Identificação de marcadores SSR e de SNPs em medronheiro (Arbutus unedo L.) por sequenciação massiva paralela

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Fazenda, Pedro Miguel Jesus
Data de Publicação: 2013
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10400.5/6487
Resumo: Mestrado em Engenharia Agronómica - Instituto Superior de Agronomia
id RCAP_182b2909a73d805520591829b191cb5f
oai_identifier_str oai:www.repository.utl.pt:10400.5/6487
network_acronym_str RCAP
network_name_str Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
repository_id_str 7160
spelling Identificação de marcadores SSR e de SNPs em medronheiro (Arbutus unedo L.) por sequenciação massiva paralelaArbutus unedoCAPSmolecular markersnext-generation sequencingnuclear DNA extractionSSRsMestrado em Engenharia Agronómica - Instituto Superior de AgronomiaThe strawberry tree (Arbutus unedo L.) is native to the Mediterranean region. The use of molecular markers in this species has been limited to the use of RAPDs, ISSRs as well to the cross-amplification of SSRs from other Ericaceae. In this work, we developed a protocol for extracting nuclear DNA from the strawberry tree and performed partial next-generation sequencing of the Arbutus unedo L. genome using the "Ion Torrent" (Life Technologies) platform. The next-generation sequencing resulted in 198,856 sequences ("raw data") with an average size of 123 bp, which were uploaded to the NCBI database "Sequence Read Archive" (SRA) with the accession number: SRX341237. Data analysis led to the identification of 1085 microsatellite-containing sequences, which were also uploaded with accession numbers: from KF023636 to KF024720 to the NCBI databases. Primers were designed for 18 microsatellite loci of which only three have proved to be polymorphic in a panel of 16 samples. Based on identified 25 SNPs one CAPS marker was developed, which despite being heterozygous revealed to be monomorphic among the 16 analyzed samples.ISALeitão, José Manuel TeixeiraOliveira, Cristina Maria Moniz SimõesRepositório da Universidade de LisboaFazenda, Pedro Miguel Jesus2014-02-07T15:34:26Z20132013-01-01T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10400.5/6487TID:201921170porFazenda, P.M.J. - Identificação de marcadores SSR e de SNPs em medronheiro (Arbutus unedo L.) por sequenciação massiva paralela. Lisboa: ISA, 2013, 42 p.info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2023-03-06T14:37:20Zoai:www.repository.utl.pt:10400.5/6487Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-19T16:53:51.610154Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse
dc.title.none.fl_str_mv Identificação de marcadores SSR e de SNPs em medronheiro (Arbutus unedo L.) por sequenciação massiva paralela
title Identificação de marcadores SSR e de SNPs em medronheiro (Arbutus unedo L.) por sequenciação massiva paralela
spellingShingle Identificação de marcadores SSR e de SNPs em medronheiro (Arbutus unedo L.) por sequenciação massiva paralela
Fazenda, Pedro Miguel Jesus
Arbutus unedo
CAPS
molecular markers
next-generation sequencing
nuclear DNA extraction
SSRs
title_short Identificação de marcadores SSR e de SNPs em medronheiro (Arbutus unedo L.) por sequenciação massiva paralela
title_full Identificação de marcadores SSR e de SNPs em medronheiro (Arbutus unedo L.) por sequenciação massiva paralela
title_fullStr Identificação de marcadores SSR e de SNPs em medronheiro (Arbutus unedo L.) por sequenciação massiva paralela
title_full_unstemmed Identificação de marcadores SSR e de SNPs em medronheiro (Arbutus unedo L.) por sequenciação massiva paralela
title_sort Identificação de marcadores SSR e de SNPs em medronheiro (Arbutus unedo L.) por sequenciação massiva paralela
author Fazenda, Pedro Miguel Jesus
author_facet Fazenda, Pedro Miguel Jesus
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Leitão, José Manuel Teixeira
Oliveira, Cristina Maria Moniz Simões
Repositório da Universidade de Lisboa
dc.contributor.author.fl_str_mv Fazenda, Pedro Miguel Jesus
dc.subject.por.fl_str_mv Arbutus unedo
CAPS
molecular markers
next-generation sequencing
nuclear DNA extraction
SSRs
topic Arbutus unedo
CAPS
molecular markers
next-generation sequencing
nuclear DNA extraction
SSRs
description Mestrado em Engenharia Agronómica - Instituto Superior de Agronomia
publishDate 2013
dc.date.none.fl_str_mv 2013
2013-01-01T00:00:00Z
2014-02-07T15:34:26Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10400.5/6487
TID:201921170
url http://hdl.handle.net/10400.5/6487
identifier_str_mv TID:201921170
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv Fazenda, P.M.J. - Identificação de marcadores SSR e de SNPs em medronheiro (Arbutus unedo L.) por sequenciação massiva paralela. Lisboa: ISA, 2013, 42 p.
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv ISA
publisher.none.fl_str_mv ISA
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
instacron:RCAAP
instname_str Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
instacron_str RCAAP
institution RCAAP
reponame_str Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
collection Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
repository.name.fl_str_mv Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1799131014111428608