Vigilância genômica do SARS-CoV-2 em Betim, Minas Gerais

• Autor(a) principal: Diego Menezes Bonfim
• Data de Publicação: 2021
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFMG
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/1843/41506
• topic: 2019-nCoV; COVID-19; genômica; filogenia; variantes; epidemiologia; Genética; Genômica; COVID-19; Filogenia

Coronavírus (CoVs) são vírus de RNA fita positiva que constituem a subfamília Orthocoronavirinae. Sete diferentes tipos de CoV são capazes de infectar humanos, dentre elas o Betacoronavirus SARS-CoV-2, proximamente relacionado a linhagens que infectam morcegos, sua provável origem zoonótica. O novo coronavírus possui polimorfismos em seu genoma especialmente na sua proteína de superfície spike, utilizada para infectar células humanas através do receptor ACE-2 sendo associado ao desenvolvimento da nova doença COVID-19, de caráter pandêmico. Tendo origem na China no fim de dezembro de 2019, o SARS-CoV-2 teve seu primeiro caso de infecção confirmada no Brasil no dia 26 de fevereiro de 2020 e no estado de Minas Gerais no dia 04 de março de 2020. Estratégias constantes de vigilância genômica são importantes no controle da transmissão e dispersão do vírus na população humana. Com o surgimento de variantes de interesse (VOI) e de preocupação (VOC) do SARS-CoV-2, o cenário local e global da pandemia se tornou mais complexo, o que reforça a necessidade dessa estratégia. O objetivo dessa dissertação foi realizar a vigilância genômica do SARS-CoV-2 na cidade de Betim-MG, quinta mais populosa do estado, com importância industrial e atravessada por estradas estaduais e federais recebendo um fluxo migratório humano considerável. Para isso, um total de 3239 amostras de swab naso-faríngeo coletadas de junho a julho de 2020 foram testadas por RT-qPCR para o SARS-CoV-2, triadas para sequenciamento na plataforma MiSeq (Illumina) através de uma metodologia baseada em amplificação com iniciadores cobrindo todo o genoma de SARS-CoV-2. No final, foram obtidos 35 novos genomas de SARS-CoV-2 (cobertura > 79%; profundidade > 200x). Estes genomas foram incluídos em reconstruções filogenéticas para identificação de linhagens virais circulantes, modelos filogeográficos datados, interpolação para análise de padrões de dispersão e mapas genéticos para visualização de polimorfismos. Dos 35 genomas obtidos, 18 (51,4%) foram classificados como linhagem B.1.1.28 e 17 (48,6%) como linhagem B.1.1.33, circulantes na primeira fase da pandemia do estado de MG. O modelo filogenético não-enraizado confirmou as linhagens e sugeriu múltiplas introduções para ambos os clados. Os modelos filogeográficos sugeriram pelo menos 7 e 12 introduções distintas para as linhagens B.1.1.28 e B.1.1.33, respectivamente. Os modelos de dispersão geográfica mostram a propagação da pandemia ao longo do tempo, mas não sugerem padrões geográficos de cada linhagem. Destacamos um genoma B.1.1.33 que possui 12 mutações específicas e que está posicionado com considerável distância em comparação aos demais no modelo filogeográfico desta linhagem. Os resultados sugerem um fluxo interestadual de migração da população humana na dispersão do SARS-CoV-2, fato que deve ser levado em conta na adoção de medidas de controle da pandemia na cidade de Betim-MG.