A Variabilidade de Sequências do Gene NS5A e o Potencial Impacto no Tratamento da Infeção pelo Vírus da Hepatite C

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Ramos, Diogo Alexandre Bernardino
Data de Publicação: 2022
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10451/55475
Resumo: Tese de mestrado, Biologia Humana e Ambiente , 2022, Universidade de Lisboa; Faculdade de Ciências
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spelling A Variabilidade de Sequências do Gene NS5A e o Potencial Impacto no Tratamento da Infeção pelo Vírus da Hepatite CVHC NS5Asubstituições associadas a resistência (SAR)sequenciação Sanger e NGSUDIPortugalTeses de mestrado - 2022Departamento de Biologia AnimalTese de mestrado, Biologia Humana e Ambiente , 2022, Universidade de Lisboa; Faculdade de CiênciasO vírus da Hepatite C (VHC) é responsável pela Hepatite C, uma doença que pode conduzir a danos hepáticos consideráveis, nomeadamente cirrose e carcinoma hepatocelular. Em Portugal, a infeção encontra-se concentrada em populações vulneráveis como os utilizadores de drogas injetáveis (UDI), devido à sua principal via de transmissão (sangue). A variabilidade intra-hospedeiro é uma caraterística da infeção pelo VHC e as forças motrizes de seleção em hospedeiros infetados, como a pressão terapêutica, podem selecionar variantes virais contendo substituições associadas a resistência (SAR) aos antivirais e, consequentemente, reduzir a eficácia do tratamento da doença. O presente estudo teve como principal objetivo a análise molecular de um alvo terapêutico do VHC (proteína NS5A), em UDI cronicamente infetados e naïve ao tratamento com antivirais, para identificação de mutações de resistência nas sequências prevalentes e em sequências minoritárias. Confirmaram-se ainda os genótipos/ subtipos do VHC nas amostras. Para tal, foi desenvolvido um método de amplificação por PCR convencional da região parcial NS5A e os produtos amplificados foram submetidos a duas metodologias automáticas de sequenciação, Sanger e nova geração (NGS). A classificação filogenética das sequências derivadas de ambos os métodos foram concordantes: 1a, 52,4%; 1b, 10,7%; 3a, 20,2%; 4a, 8,3%; 4d, 7,1%. Confirmou-se ainda a presença de um recombinante genético (2k/1b). SAR foram detetadas em 34,5% (29/84) das amostras em estudo, utilizando sequenciação de Sanger, e em 42,9% (36/84) utilizando NGS. Uma infeção mista pelos subtipos 1a e 3a do VHC foi identificada apenas utilizando NGS. Os resultados obtidos no presente estudo demonstram que NGS permite uma análise mais sensível de SAR em pacientes infetados, o que é crucial para garantir a eficácia da terapêutica administrada. Esta estratégia poderá contribuir para eliminar a Hepatite C em Portugal, e alcançar o cumprimento do Objetivo 3: Saúde de qualidade da Agenda 2030 da Organização das Nações Unidas.Hepatitis C virus (HCV) is responsible for Hepatitis C, a disease that may lead to severe liver damage, namely cirrhosis and hepatocellular carcinoma. In Portugal, the infection is prevalent in vulnerable populations such as injection drug users (IDU), due to its main route of transmission (blood). The intra-host variability is a characteristic of HCV infection, and the selecting driving forces in infected hosts, such as the therapeutic pressure, could select viral variants containing resistance-associated substitutions (RAS) and, therefore, reduce disease treatment effectiveness. This study’s primary goal was to perform a molecular analysis of one therapeutic target (NS5A protein), in IDU with chronic Hepatitis C and naïve to antivirals treatment, for the identification of resistance mutations in prevalent and minority sequences. HCV genotypes/ subtypes in samples were also confirmed. For that, a conventional PCR method for the amplification of HCV NS5A partial region was developed, and the amplified products were submitted to two automatic sequencing methodologies, Sanger and next-generation (NGS). Phylogenetic classification of the sequences derived from both methods were concordant: 1a, 52.4%; 1b, 10.7%; 3a, 20.2%; 4a, 8.3%; 4d, 7.1%. The presence of a genetic recombinant (2k/1b) was also confirmed. RAS were found in 34.5% (29/84) of the samples in study, using Sanger sequencing, and in 42.9% (36/84) using NGS. A mixed infection by HCV subtypes 1a and 3a was detected only by NGS. The obtained data showed that NGS allows a more sensitive analysis of RAS in infected patients, which is crucial to achieve treatment effectiveness. This strategy might contribute to eliminate Hepatitis C in Portugal and achieve United Nations Goal 3 from the 2030 Agenda.Pádua, ElizabethRebelo, Maria Teresa Ferreira Ramos Nabais de Oliveira, 1964-Repositório da Universidade de LisboaRamos, Diogo Alexandre Bernardino2023-10-14T00:30:45Z202220222022-01-01T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10451/55475porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2023-11-08T17:02:28Zoai:repositorio.ul.pt:10451/55475Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-19T22:06:07.737886Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse
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