for recent transmission but higher virulence of strains in cluster could participate and needs better investigation. In addition, because leprosy is a slowly developing disease, association of clusters with particular environmental or human factors is not easy and particular genotyped might be present in the population over decades. A new study including household contact, social network analysis, more sensitive genotyping techniques and non-human participation in transmission might respond some of the many questions that remain after this studyFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.porHanseníaseMycobacterium lepraeVariabilidade genéticaFatores associados a transmissão recenteRegião altamente endêmica do BrasilMycobacterium lepraeLeprosyHanseníaseMycobacterium lepraeVariação Biológica da PopulaçãoDoenças EndêmicasDetecção e variabilidade genética de Mycobacterium leprae numa região altamente endêmica para hanseníase e avaliação de fatores associados a transmissão recenteinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis2022Instituto Oswaldo CruzFundação Oswaldo CruzMestrado AcadêmicoRio de JaneiroPrograma de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecularinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1748https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/55952/1/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51ORIGINALyrneh_palacios_ioc_mest_2022.pdfapplication/pdf11843489https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/55952/2/yrneh_palacios_ioc_mest_2022.pdff24b35bd402ef0af5dfc214c5b71756eMD52icict/559522022-12-15 10:29:41.488oai:www.arca.fiocruz.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352022-12-15T13:29:41Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false
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