Reposicionamento de fármacos com atividade sobre o efluxo e a formação de biofilmes em Staphylococcus epidermidis
Autor(a) principal: | |
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Data de Publicação: | 2023 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) |
Texto Completo: | http://hdl.handle.net/10362/159190 |
Resumo: | Resumo A espécie Staphylococcus epidermidis é um importante agente patogénico nosocomial, geralmente associado a elevada resistência aos compostos antimicrobianos mediada por diversos mecanismos, incluindo o efluxo. Adicionalmente, a sua capacidade de formar biofilmes permite-lhe sobreviver quando exposto a compostos antimicrobianos, tornando as infeções resilientes à terapêutica. Vários estudos sugerem uma potencial associação entre o efluxo e a formação de biofilmes. Este trabalho teve como objetivo a identificação de novos fármacos capazes de inibir a atividade de efluxo e/ou formação de biofilmes em S. epidermidis através de reposicionamento de fármacos, usando uma abordagem de quimiogenómica in silico. O trabalho teve início na criação de uma biblioteca de potenciais alvos terapêuticos em S. epidermidis, consistindo em 321 transportadores de membrana, incluindo bombas de efluxo, e 39 proteínas envolvidas na formação de biofilme. A partir da base de dados DrugBank compilou-se uma lista de 233 fármacos potencialmente ativos contra transportadores de membrana e/ou biofilmes. Foram selecionados sete fármacos (tariquidar, cloroquina, amlodipina, desipramina, sulpirida, topiramato, atovaquone) para avaliação in vitro das suas atividades, sendo estas comparadas com inibidores de efluxo (IEs) conhecidos. Todos os compostos foram testados em dois pares de estirpes isogénicas de S. epidermidis diferindo na expressão do gene norA, que codifica para a bomba de efluxo NorA, e capacidade de formação de biofilme, nomeadamente ATCC 12228 (ica- ) e ATCC 12228_EtBr (norA sobreexpresso) e ATCC 35984 (ica+ ) e ATCC 35984_EtBr (norA sobreexpresso). A atividade inibitória de efluxo dos fármacos foi avaliada pela sua capacidade para reduzir a concentração mínima inibitória (CMI) de oito compostos antimicrobianos usando o método de microdiluição em placa. O tariquidar, cloroquina, amlodipina e desipramina reduziram em ≥ 4x as CMIs dos compostos antimicrobianos substratos de NorA e foram considerados potenciais IEs. O topiramato, sulpirida e atovaquone promoveram uma redução ≤ 2x, sendo classificados como potenciais IEs fracos ou sem atividade inibitória de efluxo. Seguidamente, realizaram-se ensaios de checkerboard para determinar um potencial sinergismo entre os fármacos e compostos antimicrobianos. O tariquidar e a amlodipina foram os únicos que demonstraram sinergismo com todos os compostos antimicrobianos testados a concentrações equivalentes a 1/64 CMI (2 mg/L) e 1/4 CMI (16 mg/L), respetivamente. A desipramina e a cloroquina apresentaram sinergismo com ciprofloxacina ou ausente, respetivamente. A inibição da formação de biofilme foi avaliada pelo método de adesão em microplaca com coloração por violeta de cristal. A atividade antibiofilme dos fármacos variou consoante a estirpe testada, tendo a amlodipina apresentado atividade em ATCC 12228, enquanto a cloroquina e a desipramina inibiram a formação de biofilme em ATCC 35984 e na sua derivada, ATCC 35984_EtBr. Resumindo, neste trabalho identificou-se a amlodipina como inibidor de efluxo e agente antibiofilme; o tariquidar como um potente inibidor de efluxo; e a cloroquina e a desipramina como apresentando principalmente potencial como novos agentes antibiofilme em S. epidermidis. Demonstrou-se que a estratégia de reposicionamento de fármacos usada permitiu a identificação rápida e pouco dispendiosa de novos fármacos para combater infeções por S. epidermidis e servir de leads para o desenvolvimento de fármacos mais eficazes. |
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Reposicionamento de fármacos com atividade sobre o efluxo e a formação de biofilmes em Staphylococcus epidermidisMicrobiologia médicaStaphylococcus epidermidisEfluxoBiofilmeReposicionamento de fármacosResistência aos compostos antimicrobianosDomínio/Área Científica::Ciências MédicasResumo A espécie Staphylococcus epidermidis é um importante agente patogénico nosocomial, geralmente associado a elevada resistência aos compostos antimicrobianos mediada por diversos mecanismos, incluindo o efluxo. Adicionalmente, a sua capacidade de formar biofilmes permite-lhe sobreviver quando exposto a compostos antimicrobianos, tornando as infeções resilientes à terapêutica. Vários estudos sugerem uma potencial associação entre o efluxo e a formação de biofilmes. Este trabalho teve como objetivo a identificação de novos fármacos capazes de inibir a atividade de efluxo e/ou formação de biofilmes em S. epidermidis através de reposicionamento de fármacos, usando uma abordagem de quimiogenómica in silico. O trabalho teve início na criação de uma biblioteca de potenciais alvos terapêuticos em S. epidermidis, consistindo em 321 transportadores de membrana, incluindo bombas de efluxo, e 39 proteínas envolvidas na formação de biofilme. A partir da base de dados DrugBank compilou-se uma lista de 233 fármacos potencialmente ativos contra transportadores de membrana e/ou biofilmes. Foram selecionados sete fármacos (tariquidar, cloroquina, amlodipina, desipramina, sulpirida, topiramato, atovaquone) para avaliação in vitro das suas atividades, sendo estas comparadas com inibidores de efluxo (IEs) conhecidos. Todos os compostos foram testados em dois pares de estirpes isogénicas de S. epidermidis diferindo na expressão do gene norA, que codifica