Identificação de marcadores SSR e de SNPs em medronheiro (Arbutus unedo L.) por sequenciação massiva paralela

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Fazenda, Pedro Miguel Jesus
Data de Publicação: 2013
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10400.5/6487
Resumo: Mestrado em Engenharia Agronómica - Instituto Superior de Agronomia
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spelling Identificação de marcadores SSR e de SNPs em medronheiro (Arbutus unedo L.) por sequenciação massiva paralelaArbutus unedoCAPSmolecular markersnext-generation sequencingnuclear DNA extractionSSRsMestrado em Engenharia Agronómica - Instituto Superior de AgronomiaThe strawberry tree (Arbutus unedo L.) is native to the Mediterranean region. The use of molecular markers in this species has been limited to the use of RAPDs, ISSRs as well to the cross-amplification of SSRs from other Ericaceae. In this work, we developed a protocol for extracting nuclear DNA from the strawberry tree and performed partial next-generation sequencing of the Arbutus unedo L. genome using the "Ion Torrent" (Life Technologies) platform. The next-generation sequencing resulted in 198,856 sequences ("raw data") with an average size of 123 bp, which were uploaded to the NCBI database "Sequence Read Archive" (SRA) with the accession number: SRX341237. Data analysis led to the identification of 1085 microsatellite-containing sequences, which were also uploaded with accession numbers: from KF023636 to KF024720 to the NCBI databases. Primers were designed for 18 microsatellite loci of which only three have proved to be polymorphic in a panel of 16 samples. Based on identified 25 SNPs one CAPS marker was developed, which despite being heterozygous revealed to be monomorphic among the 16 analyzed samples.ISALeitão, José Manuel TeixeiraOliveira, Cristina Maria Moniz SimõesRepositório da Universidade de LisboaFazenda, Pedro Miguel Jesus2014-02-07T15:34:26Z20132013-01-01T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10400.5/6487TID:201921170porFazenda, P.M.J. - Identificação de marcadores SSR e de SNPs em medronheiro (Arbutus unedo L.) por sequenciação massiva paralela. Lisboa: ISA, 2013, 42 p.info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2023-03-06T14:37:20Zoai:www.repository.utl.pt:10400.5/6487Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-19T16:53:51.610154Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse
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