Papel do perfil inflamatório e celular na infecção por SARS-CoV-2 e no curso clínico da COVID-19 : uma abordagem in silico
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Data de Publicação: | 2021 |
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Texto Completo: | https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/40985 |
Resumo: | Em junho de 2021, quinze meses após o reconhecimento da pandemia de COVID-19 pela organização mundial da saúde (OMS), o mundo ultrapassou 180 milhões de casos e quase quatro milhões de óbitos. Este elevado número de mortes está associado ao processo inflamatório intenso, sabido como um fator determinante no desenvolvimento da COVID-19. Embora seja conhecido diversos mediadores e moléculas participantes desta inflamação, o papel do complexo do inflamassoma nesse contexto ainda é pouco conhecido e explorado. Ademais, as peculiaridades entre os indivíduos precisam ser documentadas e discutas, e as moléculas que estão envolvidas nesse processo, melhor caracterizadas. Para essa finalidade, as diferentes técnicas multi-ômicas representam uma abordagem relevante na determinação de fatores genéticos do indivíduo que interferem na susceptibilidade a doença visto que, enquanto alguns indivíduos infectados são assintomáticos ou apresentam apenas sintomas leves, outra parcela desenvolve quadros severos. Buscando determinar as diferenças entre pacientes com COVID-19, foram utilizados dados de transcriptoma disponíveis no GEO dataset. De acordo com os critérios de inclusão estabelecidos, três estudos foram selecionados para compor o presente trabalho. A partir da meta- análise, a quantificação dos genes diferencialmente expressos foi realizada, seguida da análise de enriquecimento de tais genes através do Gene Ontology. Posteriormente, a definição das vias de sinalização correspondentes aos DEGs foi executada utilizando a ferramenta Reactome. Aqui, observou-se o aumento da expressão de quimiocinas fundamentais na condução da resposta imunológica. Também foi possível perceber o aumento de genes envolvidos na sinalização do interferon como IFI27, IFI44L e IFIT3, além de genes importantes para a resposta antiviral, como OAS3, GBP1 e TRIM6. Entretanto, não foi identificado a presença de genes atrelados ao inflamassoma. Adicionalmente, os termos obtidos com o GO expõem a presença de vias do ciclo celular acentuada em pacientes com COVID-19. Tal resultado pode auxiliar no entendimento das particularidades genéticas dos pacientes com COVID-19, e relata perfil desses indivíduos em uma determinada fase da doença. Assim sendo, é possível a racionalização de novas abordagens terapêuticas. |
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Embora seja conhecido diversos mediadores e moléculas participantes desta inflamação, o papel do complexo do inflamassoma nesse contexto ainda é pouco conhecido e explorado. Ademais, as peculiaridades entre os indivíduos precisam ser documentadas e discutas, e as moléculas que estão envolvidas nesse processo, melhor caracterizadas. Para essa finalidade, as diferentes técnicas multi-ômicas representam uma abordagem relevante na determinação de fatores genéticos do indivíduo que interferem na susceptibilidade a doença visto que, enquanto alguns indivíduos infectados são assintomáticos ou apresentam apenas sintomas leves, outra parcela desenvolve quadros severos. Buscando determinar as diferenças entre pacientes com COVID-19, foram utilizados dados de transcriptoma disponíveis no GEO dataset. De acordo com os critérios de inclusão estabelecidos, três estudos foram selecionados para compor o presente trabalho. A partir da meta- análise, a quantificação dos genes diferencialmente expressos foi realizada, seguida da análise de enriquecimento de tais genes através do Gene Ontology. Posteriormente, a definição das vias de sinalização correspondentes aos DEGs foi executada utilizando a ferramenta Reactome. Aqui, observou-se o aumento da expressão de quimiocinas fundamentais na condução da resposta imunológica. Também foi possível perceber o aumento de genes envolvidos na sinalização do interferon como IFI27, IFI44L e IFIT3, além de genes importantes para a resposta antiviral, como OAS3, GBP1 e TRIM6. Entretanto, não foi identificado a presença de genes atrelados ao inflamassoma. Adicionalmente, os termos obtidos com o GO expõem a presença de vias do ciclo celular acentuada em pacientes com COVID-19. Tal resultado pode auxiliar no entendimento das particularidades genéticas dos pacientes com COVID-19, e relata perfil desses indivíduos em uma determinada fase da doença. Assim sendo, é possível a racionalização de novas abordagens terapêuticas.CAPESIn June of 2021, fifteen months after the World Health Organization (WHO) had recognized the COVID 19 pandemic, the world reached more than 170 million COVID- positive cases and more than 4 million lives were lost to the disease. It is known that the inflammatory process plays a key role on the development of the COVID severe cases and therefore the role of inflammasomes needs to be addressed. Furthermore, the heterogeneity of COVID phenotype according with people’s individuality still needs to be collected, discussed, and the molecules as well as pathways associated better characterized. To overcome this gap, the utilization of multi-omics techniques represents an innovative approach to determine genomic factors associated to the disease susceptibility as well as identify new therapeutical targets. Other than that, some people can develop an asymptomatic or even mild symptom form or could develop into an aggressive form characterized by the presence of severe symptoms. Patients with severe form of COVID disease can display some disturbances on coagulation pathway and/or develop acute respiratory distress syndrome (ARDS) which may evolve to patient death. In order to determine differences among COVID patients, public transcription data from GEO dataset were used. According to the inclusion criteria, tree studies were selected for this work. After the meta-analysis, the quantification of differentially expressed genes were made, followed by gene set enrichment analysis using Gene Ontology (GO). Subsequently, the definition of signaling pathways regarding to DEGs were performed using Reactome. Here, were observed the increased levels of chemokines, such as CCL2, CCL8 and CXCL1, fundamental to conduct the immune response. Also, were possible to detect the upregulation of genes involved on interferon signaling pathway, as IFI27, IFI44L and IFIT3, and some genes important to antiviral response such as OAS3, GBP1, and TRIM6. ADC, the terms founded on GO also demonstrates the notable interferon presence in COVID-19 patients. These results could help to understand the genetic particularity among patients and describe the profile in a specific phase of the disease. Therefore, it is possible rationale about new therapeutic approaches.porUniversidade Federal de PernambucoPrograma de Pos Graduacao em Biologia Aplicada a SaudeUFPEBrasilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/embargoedAccessSARS-CoV-2COVID-19InflamaçãoPapel do perfil inflamatório e celular na infecção por SARS-CoV-2 e no curso clínico da COVID-19 : uma abordagem in silicoinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesismestradoreponame:Repositório Institucional da UFPEinstname:Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)instacron:UFPEORIGINALDISSERTAÇÃO Maria Beatriz Calado da Silva.pdfDISSERTAÇÃO Maria Beatriz Calado da Silva.pdfapplication/pdf1288386https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/40985/1/DISSERTA%c3%87%c3%83O%20Maria%20Beatriz%20Calado%20da%20Silva.pdf68be76ee91378e419a108b2bb6c54ff3MD51CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-8811https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/40985/2/license_rdfe39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34MD52LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; 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