para a bomba de efluxo NorA, e capacidade de formação de biofilme, nomeadamente ATCC 12228 (ica- ) e ATCC 12228_EtBr (norA sobreexpresso) e ATCC 35984 (ica+ ) e ATCC 35984_EtBr (norA sobreexpresso). A atividade inibitória de efluxo dos fármacos foi avaliada pela sua capacidade para reduzir a concentração mínima inibitória (CMI) de oito compostos antimicrobianos usando o método de microdiluição em placa. O tariquidar, cloroquina, amlodipina e desipramina reduziram em ≥ 4x as CMIs dos compostos antimicrobianos substratos de NorA e foram considerados potenciais IEs. O topiramato, sulpirida e atovaquone promoveram uma redução ≤ 2x, sendo classificados como potenciais IEs fracos ou sem atividade inibitória de efluxo. Seguidamente, realizaram-se ensaios de checkerboard para determinar um potencial sinergismo entre os fármacos e compostos antimicrobianos. O tariquidar e a amlodipina foram os únicos que demonstraram sinergismo com todos os compostos antimicrobianos testados a concentrações equivalentes a 1/64 CMI (2 mg/L) e 1/4 CMI (16 mg/L), respetivamente. A desipramina e a cloroquina apresentaram sinergismo com ciprofloxacina ou ausente, respetivamente. A inibição da formação de biofilme foi avaliada pelo método de adesão em microplaca com coloração por violeta de cristal. A atividade antibiofilme dos fármacos variou consoante a estirpe testada, tendo a amlodipina apresentado atividade em ATCC 12228, enquanto a cloroquina e a desipramina inibiram a formação de biofilme em ATCC 35984 e na sua derivada, ATCC 35984_EtBr. Resumindo, neste trabalho identificou-se a amlodipina como inibidor de efluxo e agente antibiofilme; o tariquidar como um potente inibidor de efluxo; e a cloroquina e a desipramina como apresentando principalmente potencial como novos agentes antibiofilme em S. epidermidis. Demonstrou-se que a estratégia de reposicionamento de fármacos usada permitiu a identificação rápida e pouco dispendiosa de novos fármacos para combater infeções por S. epidermidis e servir de leads para o desenvolvimento de fármacos mais eficazes.Abstract Staphylococcus epidermidis is an important opportunistic nosocomial pathogen, usually associated with a high burden of antimicrobial resistance mediated by several mechanisms, including efflux. Also, its ability to form biofilms allows it to survive when exposed to antimicrobials, rendering infections hard to treat. Several studies have suggested a potential association between efflux and biofilm formation. This work aimed to identify new drugs capable of inhibiting efflux activity and/or biofilm formation in S. epidermidis through drug repurposing, using an in silico chemogenomics approach. A library of potential therapeutic targets in S. epidermidis was created, consisting of 321 membrane transporters, including efflux pumps, and 39 proteins involved in biofilm formation. The DrugBank database was then used to compile a list of 233 drugs potentially active against membrane transporters and/or biofilms. Seven drugs (tariquidar, chloroquine, amlodipine, desipramine, sulpiride, topiramate, atovaquone) were selected for in vitro evaluation and their activities compared with known efflux inhibitors (EIs). All compounds were tested in two pairs of S. epidermidis isogenic strains differing in expression of the efflux pump gene norA and their capacity to form biofilm, namely ATCC 12228 (ica- ) and ATCC 12228_EtBr (norA overexpressed) and ATCC 35984 (ica+ ) and ATCC 35984_EtBr (norA overexpressed). The efflux inhibitory activity was assessed by determining the drugs’ capacity to reduce the minimum inhibitory concentration (MIC) of eight antimicrobials using the microdilution method. Tariquidar, chloroquine, amlodipine and desipramine reduced the MICs of antimicrobials that are NorA substrates by ≥ 4-fold and were considered potential EIs. Topiramate, sulpiride and atovaquone promoted a reduction by ≤ 2-fold and were classified as potential weak EIs or with no efflux inhibitory activity. Checkerboard assays were performed to evaluate a potential synergism between the drugs and antimicrobials. Tariquidar and amlodipine were the only drugs showing synergism with all antimicrobials tested at concentrations equivalent to 1/64 MIC (2 mg/L) and 1/4 MIC (16 mg/L), respectively. Desipramine and chloroquine showed synergism with ciprofloxacin or it was absent, respectively. Inhibition of biofilm formation was assessed by the plate adhesion method with crystal violet staining. The antibiofilm activity of the drugs varied according to the strain, with amlodipine showing activity in ATCC 12228, while chloroquine and desipramine inhibited biofilm formation in ATCC 35984 and its derivative ATCC 35984_EtBr. In summary, in this work we identified amlodipine as an efflux inhibitor and antibiofilm agent; tariquidar as a potent efflux inhibitor; and chloroquine and desipramine as new potential antibiofilm agents in S. epidermidis. We show that the drug repurposing strategy used allowed a fast and inexpensive identification of new drugs to fight S. epidermidis infections or to serve as leads for the development of more effective drugs.COSTA, Sofia SantosRODRIGUES, LilianaCOUTO, IsabelRUNNEVES, Joana Franco de Matos e Silva2023-052023-052023-05-01T00:00:00Z2026-05-02T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10362/159190TID:203371917porinfo:eu-repo/semantics/embargoedAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2024-03-11T05:41:38Zoai:run.unl.pt:10362/159190Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-20T03:57:26.302421Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse |
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